Vidaurri en su Plan de Monterrey se alzaba contra la dictadura y reconocía al nuevo gobierno nacional, pero no dejaba, sin embargo, de constituirse en caudillo de la frontera. Esta situación dio origen a su distanciamiento con el gobierno, que había de proyectarse hasta los días de Juárez. Vidaurri se convirtió en el más severo crítico de Comonfort y su valentía en este aspecto le dio tal popularidad que llegó a ser mencionado como probable candidato a la presidencia. Su distanciamiento con el centro se acentuó cuando, con su decreto de 19 de febrero de 1856, anexó el estado de Coahuila al de Nuevo León. Lo había logrado con la anuencia de todos los pueblos coahuilenses, exceptuando Saltillo y Ramos Arizpe, marcadamente conservadores.
Durante ocho años, unidas ambas entidades formaron el estado de Nuevo León y Coahuila. El gentilicio de sus habitantes fue el de nuevoleo-coahuilenses. El presidente Comonfort desaprobó la anexión y ordenó a Vidaurri renunciar y entregar el gobierno, pero no fue obedecido. Entonces se ordenó a Juan José de la Garza someterle con las armas. Vidaurri y Zuazua marcharon sobre Tamaulipas, se apoderaron de Camargo el 28 de septiembre de 1856 y consiguieron que la villa de Mier se anexara aunque por breves días a Nuevo León. Mientras tanto, las fuerzas tamaulipecas derrotaron a Escobedo en las cercanías de Cadereyta y avanzaron sobre Monterrey, donde estuvieron a punto de apoderarse de la Ciudadela, que defendía Zaragoza. Zuazua llegó oportunamente, el 3 de noviembre, y De la Garza se retiró para incorporarse a la división del general Rosas Landa, que venía por Coahuila también a someter a Vidaurri.
Iba a ser sostenido otro combate pero Zuazua y los contrarios llegaron a un arreglo, firmándose el Convenio de la Cuesta de los Muertos. Por medio de este documento, Vidaurri reconocía a Comonfort y llevaría el asunto de Coahuila al voto popular. El gobierno nacional ofreció, por su parte, 8 000 pesos mensuales para la campaña contra los indios; una abrumadora mayoría de 4 056 contra 260 votos se decidió por la anexión. Llevado más tarde el asunto al seno del Congreso Constituyente, provocó largos debates, pero fue aprobada la unión de ambos estados por 60 votos contra 20.