En el proceso de pacificación de la Gran Chichimeca —nunca del todo concluido— hubo cuatro ingredientes principales: la diplomacia necesaria para atraer a las tribus nómadas al acuerdo de establecerse en paz; un intenso esfuerzo misionero que dio cohesión y un objetivo espiritual a la empresa; la política migratoria de enviar indios sedentarios a la frontera para poner ejemplo de otros modos de vida; y, finalmente, el aprovisionamiento de los nómadas y los colonos sedentarios con fondos de la Real Hacienda.
A pesar de la dificultad para sostener los arreglos de paz con las tribus chichimecas, para mediados de la década de 1580 algunos capitanes de frontera habían logrado establecer acuerdos con diversas tribus que comenzaban a adoptar la vida pacífica. Estos acuerdos estaban generalmente reforzados por la fuerza militar; sin embargo, la mejor forma de negociación fue la que se estableció a través de los regalos de paz: principalmente ropa y alimentos, pero también se les prometían buenas tierras, la entrega continua de cabezas de ganado, maíz y ropa por un periodo indefinido, exención de impuestos y cargas similares. Esto último causó problemas a la población española, pues no había mano de obra gratuita para la construcción de las obras civiles y religiosas.
Los misioneros fueron importantes diplomáticos de paz; su número aumentó en las décadas de 1580 y 1590. Para entonces, sus métodos y objetivos ya eran conocidos en muchas de las tribus chichimecas. El conocimiento que estos religiosos pronto tuvieron de las lenguas nativas les dio grandes ventajas sobre los militares en las negociaciones de paz, y el empleo de ayudantes indígenas convertidos fue valioso para atraer a otros. En algunas ocasiones, los indígenas se negaron a tratar con los militares insistiendo, en cambio, en hablar con los frailes. El estudio y aprendizaje de las lenguas fue la llave que permitió abrir el mundo de los nativos de la Gran Chichimeca, así como de otras regiones. La enseñanza del español transformó el mundo simbólico; el horizonte del nuevo idioma iba cargado de los hallazgos de ese otro nuevo mundo.
La diplomacia de la paz se hizo un poco menos difícil en la última década del siglo XVI, cuando las tribus chichimecas comprendieron que podían obtener ventajas de los tratados de paz. Una y otra vez, los propios indios iniciaron las conversaciones de paz, mostrándose dispuestos a abandonar su existencia nómada y a asentarse en las planicies.
Desde los primeros años de contacto español con las tribus del norte, los frailes habían formado una vanguardia móvil en la Gran Chichimeca. Los franciscanos fueron los más importantes en número y en extensión de territorio, pero también los agustinos estuvieron activos entre los pames de las sierras orientales. En su mayor parte, estas primeras entradas de misioneros consistieron en largos viajes, desde bases que no eran atractivas para los indios hostiles a causa de una numerosa población española que podía imponerles trabajos forzosos. Sólo a fines de la década de 1570 y en la de 1580 empezaron los misioneros a diseminar sus casas lo suficiente como para entrar en contacto con las tribus aisladas. En los primeros años de esta actividad misionera expansiva hubo muchos mártires entre los frailes. Para fines de la década de 1580, la lista de mártires franciscanos era ya larga; murieron con el crucifijo en la mano, bajo lluvia de flechas, cayeron en emboscadas por ir en compañía de soldados, fueron capturados y torturados por los guerreros indígenas.
A pesar de todo, la mayoría de los frailes soportó los años difíciles hasta que el cambio de la política virreinal les dio mejores oportunidades con la disminución de la acción militar y punitiva.
La pacificación en las Salinas de Santa María del Peñol Blanco se debió a fray Diego de la Magdalena. Las Salinas fueron descubiertas por Juan de Tolosa y el capitán tarasco don Diego Tomás Quesuchigua. A Tolosa se le llama conquistador, fundador y poblador de las villas de Llerena, San Martín y Aviño y de las Salinas de Santa María.
Desde el gobierno del virrey Martín Enríquez de Almanza (1568-1580), hasta la década de 1590, los métodos de pacificación de los frailes muestran claramente el desarrollo del sistema de misiones que había de llegar a ser una institución de la frontera. Los frailes aprendieron sus lecciones y perfeccionaron sus técnicas durante su avance por la Gran Chichimeca. El favor real se combinó con los esfuerzos de los misioneros en otros aspectos de la pacificación general de fines del siglo XVI y así el sistema de misiones tuvo gran éxito.
