No sólo en materia civil —entre indígenas y españoles, o en el interior de sus propios conglomerados— había disputas que sobrepasaban el poder de las autoridades locales, sino también en el terreno de las jurisdicciones administrativas: entre la audiencia de México y la de Guadalajara, o en el interior de una misma audiencia, entre los alcaldes mayores. La disputa también se daba en las jurisdicciones religiosas entre el obispado de Michoacán, el de México y el de la Nueva Galicia, así como entre las órdenes religiosas. Por ejemplo, hasta 1603 los franciscanos trataron de impedir el establecimiento de los agustinos en el pueblo de San Luis, a pesar de que eran ministros en la lengua de los habitantes de San Miguel de la Santísima Trinidad, Santiago y San Sebastián, todos ellos de origen tarasco.
La jurisdicción sobre el Valle de San Francisco fue otra disputa muy acalorada entre las justicias de San Luis y de San Felipe. Lo mismo sucedió con la jurisdicción del Río Verde, entre Querétaro y San Luis que, para 1600, era ya de San Luis, sin contradicción. También se movió pleito con la audiencia de Nueva Galicia por la jurisdicción de Sierra de Pinos; a pesar de los alegatos, las minas quedaron bajo la jurisdicción de la Nueva Galicia.
A principios del siglo XVII, como se desprende de la documentación
de la época, todavía no se fijaban los límites de la Provincia de San Luis;
tocaba, sí, al sur con los pueblos de Concá, Puxinquia y Alpujarra, de indios
guazancores y samues. A mediados del siglo XVII, concretamente
en 1664,
corría y se entendía el territorio y jurisdicción de las fronteras desde el pueblo de San Juan del Río y río de él hacia la ciudad de San Luis Potosí, según la regulación de los correos que se despachaban por cuenta de Su Majestad; porque desde México hasta San Juan del Río se les regulaba a veinte leguas, y de allí en adelante a quince, por reputarse desde allí las Chichimecas, como verdaderamente lo eran, y proseguían hasta la frontera de San Sebastián del Venado; siendo término y lindero de ellas por la parte del norte y hasta el oriente, Guadalcázar y Río Verde, desde donde seguían más de ochenta leguas, hasta llegar a la vista de Río Blanco, cordillera de Tampico.
Entre las querellas más frecuentes —las que sucedían entre españoles e indios— , podemos relatar el caso, por tratarse de uno característico, de los indígenas negritos y guachichiles reducidos en Agua del Venado. Continuamente eran hostilizados por los españoles que, además de disputarles las tierras, los despojaban de los bastimentos de maíz, carne y sal que se les enviaban por cuenta del real haber tanto para ellos como para los religiosos. Introducían en sus sementeras caballos y mulas, entraban a cualquier hora a sus casas a molestar a sus mujeres e hijas. Además, había sólo un ojo de agua, de cuyos beneficios también los despojaron. Esto provocó que los indígenas se alzaran, abandonaran la doctrina y se fueran unos al Agua de la Hedionda y otros al valle de San Antonio.
