Así como los climas, la flora y fauna del estado se encuentran determinadas por los suelos, la altitud y los recursos acuíferos. Cuando se clasifica la flora por regiones específicas, se describe también el hábitat de muchas especies animales.
De acuerdo con los estudios realizados por Jerzy Rzedowski, a quien seguimos en todo lo referente a este tema, la flora del estado de San Luis Potosí puede estudiarse bajo las categorías que se mencionan a continuación.
Bosque tropical perennifolio. Siempre cubierto de follaje, se localiza en el este y extremo sureste del estado, en el lado de barlovento de la Sierra Madre Oriental, a una altura de entre 500 y 800 msnm. Estos bosques han sufrido una tala inmoderada y han sido afectados por las actividades agrícolas que han empobrecido los suelos.
Bosque tropical deciduo. Este bosque es el que en alguna estación del año deja caer su follaje. Ocupa una franja de transición entre el bosque tropical perennifolio y la vegetación espinosa de la planicie costera; se le halla en los declives orientales inferiores de la Sierra Madre Oriental, entre San Martín Chalchicuautla y Ciudad Valles, Tamasopo y el Naranjo, abarca un área aproximada de 5 100 kmē y se sitúa en alturas que oscilan entre 50 y 500 msnm.
Bosque espinoso. Ocupa la región correspondiente a la llanura costera; en algunos casos se empieza a localizar en la zona de transición entre la planicie costera y la Sierra Madre Oriental. Este bosque predomina en Tamaulipas y Veracruz. El bosque espinoso en territorio potosino se considera una zona marginal de las regiones antes citadas, donde predomina. Se encuentra a una altura de entre 20 y 150 msnm. El bosque se conserva mejor en los municipios de Tamuin y San Vicente Tancuayalab; se explota principalmente para convertirlo en carbón y se ha acelerado su desaparición con la construcción del sistema de riego Pujal-Coy.
Bosque deciduo templado. Se localiza en la vertiente oriental de la Sierra Madre, a una altura de entre 600 y 1 500 m en los municipios de Tamazunchale, Xilitla y Aquismón. Las condiciones climatológicas atraen al hombre para el desarrollo de actividades agrícolas, en perjuicio de los bosques; los principales cultivos son: maíz, frijol y el café bajo las sombras de los árboles. Hay además plantas trepadoras, helechos y otras especies arbóreas.
En las zonas descritas, todas pertenecientes a la Huasteca, habita una gran cantidad de especies animales originarias del lugar, algunas de ellas, particularmente los mamíferos, en peligro de extinción: perdiz canela, pichicht o pato maizal, pato real, pato de collar, hocofaisán, cojolite o faisán, chachalaca, gallina de monte o codorniz, chivizcoyo, paloma morada o torcaza, paloma de ala blanca, paloma suelera, paloma codorniz, loro de cabeza amarilla; entre los mamíferos, mono araña, hormiguero de collar u oso hormiguero, armadillo, conejo del este, conejo de bosque tropical, ardilla gris, ardilla moto, puercoespín, tepezcuintle o tuza real, zorra gris, comixtle, mapache, tejón, comadreja, martucha o marta, tayra, grisón, zorrillo listado, zorrillo de espalda blanca, jaguar, leoncillo u onza, jabalí de collar y temazate. Existen también tortugas, iguanas, lagartijas, culebras y serpientes venenosas, entre estas últimas la de cascabel o crótalo, coralillos y nauyaca o cuatro narices, que habita principalmente en bosques tropicales. También se hallan serpientes no venenosas como alicantes, chirrioneras y boas.
Matorral submontano. Vegetación caracterizada por la presencia de arbustos altos o árboles bajos, generalmente deciduos por un periodo breve. Se localiza en el lado de sotavento de la Sierra Madre Oriental y en las serranías localizadas al oriente de la Sierra de Álvarez, en alturas que varían de 800 a 1 700 msnm. Esta vegetación se desarrolla en suelos delgados, pues en suelos profundos es sustituida por el mezquital.
Mezquital extradesértico. Se desarrolla en condiciones climáticas similares a las del matorral submontano, pero es característico de terrenos planos o de un declive lento con suelos profundos; el suelo es obscuro, casi negro, más o menos rico en materia orgánica. Se localiza en las llanuras del Río Verde y en algunos municipios del Altiplano: Armadillo y San Nicolás, al occidente de las serranías que atraviesan dichos municipios. El área del mezquital, madera muy apreciada para la carpintería, coincide con la zona agrícola más importante del estado, las llanuras del Río Verde con los mejores suelos. En la zona del mezquital se desarrollan también otras especies espinosas como el huizache.
En estas zonas, pertenecientes en su mayoría a la región Media, encontramos las siguientes especies animales: codorniz, guajolote silvestre o cócono, tlacuache, comadreja, tlalcoyote, gato montés y venado cola blanca.
Encinar y pinar. Se localizan en la vertiente este de la Sierra Madre Oriental en alturas superiores a 600 m, en las serranías del extremo sur del estado en altitudes superiores a 1 300 msnm, entre los municipios de Santa Catarina y Santa María del Río, principalmente al sur y suroeste de las llanuras de la Cuenca del Río Verde y en la Sierra de Álvarez, en alturas superiores a 1 600 m en la porción sureste de la Sierra de Catorce y en algunas sierras y cerros aislados y en extensiones pequeñas de los municipios de Guadalcázar, Cerritos, Villa Juárez, Villa Hidalgo y Charcas. Estos bosques han sido explotados en forma irracional y se ha perdido el equilibrio ecológico en algunas de estas regiones.
