En todo el siglo XVII no existió aquí un centro de enseñanza superior. Los vecinos que tenían buena posición económica o que podían hacerlo, enviaban a sus hijos a México, Guadalajara o San Miguel el Grande, a cursar la carrera eclesiástica. En los primeros años del siglo XVII se observó el primer movimiento cultural de importancia. El bachiller Jerónimo López Prieto, nacido en el valle del Huajuco y que había estudiado en Guadalajara, volvió a Monterrey e impulsó la enseñanza superior. En 1702 fue autorizado para erigir un templo a San Francisco Javier, de la Compañía de Jesús, en la esquina noroeste de las actuales calles de Morelos y Escobedo. Gestionó, además, la apertura de un colegio anexo al mismo templo, atendido por padres oblatos. Este instituto quedó totalmente establecido en 1712, a cargo de la Compañía de Jesús. El licenciado Francisco de la Calancha donó a la Compañía la hacienda de San Francisco Javier, en Sabinas, para su sostenimiento.
El gobernador Francisco de Mier y Torre visitó colegio en abril de 1711. Encontró que el edificio, además de la capilla y vivienda de los religiosos, tenía siete cuartos para clases, refectorio, portal y dormitorios. Certificó, además que "se ven ya dos sacerdotes logrados y otros de sacras órdenes, y otros de cuatro grados y que [...] están leyendo gramática y filosofía.
Por todo ello autorizó la elevación del colegio a la categoría de seminario.
