Pero la prosperidad tuvo sus inconvenientes, los cuales a la postre resultaron serios. Hubo dinero (no para todos), pero se perdió la paz (para todos). Tepic empezó un largo pleito con Mazatlán los puertos estaban en competencia (desde 1850 Mazatlán toma la delantera, y después de 1870 San Blas deja de tener importancia), y con Guadalajara, que veía con algo de inquietud el crecimiento de la pequeña ciudad y su creciente deseo de independencia. Para los negociantes de Guadalajara, Tepic no era más que una etapa, una agencia suya sobre el camino de San Blas, y San Blas era el puerto de la capital tapatía. Cuando Tepic hubo crecido y tuvo considerables negocios entre sus muros, empezó a ver con disgusto la dominación secular de Guadalajara.
El pleito comercial entre las dos ciudades se fortaleció con la competencia sin cuartel que libraron en Tepic los dos hombres más ricos, José María Castaños y Eustaquio Barrón. A la postre ganó Barrón ayudado por la mala suerte, que golpeó algunas grandes inversiones industriales de Castaños. Éste tuvo que vender, poco antes de morir, sus propiedades más importantes, las cuales fueron compradas por Barrón y sus asociados: Forbes y Aguirre. El viejo Barrón era para aquel entonces, además de comerciante, hacendado, industrial y banquero y, de hecho, toda la región dependía de sus negocios. Adquirió las haciendas de Miravalle, donde había una mina de oro y plata, otra hacienda en San José del Conde, cerca de Compostela, para ganado y agricultura, las propiedades de El Borbollón y San Lorenzo, y el ingenio de azúcar de Puga. Tuvo también negocios en California (minas y perlas) y en toda la República. Una de sus hijas, Catalina, se casó con Antonio Escandón, miembro de una de las familias más ricas del país, de tal manera que la Compañía Barrón and Forbes, si bien es cierto que nació en Tepic y dominó a Tepic, rápidamente tomó proporciones nacionales. El viejo don Eustaquio, después de darse una vuelta al mundo de dos años (1846-1848), no regresó a Tepic y se quedó en la ciudad de México.
Dejó en Tepic y San Blas a algunos de sus hijos y parientes, quienes heredaron el pleito con los hijos del difunto Castaños. Los Castaños, derrotados económicamente, trataron de vengarse políticamente. La grave crisis nacional que empezó en 1854 les proporcionó una buena ocasión.
Los Castaños se apoyaron en los liberales de Guadalajara y México (Gómez Farías, Ogazón, Vallarta) para reconquistar el terreno perdido, y la familia Barrón había puesto sus simpatías con los conservadores. En un principio los Castaños y sus amigos consiguieron los mandos políticos y militares, así como las codiciadas aduanas de San Blas. Aprovecharon su posición para acusar a la casa Barrón and Forbes de ser contrabandista, es decir de evadir el pago de impuestos a la hora de sacar la plata del país o de importar mercancías extranjeras. Como todos los comerciantes fueron contrabandistas en el siglo XIX, debió de ser cierta la acusación, pero tampoco cabe duda de que la Casa Castaños, antes de su ruina, hizo su buen contrabando también.
En defensa de sus intereses los juniors Barrón y Forbes lanzaron contra los juniors Castaños y Gómez Farías al batallón Libre de Jalisco, acuartelado en San Blas, y entraron a Tepic en diciembre de 1855. Sus adversarios convencieron a Santos Degollado, gobernador de Jalisco, de marchar sobre Tepic "no por la importancia que el pronunciamiento tuviera, pues carecía completamente de ella, sino por la división de los partidos". Efectivamente la paz y la unión tan mentada por el visitador de 1826 se habían esfumado por completo y la ciudad de Tepic, así como los pueblos principales, estaban divididos en dos partidos conocidos con el apodo de Changos. (los Castaños) y de Macuaces (la Casa Barrón).
Degollado apoyó lógicamente a sus amigos liberales, pero Barrón hijo, cónsul inglés de San Blas, se refugió a bordo de un buque de guerra inglés. Inglaterra presentó reclamaciones al gobierno de México, y un asunto local, un pleito entre dos familias estuvo a punto de provocar una grave crisis internacional. Finalmente Barrón regresó triunfal a Tepic.
Un año después del cuartelazo de Barrón en San Blas, hubo otro de Castaños en Tepic, y Barrón, atrincherado en su casa, resistió el sitio. En este fin de 1856, mientras el país se acercaba a la guerra civil, en la cual se iba a hundir durante 10 años, Tepic conocía ya sus trastornos.
La guerra que dura 10 años, de 1857 a 1867, desde el principio de la guerra de Reforma hasta el fusilamiento del emperador Maximiliano, sería la ocasión para ajustar cuentas; ajustar las cuentas pendientes entre los Castaños y los Barrón, pero también entre ricos y pobres, entre serranos y abajeños, es decir, reanudar la vieja guerra de los siglos XVI y XVII, la guerra nayarita. ¿Por qué?
El estado de los indios de la sierra, habitantes de las antiguas misiones, era comparable al que conocían en 1700. Después de haber sufrido mucho en la guerra de Independencia, se encontraban ahora independientes. Los misioneros franciscanos empezaron a retirarse a partir de 1829, cuando el gobierno dejó de auxiliarlos.
Al pie de la sierra los pueblos agricultores sufrieron la embestida de la modernización cuando las haciendas azucareras, engendradas por el progreso (¡qué precio amargo hubo que pagar!), invadieron sus tierras y les quitaron sus aguas. Concretamente sabemos que, en 1850, el administrador de la hacienda de Mojarras quitó al pueblo de San Luis su finca rústica llamada Mojarritas, junto con sus vaqueros quemó las casas y se llevó el ganado.
Unos 25 años antes la hacienda de Castilla había usurpado el rancho la Cofradía, perteneciente a la parroquia de Xalisco.
Esto, más el desorden provocado por el caos político, empujó a cierta gente al bandolerismo, que estuvo en auge a principios de los años cincuenta. A la hora de la guerra civil, había gente dispuesta a matar por gusto, por venganza, por ideal o para ganarse el pan de cada día. Uno de estos bandidos fue precisamente el joven Manuel Lozada, vecino de San Luis, pueblo nayarita que tenía pleito trabado con la hacienda de Mojarras.
La crisis política y militar que empezó en San Blas a fines de 1855 aceleró la victoria del puerto de Mazatlán sobre el puerto de San Blas. De un año para otro las importaciones cayeron de tres a una, a causa de las divisiones en Tepic y del bandolerismo en los caminos. Rápidamente corrió la voz en San Francisco, Panamá, Londres y Hamburgo de que el puerto de San Blas no era seguro, que en cualquier momento podía ocurrir una asonada militar. Y los barcos se fueron para Mazatlán o Manzanillo, de tal manera que en 1862, en el Pacífico, San Blas pasó a tercera posición, después de Mazatlán y Acapulco.
De todos modos San Blas era técnicamente insuficiente para los vapores que iban a sustituir a los veleros.
