De inmediato se advirtió en esta nueva y prolongada administración un fuerte impulso a la industrialización de la ciudad. El 20 de diciembre de ese mismo año otorgó la primera concesión a una empresa fundidora de fierro y elaboradora de maquinaria; y en los inicios de 1890 a la fundición Nuevo León Smelting.
"Una ola de fábricas" habría de inundar a Monterrey. Textiles, refinerías, muebles, cerveza, vidrio, molinos de harina, cigarros, jabón y una infinita variedad de productos. La estabilidad del país y las facilidades otorgadas por el gobierno local propiciaron este notable incremento económico. Un factor determinante lo fue también la política de exención de impuestos a aquellas industrias que contribuyeron al bienestar público. A ello se sumó el amplio impulso de la industria minera que alcanzó cierto auge en esa época.
A fin de justificar y de divulgar sus actitudes mantuvo, durante veinte años (1888-1908), el periódico semioficial La voz de Nuevo León, del cual se conserva una colección en la Biblioteca de la Universidad de Nuevo León.
Aplicó, como en su primer periodo, mano dura a quienes perturbaran el orden. Combatió el contrabando que dominaba en la frontera y al bandolerismo, que habían propiciado una tapa de corridos y de héroes populares. Algunos, como Santos Bazaldúa, murieron en la jornada pacificadora; otros fueron deportados a Yucatán. Eficacísimo en esta campaña fue el cuerpo rural de la Acordada.
En otro orden de cosas, Reyes supo eliminar a enemigos políticos como al doctor Ignacio Martínez, quien desde Laredo atacaba con su periódico al régimen, pero que en febrero de 1891 resultó inexplicablemente muerto. De igual manera aplacó, a quienes, como Catarino Garza, llegaron a sostener encuentros armados en el norte de Nuevo León con gente del gobierno.
Corolario de esta situación fue el reglamento del sistema penitenciario que no excluía la pena de muerte y que se anticipó no sólo a los demás estados del país sino aun a los del gobierno federal.
En cuanto a obras materiales, las que emprendió mejoraron notablemente a Nuevo León. En 1904 firmó un contrato concesión con una compañía canadiense a fin de dotar a Monterrey con uno de los mejores servicios de agua y drenaje. Cumplido su término —cuarenta años— el gobierno podría adquirir (como así sucedió) el sistema.
En el aspecto educativo, si bien por falta de alumnos y por carencia de recursos suprimió temporalmente la escuela de Derecho y la de Medicina, abrió la Escuela Normal para señoritas (1892) e impulsó al Colegio Civil. Los servicios públicos, salud, luz eléctrica, teléfonos, transporte urbano, fueron objeto de especial atención. En su tiempo (1906) dictó la Ley de accidentes de trabajo, precursora en su género en el país.
La construcción del palacio de gobierno, a base de cantera rosa de San Luis Potosí, vino a embellecer la ciudad. Lampazos, Montemorelos, Guadalupe, Villaldama, Galeana y otras poblaciones construyeron magníficos edificios para sus ayuntamientos, "así como plazas, estatuas y jardines", que cambiaron su fisonomía pueblerina.
En 1892 y de acuerdo con un convenio con los estados vecinos, Reyes creó la congregación de Colombia a fin de establecer frontera con los Estados Unidos. Nuevo León cedió a Coahuila terrenos limítrofes en el sur a cambio de una franja de 28.8 km por 14 de ancho, colindante con el río Bravo. Tamaulipas le cedió también terrenos después de largas negociaciones. El fin esencial de este cambio en la división política de Nuevo León fue el de facilitar la extradición de reos con el país vecino. Conviene hacer notar que Nuevo León no había perdido su vecindad con los Estados Unidos por orden de Juárez, reclamando a Vidaurri el control de las aduanas, como hasta ahora se ha venido afirmando. Nuevo León la había perdido más de un siglo antes, cuando José de Escandón, colonizador del Nuevo Santander, fundó Laredo (Texas) y le dio de jurisdicción hasta mucho más al sur del Bravo.
En febrero de 1898 el ministro de Hacienda Limantour, prospecto a suceder a Díaz en el gobierno, visitó Monterrey. Calificó entonces de "titánica y sin precedente" la obra de Reyes. En diciembre del mismo año, el presidente realizó una visita de cuatro días a la ciudad. En el brindis de un banquete en su honor, dijo: "General Reyes, así se gobierna."