En estas zonas, principalmente pertenecientes al Altiplano y la región Media, se cuentan las siguientes especies animales: codorniz pinta, paloma de collar, pájaro carpintero, conejo del este, ardilla rojiza, tlalcoyote, puma y venado cola blanca.
Matorral desértico micrófilo. Esta vegetación es la más extendida; predominan los arbustos de hoja pequeña, y es característica de los terrenos planos y partes inferiores de los cerros. Se sitúa principalmente en el Altiplano, a una altura de entre 1 000 y 2 300 msnm. Las especies características son arbustivas y sobresale en el paisaje la yuca.
Matorral desértico rosetófilo. Está formado por especies arbustivas y subarbustivas de hojas alargadas y estrechas agrupadas a manera de roseta. Se distinguen dos clases: las que poseen un tallo alargado como la yuca y las que carecen de tallo visible cuyas hojas salen de la base de la planta; se les conoce comúnmente como agaves. Este matorral se localiza en distintas zonas del Altiplano o en algunos casos en pendientes suaves, pero en suelos que contienen abundante grava y fragmentos de roca caliza. Se localiza hasta alturas de 2 600 msnm. No se utiliza para la agricultura y sólo es propicio por sus especies vegetales para la ganadería de caprinos. Entre las especies más importantes están la lechuguilla (Agave lechuguilla) y la palma samandoca (Yuca carnerosana), de cuyas hojas se extraen fibras duras para usos textiles; la candelilla, de la que se utiliza la cera que cubre la epidermis de los tallos, y el guayule (Parthenium argentatum), que se ha utilizado para la producción de hule. La explotación de la lechuguilla y la candelilla constituye la principal actividad y fuente de ingresos de los campesinos del Altiplano. Es notable también la presencia de plantas herbáceas entre las que la gobernadora ocupa un lugar importante; de ella se obtiene la resma que se utiliza para preparar barnices en jabonería, en la fabricación de grasas para el calzado y en la curtiduría; con la extracción del alcohol y la resma de las hojas de la gobernadora se prepara un alimento nutritivo para el ganado, equivalente a la alfalfa.
Matorral crasicaule. En éste predominan las grandes cactáceas, como nopales y garambullos. Se desarrolla preferentemente en las laderas de los cerros riolíticos y basálticos y sobre abanicos aluviales situados en las bases de los cerros; en ocasiones en las llanuras contiguas donde existen suelos derivados de las rocas señaladas. Se localiza en altitudes que varían entre 1 000 y 2 000 msnm, en el Altiplano. En algunos casos, las cactáceas se utilizan como forraje para el ganado una vez que se les han eliminado las espinas, generalmente mediante el fuego. El producto principal de las cactáceas es la tuna, que se industrializa para la elaboración del conocido queso de tuna. El maguey (agave) se utiliza como materia prima para la elaboración de mezcal. El garambullo tiene demanda como fruta fresca y seca convertida en pasa.
Zacatal. Vegetación formada por herbáceas, gramíneas, particularmente las conocidas como "zacate". Crecen distintos tipos de zacatales según el clima, el suelo y el relieve. Se encuentra en terrenos con altitud de 1 800 y 3 000 msnm. En los lugares más bajos la vegetación es arbustiva y con frecuencia alterna con otros tipos de vegetación. Existen áreas relativamente importantes en el extremo suroeste y en la región de Charcas.
Encinar arbustivo (chaparral). Esta vegetación se desarrolla en altitudes superiores a los 1 500 msnm y casi exclusivamente en la zona del Altiplano, sobre todo en las laderas de los cerros, pues en los terrenos planos lo sustituye el zacatal. Las especies vegetales son poco utilizadas por el hombre; sin embargo, en algunos casos se emplean como combustibles. Forman un bosque generalmente denso y los arbustos son deciduos. Se localiza en los municipios de Villa de Reyes, Zaragoza, San Luis Potosí, Villa de Arriaga, Mexquitic, Ahualulco, Moctezuma, Salinas, Venado, Charcas, Zaragoza, Soledad, Armadillo, San Nicolás Tolentino, Villa Hidalgo, Guadalcázar, Matehuala y Catorce, y también en las Sierras de San Miguelito y Mexquitic. Predominan en estas regiones las especies denominadas Quercus potosina y Quercus tinkhamii.
Piñonar. Con el zacatal y el encinar arbustivo, el piñonar forma parte de los tipos de vegetación que guardan una situación ecológica intermedia entre los bosques de tipo mesófilo y los matorrales de xerófitas. Se localiza en tres zonas principales: a) zona de San José Alburquerque (municipios de Santa María del Río y Zaragoza); b) Sierra de San Miguelito (municipios de San Luis Potosí, Villa de Arriaga y Villa de Reyes); y c) en la parte sureste de la Sierra de Catorce y en áreas pequeñas de los municipios de Mexquitic, Ahualulco y Charcas. Se encuentra en altitudes de entre 2 300 y 2 800 msnm.
En estos parajes, pertenecientes a la región del Altiplano, existen muchas especies animales; entre las más características destacan: cuervos, aguilillas, búhos, lechuzas, gavilanes, halcones, águilas, correcaminos, liebre cola negra, conejo audobón, lobos, zorra norteña, coyote, cacomixtle norteño, bura, venado cola blanca y una gran variedad de reptiles como el camaleón, la tortuga de desierto y diversas serpientes.
A simple vista resulta evidente el encomio que podría hacerse de los riquísimos recursos naturales de la Huasteca o de buena parte de la región Media. No sucede lo mismo con las áridas tierras del Altiplano; sin embargo, no es imposible ni difícil llevar nuestra mirada un poco más allá que el explorador Berlandier para apreciar que esta región, a pesar de su adustez y aparente esterilidad, en realidad posee una gran riqueza.
