Con la revolución de Ayutla triunfó el liberalismo, o sea, un grupo de hombres que tenía un proyecto de modernización para el país. Los conservadores tenían el suyo, y la diferencia entre los dos grupos estaba en el cómo. Los liberales creían que la república, el federalismo, las elecciones y la libre actuación de los negociantes, comerciantes, agricultores e industriales llevarían a México a la abundancia y a la felicidad compartida entre todos. Eran demasiado optimistas, si bien hombres de buena voluntad. Sus contrincantes conservadores, igualmente de buena voluntad, eran demasiado pesimistas. Quizá un entendimiento hubiera sido posible (los dos grupos se conocían bien, se trataban, y muchas veces una familia tenía sus liberales y sus conservadores), pero frente al peligro de nuevas agresiones por parte de los Estados Unidos, las posiciones se radicalizaron.
La intervención del gobierno en asuntos de culto religioso y de finanzas eclesiásticas, así como sus intentos para privatizar la propiedad comunal de las comunidades indígenas aumentaron la tensión. Después de los golpes de Estado vino la guerra civil.
México tuvo dos presidentes, Benito Juárez el liberal, Zuloaga el conservador, y después de Zuloaga el joven general Miramón, quien había sido uno de los niños héroes de Chapultepec en 1847. Como dice Luis González, "el pueblo se puso las manos en la cabeza para no sentir tan fuerte los golpes" que le daban los ejércitos de los dos bandos y el sinnúmero de bandidos que aprovecharon la oportunidad para robar y asesinar impunemente. En el primer año ganaron los conservadores, en 1859 empataron con los liberales, en el tercero triunfaron los liberales.
Mientras, Juárez nacionalizó los bienes de la Iglesia, cerró los conventos, suprimió muchas fiestas religiosas. Quedó dueño de un país agotado y en buena parte arruinado por una guerra sin cuartel. Pero los restos del bando conservador se fueron al monte y empezaron una cruenta guerrilla. En el séptimo cantón de Jalisco, nuestra región, los ejércitos liberales no consiguieron triunfo duradero y sí, sufrieron crueles derrotas a manos de Manuel Lozada, quien empezó a perfilarse como la suprema autoridad regional.
Inexpugnable en su sierra, Lozada esperó que las cosas se pusieran color de hormiga para los liberales victoriosos. No tuvo que esperar mucho tiempo, ya que en 1861 desembarcó en Veracruz un ejército francés que venía a instalar un emperador para cerrar el paso a los expansivos estadounidenses y servir a los intereses franceses. El Partido Conservador creyó encontrar la oportunidad de rehacerse y descubrió, demasiado tarde, que los franceses y el emperador Maximiliano, el rubio austriaco de la barba partida, descendiente de Carlos V, rey y emperador en el tiempo de la Conquista, eran tan liberales como los liberales.
En un principio la resistencia liberal, después de la gloriosa pero efímera victoria de Puebla (5 de mayo 1862), pareció sin porvenir y, en un momento dado, limitada a un grupito de soñadores huyendo en compañía del indomable presidente Juárez. En nuestra región, Lozada aseguró el dominio absoluto del Imperio del cual recibió muchas manifestaciones de interés y respeto. Desconfiado, evitó siempre el trato con los generales franceses (aunque parece que le dieron la legión de honor, condecoración muy apreciada). En 1865 y 1866 derrotó en varias ocasiones a los ejércitos liberales que operaban en Sinaloa a las órdenes de Ramón Corona.
Contra las esperanzas de los conservadores, el Imperio respetó las reformas liberales; las únicas novedades fueron el regreso de las monjas a sus conventos, el libre toque de campanas y otras medidas relativas al culto. Maximiliano siguió la política de Juárez y se rodeó de muchos liberales convencidos de que el Imperio era la única solución tras medio siglo de desastres. Se equivocaban. La situación internacional obligó a los franceses a la retirada, los Estados Unidos exigieron su salida. Pero lo más grave era la amenaza creciente de Prusia, en Europa, amenaza muy seria según se comprobaría cuatro años después, en 1870, cuando los alemanes acabaron con el imperio de Napoleón III. En diciembre de 1866 los liberales, después de atravesar el territorio de Tepic sin disparar un cartucho (Lozada proclamó su neutralidad en julio), entraron a Guadalajara.
Al final de un sitio largo y sangriento la plaza de Querétaro, en donde se había encerrado Maximiliano, cayó. El 19 de junio de 1867, un pelotón fusiló a Maximiliano, a Miramón y a Mejía, el general indio. Lozada había vanamente intercedido en favor del rubio extranjero, quizás porque supo de las simpatías de éste por los indígenas y los pobres. Ramón Corona, el principal adversario militar de Lozada, se había cubierto de gloria en la campaña de Occidente primero y después en el sitio de Querétaro.
APA 6. El dominio de Lozada; mapa elaborado
por Jean Meyer. 