El virrey Velasco (1590-1595) consideraba que la conversión de las tribus chichimecas era la base más importante para la paz. Inició una expansión a gran escala de las actividades de los frailes antes de cumplir un año en su cargo. El 5 de julio de 1590 informó al rey que había enviado a todas las zonas y a todas las naciones frailes franciscanos para asegurar a los indios de que no habría peligro en el proceso de establecerlos. Pero el virrey tropezó con dificultades al tratar de extender el sistema misionero. Había pocos frailes disponibles; los indígenas recién pacificados no tenían aún aposento fijo, no cultivaban la tierra ni trabajaban de ningún modo, lo que les impedía dar limosnas o ayuda a los frailes.
Velasco se sintió complacido al saber que los jesuitas habían enviado a cuatro frailes que eran lingüistas para ayudar en el proceso de pacificación. A fines de 1590, el virrey informó al rey que la labor de franciscanos y jesuitas estaba siendo favorecida. Entonces, se elegían sitios para construir iglesias y misiones alrededor de las cuales pudieran reunirse los indios y establecer pueblos, lo que nunca habían querido hacer en el pasado. Con su donación permanente a los frailes, Velasco esperaba que los indios se decidieran a establecerse en paz y lograr una mayor estabilidad. Las casas de frailes y las iglesias se planeaban a escala modesta y con un costo moderado. El sistema de las misiones se iba consolidando como la forma viable de evangelización, colonización y conquista de los pueblos indígenas del norte.
Desde el principio el virrey Velasco se mostró a favor de los jesuitas, a quienes consideraba los mejores misioneros para los chichimecas: aprendían con facilidad las lenguas nativas, trataban a los indígenas con gran desprendimiento y gozaban del mayor aprecio entre los españoles y el clero secular. El virrey apoyó sus preferencias en la opinión de Rodrigo del Río, a quien su larga experiencia lo había inclinado hacia la labor misionera de los jesuitas.
A los jesuitas se les encomendó la fundación de San Luis, en el camino entre Querétaro y las minas de San Luis Potosí. Velasco les dio autoridad para acomodar allí otomíes —con exención de tributos— junto con los chichimecas pacificados, a quienes se proveía con cantidades regulares de trigo y maíz una vez por semana y de vestidos una vez al año; los caciques recibirían los mejores presentes. Esta población se llamó más tarde San Luis de la Paz, en honor de la pacificación de los chichimecas.
Al mismo tiempo, los jesuitas desarrollaban otra empresa misionera en el extremo septentrional de los límites de la Gran Chichimeca, entre los zacatecos y en los bordes del nuevo país: La Laguna. Esta colonización se inició en febrero de 1598. San Luis de la Paz y Santa María de las Parras fueron los dos esfuerzos misioneros jesuitas más importantes entre las recién pacificadas tribus chichimecas.
Los esfuerzos misioneros de los franciscanos, principales trabajadores religiosos en la Gran Chichimeca, estuvieron apoyados por la Real Hacienda; los fondos procedían de los llamados "gastos de guerra chichimeca". A expensas de la Real Hacienda se envió a los franciscanos una gran variedad de artículos. A fines del siglo XVI aun quedaban al menos 20, quizá hasta 25 casas franciscanas en su provincia de San Francisco de los Zacatecas, además del gran numero de conventos situados al norte de Guadalajara y los de la zona situada inmediatamente al norte de la ciudad de México. En cuanto los chichimecas fueron acomodados por los frailes, abandonaron, por lo general, toda hostilidad en la región de la meseta; de hecho, cuando la retomaron fue para sofocar las rebeliones de las tribus de las montañas del oeste y del este.
Además de la ayuda prestada por los frailes en la pacificación general, se les acreditaron algunas actividades que no les correspondían estrictamente, pero que fueron de ayuda en el desarrollo general de la frontera. Por obra de los frailes se registraron muchos descubrimientos de importantes depósitos minerales; los indios les decían dónde se hallaban tales yacimientos cuando no se sentían dispuestos a dar esa información a civiles o a militares. Los frailes también se mostraron frecuentemente interesados en el cultivo de la tierra; hicieron valiosas contribuciones a la expansión agrícola, así como a la construcción y el trabajo de los molinos de mineral.
Una vez establecidos los tratados de paz la enseñanza era el medio básico de incorporar a los chichimecas al modo de vida español. Para esta labor, el fraile era el mejor instrumento.
