La distancia geográfica con la metrópoli virreinal dificultaba la cabal aplicación de las disposiciones tomadas por las autoridades de Nueva España. Reiteradamente, los distintos grupos sociales aplicaron la ley con gran demora y lentitud, o conforme al crecimiento de los intereses particulares, sobre todo en lo tocante a los derechos de los indígenas y a las concesiones de explotación de los recursos naturales.
Las figuras de gobierno, eclesiásticas, militares y civiles que primero se establecieron en la región estuvieron ligadas a los procesos de pacificación y evangelización de las comunidades indígenas, recientemente demarcadas por las misiones o por la dotación de nuevas tierras para su asentamiento en la cercanía de centros de producción o de las fronteras indígenas aún no pacificadas. Así, al teniente de capitán general correspondían todos los asuntos de guerra y, como proveedor, el mantenimiento y conservación de todos los indios reducidos. Debía visitar su jurisdicción para verificar su estado, nombraba un capitán protector en cada pueblo, a quien encargaba el cuidado de los indígenas así como el reparto de carne y maíz que se les daban por mandato real. Sin embargo, el cargo de protector de las fronteras chichimecas debió traer buenos beneficios personales, ya que en lugares de la mayor importancia por su numerosa población indígena, como el Valle de Tlaxcalilla y Mexquitic, para la década de 1630 no incluía salario.
Del teniente de capitán general de San Luis Potosí y fronteras chichimecas dependían los alcaldes mayores de San Miguel el Grande, Querétaro, San Luis de la Paz, Guadalcázar, el capitán protector del Río Verde, la justicia mayor de San Sebastián Agua del Venado y su protector. Desde 1594 hubo dos diputados elegidos entre los mineros por el alcalde mayor, y también se elegía un alcalde de la Santa Hermandad.
Estas formas de autoridad contribuyeron al establecimiento de instrumentos de administración, justicia, conciliación o beneficencia; entre ellos, el depósito del maíz que se creó bajo el gobierno del alcalde mayor Martín de Mendalde y que permitió controlar los precios e impedir que los mercaderes lo alzaran excesivamente. Destaca también la fundación del convento y hospital de San Juan de Dios, en 1611, por petición y donativos de Juan de Zavala, en donde se podían curar gratuitamente los enfermos pobres de las minas, tanto españoles como indígenas.
Estas autoridades contribuyeron a la acelerada fundación de nuevos poblados —en donde el clero tuvo un papel preponderante— sin embargo, se encontraban muy lejos de establecer el control que hubieran deseado: regular la principal actividad económica, la minería, y dirimir en lo concerniente a la disputa por el territorio.
