A partir de 1542, fray Juan de San Miguel inició la evangelización de la zona de Querétaro y el Río Verde. Era guardián del convento de Acámbaro y de ahí salió hacia lo que ahora es Querétaro y luego a la Guachichila. Le acompañaron muchos indios, uno de ellos el sacristán Pedro Vizcaíno, que en octubre de 1597, siendo ya gobernador de Xichú, declaró que esta entrada se había hecho hacía más de 50 años y agregó que después de tomar posesión vino fray Juan a Xichú, pero volvió luego a Izcuinapan, de donde, dejando al mismo Vizcaíno y otros muchachos por ser pequeños, partió "y con él fueron algunos indios ya grandes, y fue al Río Verde y anduvo toda la tierra adentro". Así lo refiere Primo Feliciano Velázquez y señala que terminó Vizcaíno su declaración diciendo que a la iglesia de San Miguel llegó fray Bernardo Cossin, que la construyó en forma e hizo el monasterio; "y habiéndolo labrado, entró al Río Verde y su comarca, y con él, por intérpretes Alonso Carava y Juan Guarchecha, y bautizó mucha gente; y de allí a tiempo salió y volvió a su guardiania de San Miguel; y habiendo descansado algún tiempo, volvió a entrar la tierra adentro, y vino por este pueblo de Xichú, y de aquí corrió la tierra y nunca más volvió, porque dicen lo mataron los indios de guerra".
Los vecinos de Querétaro estaban interesados en esas tierras por ser fértiles y apropiadas para las grandes sementeras y cría de ganado mayor. El capitán Miguel Caldera, junto con el capitán Gabriel Ortiz de Fuenmayor, entró en 1592 con el objeto de reconocer la zona y abrir los derroteros de futuros asentamientos. En 1595, volvió Ortiz de Fuenmayor con bastimentos, ropa y un fraile. Dos años después, en 1597, comenzaron a llegar los nuevos vecinos provenientes de Querétaro y en breve lapso establecieron estancias prósperas: Pedro de Sifuentes, cerca de la laguna La Vieja, Pedro Mejía, en la laguna de Santo Domingo y Vasco López de Vivero junto a la laguna La Vieja.
