La reducción de los indígenas chichimecas a rancherías y congregaciones no tuvo gran éxito; dadas las difíciles condiciones de convivencia, se fugaban y se reunían en otros asentamientos en donde hostilizaban a sus vecinos y a los españoles. Esto motivó la urgente fundación de nuevos pueblos y el otorgamiento de mercedes de tierras a españoles. Tal es el caso de las mercedes de tierras concedidas en 1605 a Diego Muñoz cerca de los Peotillos, junto a la sierra de Guaxcamá. Por su parte, en 1606 el capitán Gabriel Ortiz de Fuenmayor otorgó a los indígenas de Santa Catarina, en la región del Río Verde, merced de tierra de tres leguas por cada viento, pero éstos tuvieron que solicitar en repetidas ocasiones el amparo de la justicia para que no se les molestara en la posesión de sus tierras y aguas. Sin embargo, como ya se dijo, el sistema que mostró una mayor efectividad, tanto en el establecimiento pacífico de nuevas poblaciones de composición indígena como para propósitos evangelizadores, fue el de las misiones.
En 1607, los franciscanos fray Juan Bautista de Mollinedo, guardián del convento franciscano de Xichú, y fray Juan de Cárdenas entraron en la región del Río Verde a evangelizar a los indígenas. Llegaron al puesto de Santa Catarina, pasaron al de Pinihuán donde congregaron a algunos indígenas y les hicieron una capilla de paja para decirles misa. Lo mismo hicieron en Lagunillas; pasaron al Valle del Maíz donde erigieron convento e iglesia de palizada con barro por ambos lados, blanqueada con cal y techada con paja. Finalmente levantaron el convento y la iglesia de Tula. En Santa Catarina permanecieron de regreso algunos días, luego tomaron rumbo al norte hasta el Jaumave y siguieron adelante hasta el Nuevo Reino de León, último término del Río Verde. Entraron en contacto con diversos grupos de indígenas: alaquines, machipaniquanes, leemagues, pames, mascorros, caisanes, coyotes, guachichiles, negritos, guanchenis, guenacapiles, alpañales, pisones, cauicuiles y alacazauis.
Los frailes obtuvieron licencia real para proveer lo necesario para la conversión de los indios del Río Verde, valle de Concá, Cerro Gordo y Jaumave en marzo de 1612, por cédula real que expidió el virrey marqués de Guadalcázar. Se calculó que habría en promedio unas 600 personas. En el Jaumave había una ranchería de indios de este nombre que gozaban de mucha tierra fértil con dos ríos caudalosos, uno a la orilla del pueblo y otro a media legua de distancia llamado Huena Capil.
En 1617 dispuso el marqués de Guadalcázar, valiéndose del patronazgo real, la fundación del convento e iglesia en el Río Verde, en donde debían asistir dos religiosos de la provincia franciscana de Michoacán, quienes recibirían por avío 150 pesos de oro común, 75 fanegas de maíz, ornamentos, campana, cálices, patenas, vinajeras, manteles, libro de canto y fierro para hacer hostias. Para empezar a poblar y beneficiar las tierras ordenó dar a los indios, por una sola vez, 200 fanegas de maíz, dos docenas de bueyes, cuatro docenas de rejas de arar, 50 vacas, dos toros, 200 ovejas y 100 cabras. Del reparto se encargarían fray Juan Bautista Mollinedo y Juan de Porras y Ulloa, capitán y alcalde mayor de las minas de Xichú.
Durante los meses de julio, agosto y septiembre de 1617, fray Juan Bautista Mollinedo, en presencia de las naciones chichimecas de cada comarca y de los vecinos españoles, fundó parroquias, señaló sus límites y dejó ministros en los siguientes lugares. Santa Catarina Mártir del Río Verde (1° de julio), San Antonio de las Lagunillas (6 de julio), Nuestra Señora de la Presentación de Pinihuán (8 de julio), San Felipe de Jesús de los Gamotes (10 de julio), Nuestra Señora de la Purísima Concepción del Valle del Maíz (15 de julio), San Antonio de Tula (22 de julio), San Juan Bautista del Jaumave (23 de julio), Nuestra Señora de los Ángeles del Monte Alberne (29 de julio), Santa Clara (7 de agosto), San Cristóbal del Río Blanco (8 de agosto), Santa María Teotlán (4 de septiembre), San Pedro Mártir de las Alpujarras (12 de septiembre) y San Juan Tetla del Cerro Gordo (22 de septiembre).
En las décadas de 1680 y 1690 fray Martín Herrán trabajó en la Custodia de Rioverde. Una de las principales tareas a las que se dedicó fue la defensa de los indígenas contra el abuso de los hacendados españoles, quienes invadían sus tierras, les exigían servicio personal y, en ocasiones, los vendían como esclavos en México, Puebla y Querétaro. Los indígenas que vivían en el territorio que cubría esta custodia se encontraban en extrema pobreza, al grado de que ni siquiera podían cubrir las obvenciones y limosnas. Los religiosos de la custodia recibían su sustento del real haber.
El 17 de enero de 1692, los franciscanos tomaron posesión de la iglesia que los indios habían hecho en el paraje de Santa María, bajo la advocación de Nuestra Señora de los Remedios.
En los Montes, cerca del nacimiento del río de los Alaquines, se encontraba una población compuesta por más de mil pames, muchos de ellos huidos de las conversiones vecinas. Ahí se fundó San José de los Montes de los Alaquines el 31 de mayo de 1693.
En la región del Rioverde había pueblos bajo la jurisdicción de cuatro justicias distintas: Escanela, al sur, administraba los pueblos de la Barranca, y Concá, Jalpan y Tancoyol, que dependían de la provincia de San Agustín en lo eclesiástico. El Nuevo Reino de León administraba entre poniente y norte los pueblos de San Antonio, San Cristóbal y San Bernardino, que dependían en lo eclesiástico de la provincia franciscana de Zacatecas. La Villa de los Valles administraba la conversión de Santa María Teotatlán, bajo la jurisdicción eclesiástica de la provincia del Santo Evangelio de México; los pueblos de Valle del Maíz Tula, Jaumave, Monte Alberne y Santa Clara, con las visitas de San Nicolás, Nuestra Señora de los Remedios, San José de Tanguanchín, San Andrés de las Palmillas, San Lorenzo y el Puiyo, todos bajo la jurisdicción eclesiástica de la provincia franciscana de Michoacán y custodia del Rioverde. A San Luis Potosí correspondían los pueblos de Santa Catarina del Rioverde, San Juan Tetla, San Antonio de las Lagunillas, la Presentación de Pinihuán, San Felipe de Jesús de los Gamotes y San José de los Montes, bajo la jurisdicción eclesiástica de la provincia franciscana de Michoacán.
A pesar de sus irregularidades, el establecimiento de estas poblaciones, muchas veces al margen de los intereses estrictamente económicos de la Corona y, ciertamente, al margen de los intereses de los mas privilegiados, fue sin duda uno de los fundamentos más sólidos tanto de las instituciones como de la naciente sociedad.
