El virrey Gaspar de Zúñiga, conde de Monterrey, en el año de 1601 consideró que era excesivo el gasto que hacía la Real Hacienda para sostener el presidio y a los misioneros, que llegaba a 17 000 pesos anuales. Pensaba que ese dinero podría emplearse con mayor fruto en otras empresas de conquista, por lo que ordenó el traslado de los cristianos a la provincia de Culiacán y la clausura de la misión. La Compañía de Jesús movilizó sus influencias para modificar la orden del virrey. El capitán Martínez de Hurdaide le indicó que no era posible sacar a los indios de sus tierras, así que si los españoles se retiraban de Sinaloa los indios cristianos quedarían desamparados. El virrey convino en que continuara la misión, pero exigió mejores resultados en cuanto a la sujeción de los indios.
Luego de este incidente, los jesuitas decidieron modificar su modo de trabajo para superar las limitaciones que habían detectado, y este nuevo método sería el empleado por los franciscanos en la sujeción de los chichimecas. Consistía en integrar a los indios en comunidades con una base económica sólida, es decir, que produjera sus propias subsistencias en cantidad suficiente para prevenir las temporadas de hambre. Para esto se requería el trabajo disciplinado de los indios bajo la firme dirección de un religioso; el cultivo de la tierra y la cría de ganado serían las actividades primordiales. Las comunidades se formarían con indios cristianos, exclusivamente, y se impediría la intervención de españoles y de indios gentiles. El capitán daría su apoyo a los religiosos para que por la coacción militar se mantuviera unida a la comunidad.
Conviene observar que esta forma de organización de los pueblos indígenas o "misiones" estaba orientada a impedir el contacto entre indios y españoles. El trabajo de los indios serviría para producir el sustento de la comunidad, más un excedente para prevenir los años malos y para auxiliar a las nuevas fundaciones misionales mientras estaban en condiciones de producir su sustento. En este punto el proyecto de los jesuitas no coincidía con el de las autoridades españolas, ya que éstas pretendían que el trabajo de los indios cristianos sirviera a las empresas de los españoles. Había una contradicción entre los intereses de los jesuitas y los de los vecinos españoles que, inevitablemente, desataría un conflicto; para prevenirlo, la legislación establecía que las misiones sólo durarían 10 años, al cabo de los cuales seguiría la secularización, esto es, se retiraría el religioso y vendría un cura párroco en su lugar para dedicarse exclusivamente a la atención espiritual de la comunidad; la misión se transformaría en pueblo y los indios pagarían los diezmos y el tributo como en el resto de la colonia. Por razones que más tarde expondremos, en el noroeste no se cumplió la ley y las misiones duraron mucho más de lo previsto, lo que suscitó dificultades. Es preciso recordar las circunstancias de las misiones de la provincia de Sinaloa, porque nos ayudará a entender mejor lo que sucedió.
El proyecto de los jesuitas en esta zona también causó malestar entre los superiores de la orden religiosa, a quienes pareció inconveniente que los misioneros se ocuparan de asuntos "temporales", es decir, no expresamente espirituales. Tampoco les agradaba que vivieran en las comunidades indígenas en lugar de estar agrupados en la residencia de la villa de San Felipe y Santiago, ya que esto podía ocasionar la relajación de la disciplina que debían observar. A pesar de las oposiciones, el proyecto de los misioneros fue madurando y 10 años más tarde estaba consolidado; habría de funcionar durante 150 años.
Los jesuitas se dedicaron con empeño a la organización de los pueblos de misión, de modo que entre 1608 y 1622 asentaron a los cahitas de los ríos Sinaloa, Mocorito, Fuerte, Mayo y Yaqui. Cada religioso atendía a varios pueblos; aquel en el que residía se llamaba "cabecera" y a los otros se les denominaba "visitas". En el cuadro IV.1 se indica cuáles y cuándo fueron fundadas las misiones en la provincia de Sinaloa; las cabeceras se escriben con mayúsculas y las visitas con minúsculas.
El Río Mayo fue el límite norte de la provincia de Sinaloa durante la época colonial. En efecto, en el año de 1676 el gobierno español confirmó la división política del territorio de misiones de la siguiente manera: la provincia de Sinaloa empezaba en el Río Mocorito y terminaba en el Mayo, a partir de este Río y hasta el Yaqui se situaba la provincia de Ostimuri, y al norte del río Yaqui estaba la provincia de Sonora.
Aunque sólo nos ocuparemos de las misiones de Sinaloa, es preciso señalar que el sistema de misiones fundado por los jesuitas fue más extenso, pues creció sostenidamente a lo largo del siglo XVII y en el año 1699 llegó a su límite en el territorio entonces conocido como la Pimería Alta, que hoy es el estado de Arizona en los Estados Unidos y que contó con más de 110 pueblos de misión. Usamos el término "sistema de misiones" para indicar que estos pueblos estaban relacionados y no eran comunidades aisladas. Este hecho es muy importante para entender por qué se extendió y permaneció el sistema, pues hubo entre estos pueblos un constante intercambio de productos, de misioneros y aun de indígenas, que permitió superar las condiciones adversas que con frecuencia azotaban a las comunidades, como inundaciones, sequías o epidemias, que hubieran aniquilado a una comunidad aislada.
Donde se perdían las cosechas ahí llegaban alimentos de las misiones prósperas; si faltaba un misionero, el ministro de un pueblo cercano atendía a la comunidad mientras llegaba el remplazo; donde faltaban trabajadores llegaban indios de otra comunidad para enseñar a los neófitos y para desempeñar las tareas requeridas. El padre Francisco Javier de Faría se refirió al sistema como una gran hermandad en la que la abundancia de unos suplía las carencias de otros.
Los jesuitas más destacados en esta etapa de las misiones de Sinaloa, además de los citados, fueron Andrés Pérez de Ribas, Pedro Méndez, Cristóbal de Villalta, Vicente del Águila, Tomás Basilio, Diego de la Cruz, Pedro Castini y Julio Pascual. Pérez de Ribas escribió la historia de estas misiones entre 1591 y 1640 en una crónica que tituló Historia de los triunfos de nuestra santa fe entre las gentes las más bárbaras y fieras del Nuevo Orbe. Este título refleja el menosprecio de los españoles por los indios cahitas, pero, con todo, es un libro que tanto sinaloenses como sonorenses reconocemos como la crónica más importante de esta época de nuestra historia.
