Los habitantes de Aztatlán, que siempre habían vivido junto al estero donde se dedicaban a la pesca, se pasaron a la otra parte, de manera que su pueblo quedó en la isla de Mexcaltitán. Fueron invadidos por los serranos, que bajaron de sus montañas en una de sus tantas expediciones, y tuvieron que abandonar sus casas durante una larga temporada.
Los franciscanos lucharon a su modo pacífico contra los serranos, tratando de convencerlos de que renunciaran a su modo de vida belicoso y vagabundo. Recorrieron la sierra desde los primeros días de la conquista, de Jora, al sur, hasta Huaynamota, predicando el evangelio. Consiguieron en parte la pacificación de los indios, aunque nunca de una manera completa (habría que esperar hasta la conquista de la sierra del Nayar, de 1721 en adelante). Sin embargo, los serranos se familiarizaron con muchas de tantas novedades, como fue la introducción del ganado, de las abejas, de muchas plantas y frutas, de instrumentos como el machete y el violín, de la lengua castellana y del cristianismo. Se establecieron relaciones entre la sierra y los llanos y valles de abajo —frecuentemente interrumpidas por brotes de violencia saqueo y robo, ya que la tentación de caer sobre lo que veían como un jardín del paraíso era muy grande para los serranos pobres y guerreros.
Además se refugiaron en la sierra muchas personas, de todas razas, criminales huyendo de la justicia, inocentes huyendo de los malvados, pobres huyendo de deudas que no acabarían de pagar nunca. Y es que los abusos y las injusticias no faltaban, según lo decía el mismo rey de España:
El Rey
Presidente y oidores de la nuestra Audiencia Real que reside en la ciudad de Guadalajara del Nuevo Reino de la Galicia: nos somos informados que en esa provincia se van acabando los indios naturales de ella por los malos tratamientos que sus encomenderos les hacen, que habiéndose disminuido tanto los indios, que en algunas partes, faltan más de la tercia parte, llevan las tasas por entero que es de tres partes, las dos más de lo que son obligados a pagar, y los tratan peor que a esclavos, que como tales se hallan muchos vendidos y comprados de unos encomenderos en otros, y algunos muertos a azotes, y mujeres que mueren y revientan con la pesada carga, y a otras y a sus hijos les hacen servir en sus granjerías, y duermen en los campos, y allí paren y crían, mordidas de zabandijas ponzoñosas y venenosas, y muchos se ahorcan y se dejan morir sin comer y otros toman yerbas venenosas; que hay madres que matan a sus hijos y que no padezcan lo que ellas padecen, y que han concebido los dichos indios muy grande odio al nombre cristiano y tienen a los españoles por engañadores y no creen cosa de las que les enseñan, y así todo lo que hacen es por fuerza, y que estos daños son mayores a los indios que están en nuestra real corona, porque están en administración; y porque, como veis, de estos y otros malos tratamientos que a los dichos indios se hacen, viene el irse acabando tan aprisa, y conviene remediarlo con muy gran cuidado, os mando que lo tengais muy particular, de ejecutar lo que cerca de esto está proveído y de castigar con rigor y demostrar a las personas que excedieren, así encomenderos, como administradores y otras cualesquiera, hasta llegar a privarlos de los cargos y encomiendas si sus excesos lo mereciesen, para que con el castigo de dos o tres en cada provincia, se ponga freno a todos los demás y se abstengan de hacer los dichos malos tratamientos y extorsiones a los indios, y aunque habiéndose procurado auto de nuestra parte, que fuesen bien tratados y amparados en su justicia, como se ve por las muchas causas y provenientes y ordenanzas que sobre ellos se han despachado, no parece que se hayan ampliado como convenía, y que de aquí han resultado tantos daños, trabajos y muertes de los susodichos.
Estos abusos explican por qué en 1583 los indios de Acaponeta se levantaron en compañía de otros cinco pueblos para luego refugiarse en la sierra, y por qué en 1585 los de las serranías de Huaynamota mataron españoles e incendiaron las haciendas. Como siempre, la reacción no se hizo esperar: una tropa salió de Zacatecas y aprehendió a cerca de 1 000 indios que hicieron esclavos, además de que ahorcaron a 12 jefes.
Muchos frailes no tenían el tacto necesario para atraerse a los serranos. Una excepción notable es el padre Andrés de Medina, del convento de Acaponeta, estimado por los serranos del rumbo de Huaynamota. Secundado por los indios principales cristianos, logró (entre 1580 y 1600) que muchos de los alzados bajaran a Acaponeta y aceptaran vivir en pueblos y trabajar en labores agrícolas. Por eso, cuando sus superiores lo enviaron a Guadalajara, los indios que le tenían confianza protestaron: algunos volvieron a la sierra y los otros reclamaron su regreso a Acaponeta. No fueron atendidas sus peticiones, por lo cual cerca de 60 marcharon a México para presentar al virrey su reclamo, consiguiendo por fin lo que querían.
Así, Medina pudo fundar el pueblo de Mamorita, junto a Acaponeta, y los pueblos de San Sebastián Huaxicon, Ontetitlán, Tlachichilpa, San Francisco del Caimán, San Gabriel, San Pablo y Milpillas.
Pero en general la resistencia de la gente serrana seguía siendo muy fuerte, ya que no les era fácil cambiar tan radicalmente, y de un día para otro, de modo de existencia: bajarse de la sierra al plan, abandonar las montañas, su clima, sus plantas, sus animales, para sufrir las consecuencias de un clima diferente (las enfermedades no son las mismas y el organismo no tiene defensas); abandonar la vida trashumante de familias dispersas en ranchos para concentrarse en pueblos organizados; cambiar de cultivos, aprender un nuevo idioma, caer bajo la vigilancia de autoridades extranjeras (sean las españolas, sean las de los indios abajeños; estos últimos, enemigos hereditarios) que imponen el abandono de la religión tradicional y la adopción de la religión cristiana, al mismo tiempo que el cambio de costumbres sociales, sexuales y familiares.
Es difícil imaginar lo violento del cambio, lo que significaba pasar de un mundo al otro; si eso fue difícil para los indios abajeños, lo fue mil veces más para los indios serranos, y la mejor prueba de eso es que su resistencia perdura hasta la fecha. Los huicholes, los coras, los tepehuanes, son los representantes de esta tenacidad que vino a resumirse en una palabra: "libertad". En última instancia, el serrano, como todos los alteños del mundo, como todos los nómadas, considera que la libertad no tiene precio, que la seguridad material que ofrece el mundo de los pueblos y de las ciudades (alimentación, medicinas, paz) no merece que se le sacrifique la libertad, y con orgullo siente que él es el único hombre libre.
Y para defender su libertad siempre estuvo dispuesto a tomar las armas.
