El general Reyes supo ganarse muy pronto la simpatía aun de aquellos que se habían opuesto a la intervención del centro. No obstante su juventud (tenía entonces 35 años), administró con inteligencia, asesorado inicialmente por Lázaro Garza Ayala y por Pedro J. Morales. En ese tiempo, niveló la exigua economía aplicando un prudente método de cobro de impuestos. El resultado fue un halagador superávit. Dinámico y organizador, estableció una Junta de Mejoras Materiales que presidió el sabio doctor José Eleuterio González.
Una de las obras más ambiciosas que emprendió fue la de la Penitenciaría del Estado, indudablemente la institución más indispensable para los propósitos pacifistas del general Díaz. El soberbio edificio, con proporciones de fortaleza, fue empezado en 1887 y concluido en 1895, aunque mutilando lamentablemente la espaciosa alameda trazada durante el gobierno de Vidaurri.
La ciudad empezó a ser embellecida. La plaza de Zaragoza fue dotada de bellos y espléndidos faroles mandados a fundir a Nueva York y de cómodas bancas. Estas mejoras hicieron más lucidas las ya tradicionales serenatas.
El palacio municipal, que desde 1853 ostentaba la parte alta sólo en su fachada principal, fue concluido en sus tres lados. En su frontispicio poniente fueron inscritos en un óvalo en relieve los años 1886-1887. El mercado Colón construido en la década anterior fue objeto de importantes arreglos. El paso sobre el río de Santa Lucía, por la calle de Zaragoza hacia el norte, tenía entonces aspecto de aldea. El transeúnte cruzaba sobre un enorme tronco de sabino alisado en la parte superior, a fin de que sirviera de puente. La metamorfosis fue notable. El gobierno de Reyes construyó en 1886 un hermoso puente, encomendando la obra al ingeniero militar Miguel Mayora, graduado en París. Como el pueblo dudaba de su resistencia, el constructor se acostó bajo de uno de los arcos e hizo que pasaran sobre el puente numerosas carretas cargadas de piedra, leña, sillares, caña, arena u otros materiales pesados.
El impulso a la instrucción pública fue notorio. Ante la carencia de maestros se hizo necesaria la reorganización, en 1886, de la Escuela Normal para Profesores, frustrada institución abierta en 1870 por el gobernador José Eleuterio González. Su interés se enfocó al mejoramiento de los planes de estudios del Colegio Civil del Estado, con la introducción de la escuela positivista implantada en el país por Gabino Barreda.
La penitenciaria pronto cumplió sus funciones. Dispuesto a pacificar la región asolada por salteadores y contrabandistas, emprendió el general Reyes una enérgica cruzada contra estos. Se valió para ello, entre otros recursos, de la identificación de aquéllos por medio de uno de sus más temibles jefes.
