A la muerte de los caudillos insurgentes, fue designada en Monterrey, en abril, una Junta Gobernadora que presidió Blas José Gómez y que tuvo a su cargo la administración local hasta el 11 de marzo de 1813.
Habían quedado en Nuevo León algunos grupos. Rafael y Ramón González de Hermosillo, en Cadereyta; el lego Juan de Villerías en Río Blanco, y otros. Hay constancia de que en Labradores (Galeana) estuvo temporalmente Ignacio López Rayón, contra quien había orden de aprehensión, pero logró eludirla y continuar sus actividades en Zitácuaro y otros lugares.
La idea de la insurgencia no acabó. José Herrera, de las fuerzas de Gutiérrez de Lara, procedente de Texas, mantuvo en la región constantes guerrillas. Por Pesquería Grande (villa de García) avanzó a Monterrey y la atacó el 3 de julio de 1813; en el centro de la ciudad, Pedro Báez Treviño, soldado insurgente de Cerralvo, realizó la hazaña, común entonces, de lazar un cañón realista. Rechazado comandante José María Sada, sostuvo otro encuentro en Salinas, donde fue derrotado. Ocupó después Vallecillo, el 26 de julio, y, más tarde, combatió en la Chorreada, cerca de Cerralvo, para retirarse a Tamaulipas. En honor suyo y en el de Martín Herrera, su hermano, fue creado el municipio de los Herrera, en 1874.
Figuraron también en esta etapa el ex seminarista Policarpo Verástegui, y Leandro de la Cruz, quien fue ahorcado entre Pesquería y Salinas; José Urbina Cantú, Francisco Carrasco (escribiente de Herrera), Antonio Reyes, seminarista de Durango, y muchos otros, fusilados en la plaza de Mercado (Hidalgo) en Monterrey. Por la parte realista se había distinguido, en la primera época, Domingo Narciso de Allende, vecino del valle de la Mota (General Terán) y primo de don Ignacio del mismo apellido. Se destacaron también el comandante Ramón Perea, Timoteo Montañez, Adeodato Vivero, Ventura Ramón y otros.
Sofocadas estas guerrillas se vivió en relativa calma, alterada únicamente por las extravagancias del comandante Joaquín de Arredondo. Desde 1811 éste había sido destinado al norte al mando del Regimiento Fijo de Veracruz, a fin de interceptar el avance insurgente. Hizo campañas en Tamaulipas y en Texas. En 1814 fijó la comandancia en Monterrey y en 1817 realizó la campaña contra las fuerzas de Francisco Javier Mina, en Soto la Marina. Consumada la Independencia, Arredondo salió de Nuevo León, estuvo refugiado en el convento del Carmen, en San Luis Potosí, y de allí pasó a La Habana, donde murió en 1837. El comandante Gaspar López quedó en su lugar, convocó a los vecinos y proclamó la adhesión al Plan de Iguala, jurando la Independencia en Monterrey el 3 de julio de 1821.
