Uno de los campos donde Topete tuvo mayores problemas fue en el educativo. Desde 1932 se había observado un notable incremento de alumnos de primer nivel, mientras que el presupuesto del ramo era casi un millón de pesos menor que en 1928. Asimismo, comenzó a hablarse de la reforma al artículo 3° constitucional, al tiempo que arreciaba la campaña contra la injerencia del clero en la enseñanza. El magisterio, por su parte, fue asumiendo un papel más activo después de 1932, cuando se fundó en Guadalajara la Confederación Mexicana de Maestros, la primera en su género en todo el país, a la cual se sumó, en junio de 1933, la Federación de Maestros de Jalisco. De esta manera, el profesorado quedó en buenas condiciones para enfrentar la intromisión de la Iglesia en su menester y lo que vino después al intentar implantarse la educación socialista.
Vale la pena señalar que en contra de la educación socialista surgieron importantes núcleos de estudiantes y maestros universitarios en varias ciudades del país. En Jalisco, la Federación de Estudiantes Universitarios se opuso al respaldo otorgado al gobierno por el comité local de la Confederación Nacional de Estudiantes Socialistas, que posteriormente se convertiría en el Frente de Estudiantes Socialistas de Occidente (FESO).
La división entre los universitarios sobrevino en octubre de 1933, a causa de los cambios introducidos en su casa de estudios por un importante grupo encabezado por el propio rector Enrique Díaz de León, quien después de participar en el Primer Congreso de Universitarios Mexicanos quiso aplicar en Guadalajara los acuerdos allí tomados en favor de la referida educación socialista. La disputa terminó en una gran huelga estudiantil, que llevó a la renuncia del rector y al cierre de la universidad, ahora provista de una nueva Ley Orgánica.
El 8 de octubre de 1934, la Cámara de Diputados dio a conocer la reforma al artículo 3° constitucional, la cual establecía que la educación sería ahora socialista. De inmediato comenzaron a oponerse por doquier diversos grupos de estudiantes y padres de familia. En Guadalajara, ante la arremetida estudiantil, el nuevo rector Manuel R. Alatorre y otros funcionarios terminaron por dimitir. Finalmente, el gobernador cerró de nuevo la universidad supuestamente para dar paso al Instituto Socialista de Altos Estudios, que nunca se hizo realidad.
Lejos de que la efervescencia despertada con las reformas moderara la postura gubernamental, ésta más bien tendió a radicalizarse. De esa manera, en enero de 1935, el presidente Cárdenas promulgó otro Reglamento sobre Escuelas Particulares, a fin de que acataran lo ahora dispuesto en el nuevo artículo 3°, el cual prohibía que se manifestara en ellas cualquier culto o doctrina religiosa. Por conducto de la Unión Nacional de Padres de Familia (UNPF), el clero exhortó a que no se modificara el carácter de tales planteles o que se mandara a los hijos donde no lo hicieran. En consecuencia, a partir de febrero de 1935 casi todas las escuelas particulares acabaron por cerrar sus puertas.
A los tres días de que Topete asumió la gubernatura se produjo un choque callejero
entre estudiantes universitarios, partidarios unos y enemigos otros de la política
educativa gubernamental. La respuesta del mandatario, además de acusar a "los
elementos fanáticos y a los estudiantes reaccionarios", fue prohibir categóricamente
la celebración de cualquier otra manifestación pública. Entonces, la Federación
de Estudiantes Universitarios de Jalisco emprendió la tarea de fundar una institución
de estudios superiores que contara con el apoyo de los disidentes más acaudalados.
Nació así la Universidad Autónoma de Occidente, que después se llamaría Autónoma
de Guadalajara.
