Como vimos, el hospital de San Juan de Dios, en San Luis Potosí, se fundó en 1611, por donativo de Juan de Zavala. Se edificaron enfermerías, oficinas, vivienda para los religiosos e iglesia, que llegó a ser una de las más ricas del pueblo. El hospital atendía a los enfermos pobres de las minas, tanto indios como españoles. Contaba con unas 20 camas, botica que daba servicio a todo el pueblo, un cirujano para atender a los enfermos de las salas y a los heridos que acudían a la portería. Para alimentar a los convalecientes había una huerta de árboles frutales.
A lo largo de todo el siglo esta institución fue quizá la única que se dedicó a dar auxilio en las terribles epidemias de viruela y tifo que, sobre todo, afectaron a la población indígena. Como se deduce de este hecho, las autoridades, los clérigos y los pocos practicantes de medicina fueron completamente insuficientes para contrarrestar estas enfermedades que contribuyeron en gran medida a la disminución de las comunidades indígenas.