Carranza había designado gobernador y comandante militar de Nuevo León a Antonio I. Villarreal. Capturada la ciudad, pudo éste ejercer el cargo, y, sobre todo, aplicar algunas de sus ideas. Por principio de cuentas, ordenó la expulsión de los sacerdotes extranjeros residentes en Monterrey. Prohibió, además, la confesión, y dispuso la clausura de los templos permitiendo el acceso únicamente "a los no fanáticos". Para ello, confió a los alcaldes de los pueblos la custodia y el control de las llaves. Llegó a tal extremo su actitud que procedió al incendio de confesionarios y al "fusilamiento" de las imágenes religiosas, así como a la demolición del templo y exconvento de San Francisco. Monterrey perdió entonces lo que indudablemente era el monumento religioso más antiguo y representativo de la cultura local. Se acabaron también entonces las escasas pinturas y obras de arte y, lo que es más lamentable, se perdió el archivo colonial que, fraccionado, fue posible rescatar aunque en mínima parte. El mismo mundo oficial de la época reprobó; aunque tardíamente, aquella actitud.
El gobernador Nicéforo Zambrano, al informar en 1918 sobre el cargo de 7 200
pesos que la Secretaría de Hacienda hacía al estado por el valor del predio
del templo, comentó que Villarreal:
había sin mira alguna de utilidad pública y por mero apasionamiento de ideas liberales, llevado a cabo la demolición [...] sirviéndole como pretexto el prolongar aquella calle [la de Zaragoza]: mejora que no ha reportado ningún beneficio público a la comunidad.
