Todo fue novelesco y fantástico en su vida. Protegido por el presidente Guadalupe Victoria pasó el padre Mier sus últimos años en una habitación del Palacio Nacional. Presintiendo el fin preparó —al decir de Valle Arizpe— "su última fuga". Personalmente salió en carretela a convidar a sus amigos a la ceremonia en la que habría de recibir los últimos auxilios. La procesión con el Sagrado Viático salió de la iglesia de la Santa Veracruz, frente a la Alameda. El gentío era inmenso: las corporaciones civiles, las Comunidades religiosas y el pueblo. El presidente costeó la cera y asistieron numerosas bandas militares. Su amigo, pariente y casi paisano, Ramos Arizpe, le administró el Viático.
En esa ceremonia de sus últimos auxilios espirituales, dijo el padre Mier "cuatro palabras". En ellas explicó no ser apóstata ni centralista; dijo no vivir en el claustro por haberse secularizado; que no celebraba misa por el impedimento de su brazo derecho destrozado; se pronunció contra las actividades políticas ocultas y justificó su postura en cuanto al sistema que convenía al país.
Murió el 27 de diciembre de 1827. No obstante su secularización fue sepultado en el convento de Santo Domingo. En 1861, al ser abierta una calle, fueron descubiertas varias momias. Alguien las adquirió y las llevó a exhibir a Europa, con rótulos alusivos a la Inquisición. Se dice también que fueron llevadas a Buenos Aires. Entre estas momias iba la de fray Servando. Ontañón, uno de sus biógrafos, ha observado que en el hallazgo de Santo Domingo unas momias fueron encontradas de rodillas, sentadas o en contorsiones dramáticas. La de fray Servando —dice— fue hallada de pie y "asomaba alta y enhiesta [...] con su mejor aire espectacular".
