La ocupación de la ciudad de Monterrey obligó a Juárez a emprender su peregrinar hacia el norte. Sus relaciones con Vidaurri habían venido enfriándose. El gobierno federal había dado facultades al caudillo norteño para el manejo de los fondos de las aduanas fronterizas, desde Piedras Negras hasta Matamoros, a fin de que pudiera mantener la defensa contra las incursiones de los indios. La nueva situación internacional requería de estos ingresos que Vidaurri se empeñaba en seguir controlando. Por lo demás, era manifiesto en él un marcado caciquismo, que no toleraba intromisión federal en su pequeño feudo.
La instalación del gobierno nacional en Saltillo recrudeció el problema. Vidaurri permitió la entrada de la División Doblado a Monterrey. Don Benito Juárez arribó a la ciudad el 12 de febrero de 1864 y sostuvo con el gobernador una breve y enojosa entrevista, condicionada al retiro de las fuerzas federales y en la cual no fue posible acuerdo alguno. Juárez tomó entonces drásticas medidas contra el rebelde norteño. Vuelto a Saltillo, decretó la separación de los estados de Nuevo León y Coahuila, que aquel había mantenido unidos durante ocho años. Obligado Vidaurri a salir por Piedras Negras a Texas, Juárez instaló su gobierno en Monterrey, el 3 de abril. Durante su permanencia en Nuevo León, designó como gobernadores, primero, a Jesús María Benítez y Pinillos, y después a Manuel Z. Gómez. Uno de los ministros juaristas, Guillermo Prieto, publicó en Monterrey el periódico titulado El cura de Tamajón que, en versos jocosos, fustigó y ridiculizó a los imperialistas.
El avance de la ocupación extranjera se hacía incontenible. Tomás Mejía se apoderó de la plaza de Matamoros, que en ese tiempo era puerto de altura. La movilización enemiga sobre la capital nuevoleonesa obligó al presidente a salir de ésta el 15 de agosto. Monterrey había sido la capital de la república durante más de cuatro meses. En el trayecto de su salida Juárez fue hostilizado por Julián Quiroga, quien con Vidaurri firmó en Salinas Victoria su adhesión al imperio y contribuyó a la ocupación de Monterrey por el jefe francés Armando de Castagny. Maximiliano dio nombramiento a Vidaurri como consejero imperial y, poco después, como ministro de Hacienda.
