El capitán Gabriel Ortiz de Fuenmayor, a la muerte del capitán Miguel Caldera,
ocurrida en San Juan del Río hacía 1595, fue nombrado justicia mayor. Ortiz
de Fuenmayor se distinguió por haber colaborado en la reducción de los chichimecas.
Tenía a su cargo la provisión de carne y maíz que se daba a los pobladores indígenas
y misioneros por cuenta de la Real Caja. Como ya se ha señalado, la pacificación
de la región fue uno de los procesos más largos del virreinato; la población
indígena tardó, cuando lo hizo, varios años en acostumbrarse a las nuevas formas
de vida. Ruth Behar, en Las visiones de una bruja guachichil en 1599: hacia
una perspectiva indígena sobre la conquista de San Luis Potosí, registra
a finales del siglo XVI un pasaje singular que ilustra uno de tantos
momentos difíciles del proceso: la rebelión que promovió en Tlaxcalilla una
hechicera guachichil, de la parcialidad del capitán Nameguataaquí, el domingo
18 de julio de 1599. La hechicera convocó a los chichimecas de Agua del Venado,
Charcas, Bocas y San Miguel Mexquitic para que vinieran a Tlaxcala con el fin
de matar a los españoles. Destrozó las imágenes que había en las iglesias de
tarascos y tlaxcaltecas y prometió resucitar a los muertos y devolver la juventud
a los viejos. A pesar de que su abogado defensor trató de anular la sentencia
de muerte, alegando embriaguez y locura, el justicia mayor, capitán Gabriel
Ortiz de Fuenmayor, que había pasado los últimos años luchando por el establecimiento
de la paz en el territorio chichimeca, se negó a liberarla, pues "resultaría
grandísimo daño y de servicio a Dios nuestro señor y a su magestad porque la
dicha yndia con la averiguación que contra ella ay de que es hechizera trae
alborotada toda la gente guachichila y de su nación [...] porque ausentándose
la dicha yndia de la cárcel en que la tiene e yéndose se alborotaría toda la
gente que está de paz". La hechicera murió en la horca que había en el camino
entre el pueblo de San Luis y el de Tlaxcalilla.
En 1602, en la comarca meridional del Río Verde se alzaron guazancores y samues; hacia 1622, los indios de la comarca volvieron a rebelarse. El virrey nombró entonces a Bartolomé Moreno su capitán protector. Para 1629 la revuelta se había extendido a casi toda la región. Los alaquines habían cometido asaltos y asesinatos y habían huido a la sierra. El alcalde mayor de San Luis, Martín del Pozo envió al capitán Gaspar Ibáñez de Agoitia a tratar la pacificación; sin embargo, poco logró con pláticas y fue necesario llevar algunos a prisión y castigar con la muerte a los que participaron directamente en las revueltas. Con el escarmiento, coyotes, mascorros, caisanes y guachichiles quedaron sosegados y se les repartieron tierras, aguas y solares. Además, se les comenzó a dar carne al igual que a otras reducciones como Venado, Santa María del Río y San Miguel Mexquitic. Sin embargo, por citar un ejemplo, varias de las fundaciones hechas por Juan Bautista Mollinedo se habían despoblado para 1637.
Hasta 1643 las misiones del Río Verde habían crecido, pero a partir de ese año se inició una lastimosa disminución, provocada por la voracidad de los estancieros españoles y el desinterés de los capitanes protectores de indios; solamente los franciscanos los defendían. En varias ocasiones fue necesaria la intervención de la autoridad virreinal para aminorar los abusos de los capitanes protectores sobre los indios.
Una de las mayores preocupaciones de los españoles que fundaron nuevos asentamientos
en el norte y que con sus exploraciones aumentaban el territorio del virreinato,
fue pacificar la región. La migración de familias tlaxcaltecas a fines del siglo
XVI tenía ese propósito; esperaban que una vez mezclados con los
guachichiles, se emparentaran y casaran unos con otros a fin de que la nación
guachichil aprendiera las bondades de la vida sedentaria, del trabajo, de la
vida política y cristiana. Pero esto no se cumplió salvo en raras excepciones,
pues no era fácil que ninguno de los dos pueblos renunciara a su identidad y
tradiciones. Muchos guachichiles se retiraron a regiones inhóspitas, otros murieron
y algunos se quedaron y trabajaron en las haciendas y minas de los españoles
y se convirtieron al catolicismo. Hay informes del siglo XVII que
refieren que "se van muriendo los viejos que eran gente de guerra y los que
agora nacen se crían en doctrina y trato manso y cristiano". En 1650, los guachichiles
prácticamente habían desaparecido como pueblo en toda la jurisdicción de San
Luis. La mayor parte de la población indígena que había para entonces no era
ya la oriunda de la región.
La convivencia en un mismo territorio de pueblos de origen distinto convirtió la religión y sus rituales en el lenguaje común que permitió, a través de las ceremonias religiosas, de las prácticas devocionales el primer atisbo de identidad compartida, aunque no borrara las desigualdades. Era en torno a esa expresión religiosa donde se podían encontrar las razones para mediar entre los grupos contrastantes.
