El nombre Mazatlán se aplicó al principio al presidio que los españoles fundaron en el siglo XVI junto al río que se llamó Presidio, pero el Presidio de Mazatlán cambió de nombre en 1828, como ya vimos, y en adelante fue Villa Unión. En el sitio donde hoy se ubica el puerto había un puesto de vigilancia a cargo de los presidiales, para prevenir desembarcos de los piratas. La importancia del puerto fue en aumento a medida que se incrementaban las comunicaciones marítimas en el siglo XVIII. En 1792 había un asentamiento estable conocido como puerto de San Juan Bautista de Mazatlán, que al año siguiente fue elevado a la categoría de gobierno autónomo al mando de un capitán que era independiente del subdelegado de Copala, en cuyo territorio se ubicaba. A principios del siglo XIX se le conocía como Puerto Viejo de San Félix. En 1820, las cortes españolas abrieron el puerto a la navegación de altura, y fue entonces cuando se cambió el fondeadero de San Félix a la ensenada sur y se le impuso el nombre de Ortigosa, en honor al comerciante Vicente Ortigosa, que trabajó por el mejoramiento del puerto. En 1832, el Congreso constituyente de Sinaloa impuso a la población el nombre de puerto de los Costilla, por dos comerciantes españoles radicados en Concordia. Pero los pobladores no aceptaron estos nombres, y el uso quiso que se conservara el tradicional nombre de puerto de Mazatlán.
Mazatlán creció al ritmo del comercio exterior; se pobló con rapidez y para 1828 contaba con más de 5 000 habitantes. A partir de la independencia empezaron a llegar algunos negociantes extranjeros que representaban a diversas casas comerciales, primero estadunidenses e inglesas, pero después también españolas, francesas y alemanas. El gobierno federal había establecido una aduana en El Rosario para controlar el aumento del comercio de la región, pero en 1828 fue trasladada al puerto de Mazatlán por considerar que contaba con las condiciones apropiadas para su funcionamiento. En 1838 tuvo su propio ayuntamiento.
En la década de 1830, Mazatlán desbancó a San Blas de su posición como primer puerto mexicano del Pacífico y aventajó a Guaymas en cuanto a movimiento mercantil. Los comerciantes extranjeros establecidos en el puerto eran las personas de mayor poder económico de la comarca y desempeñaron un papel análogo al de los notables de otras ciudades, pero con la diferencia de que no formaron redes familiares para fundamentar su poder político ni para concertar la distribución de las mercancías que importaban. El número y la razón social de estas casas comerciales cambió durante el siglo; hacia 1845, las principales casas comerciales eran las siguientes: Mott-Talbot (estadunidense), Isidoro de la Torre, Jecker y Compañía (española y suiza), Pedro Font (francesa), Gucheron y Patte (francesa), Redonet-Echeguren (francesa y española), Has-Denghausen (alemana), Kunhardt y Ewald (alemana), Moller y Compañía (alemana) y otras más. El campo de acción de estos comerciantes se extendió, más tarde, a los estados de Durango y Jalisco y aun a Zacatecas y Chihuahua. Hacia 1840 los comerciantes extranjeros dejaban sentir su poder político no de manera directa, sino a través de ciudadanos mexicanos que les servían de intermediarios.
Para situar mejor la vida política de Sinaloa en el periodo de 1831 a 1853 es preciso tener en cuenta la presencia de otro grupo de poder, el ejército federal. En efecto, en Sinaloa hubo de manera permanente un numeroso destacamento del ejército federal cuyo cuartel estaba en Mazatlán, y cuya función era resguardar el puerto y los caudales de la aduana. Sus comandantes no estaban sujetos a las autoridades locales, y con frecuencia abandonaban sus responsabilidades para intervenir, sin derecho, en los asuntos políticos del estado. Fue precisamente este destacamento militar el que, sobornado por los De la Vega, enfrentó y derrotó a los milicianos del estado para derrocar al gobierno legítimo de Manuel María Álvarez de la Bandera. Las más de las veces, los soldados federales actuaron como brazo armado de los comerciantes extranjeros, quienes remuneraban sus servicios.
La vida política del estado de Sinaloa giró alrededor de estos dos grupos de poder, el de Culiacán y el de Mazatlán, el primero formado por los notables De la Vega, su parentela y sus protegidos, y el segundo integrado por los comerciantes extranjeros y sus aliados, las autoridades municipales y los soldados del ejército federal. Debido a estas circunstancias, la lucha política aparentaba ser una profunda rivalidad entre Culiacán y Mazatlán, pero, de hecho, fue la lucha entre los intereses comerciales de dos grupos irreconciliables.
