Al año siguiente, en 1792 entró a Monterrey el nuevo prelado, doctor Andrés Ambrosio de Llanos y Valdés. Era un obispo visionario. Como ya se dijo, le acompañaba el arquitecto Juan Crouset y pronto inició la construcción de la catedral, un hospital y un convento. Estas obras las emprendió al norte de la ciudad, con miras a que ésta cambiara su aspecto de aldea y se ensanchara hacia aquel rumbo. Fue él quien fundó el Real y Tridentino Seminario Conciliar de Monterrey, el 19 de diciembre de 1792.
Nació la institución en una de las décadas más representativas del enciclopedismo y de la ilustración. Aunque en expresión mínima, eran advertidas aquí algunas manifestaciones de las nuevas corrientes en el campo de las ideas. El trazo, por ejemplo, de los primeros mapas de la región y de los primeros planos de la ciudad, o la fundación del hospital y la presencia de los primeros médicos y maestros de botánica. También podía apreciarse este movimiento científico en la introducción de la vacuna contra la viruela, que en 1798 se hizo aplicar públicamente la familia del gobernador Herrera y Leiva a fin de inspirar la confianza popular. O bien en la presencia de algunos personajes franceses, o en la actitud de algunos soldados del presidio de Lampazos; unos y otros organizando reuniones de carácter marcadamente masónico.
Para sostener la nueva institución de enseñanza, el obispo asignó el tres por ciento anual a los curatos de la diócesis. Estos fondos fueron puestos al cuidado de Manuel de Sada, nombrado en 1793 "mayordomo y administrador" del colegio. Como primer rector fue designado el bachiller Domingo de Ugarte, quien lo tuvo a su cargo durante diez años, hasta 1803. Durante su rectorado redactó unas Instituciones de gramática latina para uso de los estudiantes. Años después, en los albores de la Independencia, escribió una Historia de la Insurrección. Al morir en Monterrey, en 1825, era canónigo de la catedral.
Hubo interés extraordinario por ingresar al colegio. Sin embargo conforme al espíritu de la época, no había de ser admitido cualquiera por lo menos hasta 1821. Era requisito indispensable levantar, ante autoridad competente, lo que se llamaba una "Información de limpieza de sangre". Consistía ésta en comprobar, por medio de testigos, que el aspirante a matricularse era
nacido de cristianos viejos, limpios de toda mala raza de moros, judíos, mulatos y penitenciados del Santo Oficio de la Inquisición... ni han sido castigados por otro tribunal por pena que cause infamia.
