Los españoles fundaron ciudades, villas, pueblos y aldeas. Algunas de estas fundaciones se hicieron en el mismo lugar donde se encontraban pueblos indígenas, como en la Huasteca; otras fueron nuevas, como sucedió en la región Media y en el Altiplano.
En el periodo comprendido entre 1521 y 1524, Hernán Cortés distribuyó buena parte de la población indígena entre él y sus compañeros según el régimen de encomienda o depósito. Los grupos de indígenas con sus propios gobernantes fueron entregados a la protección de un encomendero español, quien se obligaba jurídicamente a protegerlos y debía encargarse de su conversión a la religión católica. A cambio, los indígenas darían tributo y servicios. Frecuentemente se otorgaron varios pueblos a un solo encomendero, pero en los primeros años del virreinato las encomiendas fueron distribuidas varias veces. Las mujeres solteras no podían tener encomiendas, por ello las viudas de encomenderos se casaban rápidamente con el fin de no perder el derecho a los indios encomendados. Este caso se presentó a menudo en la Huasteca. Hasta 1550 se pudo regular el sistema de encomiendas y se negó al encomendero el derecho al trabajo de sus indios, se le prohibió residir en su encomienda y se limitó la sucesión a una vida; al término, los indígenas encomendados se incorporaban a la Corona. Esta disposición provocó airadas protestas de los descendientes de los conquistadores, que en ocasiones lograron prolongar el privilegio hasta la cuarta generación. El tributo fue regulado por una tasa uniforme que tuvo que ser ajustada varias veces principalmente por el descenso de la población indígena. También, por una orden dada en 1550, se nombró un magistrado real, denominado corregidor, con jurisdicción sobre una o varias encomiendas con el fin de regular su administración. Los pueblos indígenas que no estaban encomendados a algún español fueron asignados a la Corona y administrados por corregidores, quienes reunían las funciones de administrador de los súbditos indígenas de la Corona, magistrado, recaudador de tributos y, en algunos casos, alguacil.
Junto a la encomienda y los corregimientos, los ayuntamientos fueron las primeras instituciones políticas españolas en la región de la Huasteca. Hacia 1523 se estableció el ayuntamiento de San Esteban del Puerto (Pánuco) y en 1533 el de la Villa de Santiago de los Valles de Oxitipa.
Con la penetración española en la Huasteca, las fronteras que los huastecos
mantenían con los chichimecas se fueron debilitando, las irrupciones hostiles
de los diversos grupos chichimecas fueron cada vez más frecuentes y provocaron
rebeliones en los pueblos comarcanos. Durante el siglo XVI, el
territorio huasteco formó parte de la jurisdicción de diversas provincias como
Pánuco, Valles, Huejutla; pero los límites de cada una de ellas sufrió muchos
cambios. Es difícil determinar en nuestra geografía actual los lugares que ocuparon
los pueblos indígenas durante esta época, ya que muchos han desaparecido y otros
fueron trasladados a otros sitios o reunidos en congregaciones.
Durante la primera mitad del siglo XVI, el desarrollo de la región
de la Huasteca fue precario. Los encomenderos cometieron graves abusos con la
población indígena al exigir tributos demasiado altos, cargas de trabajo excesivas,
servicios personales y castigos físicos. Francisco del Paso y Troncoso, en su
Epistolario de la Nueva España, rescata los siguientes testimonios:
Los naturales della han sido los más opresos y tiranizados que he visto en cuanto he visitado porque no han tenido otra más principal doctrina que el tributo y servidumbre de sus encomenderos, calpisques, corregidores y de otras diversas personas sin haber entendido qué es tasación, ni se ha verificado que ningún indio de la provincia se haya ido a quejar de los agravios que han recibido a la Real Audiencia de México ni a otras partes por no tener libertad, que ni han conocido a Dios Nuestro Señor ni a su majestad.
En Pánuco, cuando Nuño de Guzmán era gobernador (1531), "toda su granjería era hacer esclavos y sacarlos para las islas y de esto vivían de que Dios y Vuestra majestad eran muy deservidos". Nuño de Guzmán consideraba que no era posible conquistar estas partes "si los contumaces y rebeldes no han de tener castigo y los que lo trabajan premio o fruto de sus trabajos en alguna cosa".
Además de las epidemias, los indígenas tuvieron que soportar otras calamidades. Los llevaban cargados como tamemes a México y otras partes y les pedían que las mantas que daban de tributo las hiciesen más anchas y grandes; para ello, muchas veces tenían a las indias recogidas en las casas de los principales tejiendo las mantas, que a esas alturas una valía por tres de las antiguas. También hacían las casas a los españoles, traían pastura para sus caballos, les obligaban a prestar servicios personales, llevaban los bastimentos de los pueblos a sus encomenderos y con frecuencia los maltrataban, dándoles de palos, castigándoles los dedos pulgares y pegándoles con hierro caliente de herrar ganado, o dejando que sus ganados pastasen en las sementeras de los indios.
La evangelización en esta región comenzó en realidad hasta mediados del siglo
XVI con el establecimiento de los conventos agustinos de Huejutla
(1545-1548) y Xilitla (1550). Posteriormente, el establecimiento de la custodia
franciscana de Tampico fue una fuente importante de misioneros para la región.
Su intervención propició un mejoramiento de las condiciones de vida de los indígenas
de la región.
En la Huasteca, hacia 1560 los pueblos encomendados a particulares pagaban tributos diversos en el arzobispado de México; por ejemplo, Tanchinoltiquipaque y Cuymatlán, encomendados la mitad a Alonso Ortiz de Zúñiga, primer tenedor, y la otra mitad a Jerónimo de Medina que fue primer tenedor y su hijo Jerónimo de Medina, tasados en mantas y maíz que valían 8 100 pesos. Existían otras encomiendas como Oxitipa, encomendado a Francisco Barrón, que lo obtuvo de su padre que fue primero tenedor, tasado en dinero, maíz, gallinas que valían 1 000 pesos. Sin embargo, el promedio solía tasarse en tributos más bajos, debido a la disminución de la población indígena: Tamazunchale, provincia de Pánuco encomendada a Juan Acedo, primer tenedor, tasada en ropa valía 130 pesos; Tamante y Cayulatmas, provincia de Pánuco, encomendados a Francisco Corzo, tasados en yerba, pescados, ollas, cazuelas, cántaros, lebrillos y maíz, valía 200 pesos.
Mucho antes de que terminara el siglo —señala Phillip Wayne Powell— era práctica establecida recompensar a los indios pacíficos por su auxilio contra los aborígenes hostiles, eximiéndolos de tributos y servicios personales de toda clase, y protegiendo sus privilegios. Tal política fue ansiosamente recomendada en los primeros meses de 1576 por el ayuntamiento de la Ciudad de México, después de consultar al rey. Así los indios de Xilitla fueron eximidos de todo servicio personal, porque se hallaban en la frontera chichimeca y habían de estar constantemente en guardia contra el enemigo.
