Monterrey volvió a ser ocupada —definitivamente— por las fuerzas nacionales. Escobedo se dedicó a reorganizar la administración pública y a normalizar la educación, reabriendo el Colegio Civil. Honró también al héroe de Puebla, decretando el establecimiento de la municipalidad de General Zaragoza, el 16 de septiembre de 1866.
Instalado el cuartel general en Linares, Escobedo intervino en el serio problema suscitado en Matamoros, por la capitulación de José María Carvajal ante el general imperialista Tomás Mejía; y en los que provocó Servando Canales al desconocer al general Santiago Tapia y al propiciar el paso de fuerzas de los Estados Unidos a aquel puerto fronterizo.
Resueltos tales conflictos y organizadas sus tropas, marchó al interior del país. En el trayecto venció en San Jacinto a Miguel Miramón. Avanzó después a Querétaro, cuyo sitio sostuvo hasta la rendición de Maximiliano, el 15 de mayo de 1867.
Entre los cuerpos militares de Nuevo León que mayor participación tuvieron en esa época, conviene mencionar a los Rifleros de China, organizado con estudiantes del Colegio Civil por Narciso Dávila; Legión el Norte; Supremos Poderes, que custodió a Juárez hasta Chihuahua; Carabineros de Lampazos; Libres de la Frontera y Cazadores de Galeana.
