El colegio, a partir de la Constitución de 1857 y de las Leyes de Reforma, volvió a ser una institución netamente religiosa. Los gobernadores Vidaurri y Aramberri decretaron la creación del colegio llamado Civil, justamente para distinguirlo del eclesiástico. La ley de Desamortización de Bienes, observada en Nuevo León escrupulosamente, dejó a muchas instituciones, y en particular al Seminario, en situación difícil. Fue entonces cuando perdió todas las fincas que poseía para su sostenimiento.
Para su instalación en 1792, el obispo de Llanos y Valdés adquirió una casa frente a la Plaza de Armas (Zaragoza) que veía al norte, y haciendo esquina con el callejón del Ojo de Agua, hoy calle de Zaragoza; inmediato al demolido convento de San Francisco. Hacia 1870 fue instalado en el barrio de las Quintas, al poniente de la ciudad, en la doble manzana comprendida entre las actuales calles de Hidalgo, Bravo, 20 de Noviembre y Padre Mier. El edificio era amplio, de triple patio de arcos y espaciosa huerta. Allí estuvo por más de cuarenta años, hasta 1914 cuando fue intervenido por el gobierno federal. Después de la revolución estuvo muchos años el Seminario a espaldas del templo de San Luis Gonzaga, en las calles de Hidalgo y Cuauhtémoc. Actualmente dispone de uno de los más bellos y espléndidos edificios, construido en Garza García durante el gobierno eclesiástico del arzobispo Alfonso Espino y Silva.
Fue el Colegio Seminario, durante más de sesenta años, la máxima institución cultural en el noreste de México. En sus aulas se formaron los hombres que habrían de ser los dirigentes de la política, no solo en Nuevo León, sino en Coahuila, Tamaulipas y en Texas hasta su segregación del territorio nacional. De ese plantel salieron también los primeros maestros que formarían más tarde la generación de escritores, poetas, humanistas y hombres de ciencia.
