El triunfo de los liberales en 1867 marca un hito en la historia de México, porque se venció la resistencia al cambio y se inició la gradual aplicación de un programa de gobierno que implicaba todas las regiones del país. La oposición derrotada en Sinaloa fue distinta de la del centro del país. En el centro quedó vencida una iglesia rica y poderosa que perdió sus bienes y su fuerza política; también fueron derrotados terratenientes y comerciantes que apostaron por la causa conservadora, y el antiguo ejército federal, que en su mayor parte se unió a los conservadores, fue sustituido por uno nuevo, el ejército triunfador que se forjó al fragor de la lucha. En Sinaloa, los defensores del conservadurismo fueron los militares profesionales del ejército federal que formaban la guarnición del puerto; no eran sinaloenses ni estaban sujetos al gobierno local. La Iglesia no tuvo más fuerza que la del intransigente obispo, quien finalmente fue acallado por el destierro. Los sinaloenses repudiaron la Intervención francesa; las adhesiones fueron escasas y poco significativas. Los comerciantes extranjeros de Mazatlán procedieron con prudencia y no se comprometieron ostensiblemente con los imperialistas, ni puede afirmarse con certeza que los notables de Culiacán se sumaran al Imperio. Los indios mayos siguieron a sus hermanos yaquis en la lucha contra los republicanos, mas no parece haber sido una adhesión al Imperio, sino la lucha secular por su tierra y su cultura.
El desenlace de la guerra modificó la correlación de las fuerzas políticas de Sinaloa, aunque no de manera sustancial. Los comerciantes extranjeros de Mazatlán conservaron su predominio económico, pero con la creciente oposición de la nueva generación de los líderes surgidos del liberalismo. Los notables de Culiacán fracasaron en su intento por recuperar el poder y quedaron marcados con el estigma de haber colaborado con los invasores.
Un punto importante en el proceso político nacional es que la contienda contra la Intervención francesa fortaleció al gobierno federal. La resistencia contra la invasión surgió en diversas regiones, pero el gobierno de Benito Juárez ejerció un liderazgo sobre estos grupos desarticulados. La bandera ideológica del nacionalismo fue un arma eficaz para lograr estos resultados; un nacionalismo primario que identificó la causa liberal con la defensa de la soberanía nacional y que impuso a los conservadores el calificativo de traidores. El gobierno de Juárez volvió a la capital con un prestigio moral indiscutible del que no habían gozado los anteriores gobiernos nacionales. En amplios sectores de la población de la República surgía la conciencia de pertenecer a una nación soberana cuya cabeza estaba en la ciudad de México. Este nuevo elemento en la cultura de los mexicanos desempeñó un importante papel en la historia nacional y regional. Su trascendencia radica en que el prestigio logrado por Juárez inició un largo proceso político, en el que el gobierno federal tomaría las riendas de la nación para definir de nuevo las relaciones entre las regiones y el centro, y que devolvería a la ciudad de México la posición hegemónica que se debilitó a raíz de las reformas borbónicas.
De la política centralizadora de Benito Juárez conviene destacar un punto significativo, el que se refiere a la colonización y enajenación de terrenos baldíos. Los congresos locales tenían la competencia para legislar en estas materias, pero la Constitución de 1857 la reservó a la federación. Juárez defendió con celo esta disposición constitucional y en 1861 hizo que se legalizaran ante el gobierno federal las enajenaciones de tierras baldías hechas por el gobierno de Baja California. En 1862 declaró nulo un decreto del Congreso de Sinaloa que pretendía legislar en estas materias; al año siguiente expidió en San Luis Potosí la Ley Federal sobre Colonización y Baldíos que regiría en toda la República. Estos actos del presidente Juárez no tuvieron mayor repercusión por el momento, pero dotó al gobierno federal de un instrumento para la política centralizadora de Manuel González y Porfirio Díaz.
El período que siguió a la Intervención fue muy conflictivo por la ruina de las actividades productivas, por el desarraigo de la población y por el exceso de caudillos y soldados desocupados. En su último periodo de gobierno (1867-1872), el presidente Juárez dispuso la renovación de los poderes públicos en todo el país y, auxiliado por el nuevo ejército federal, logró eliminar del gobierno a quienes se consideraba desafectos al régimen. También procedió a ordenar el sistema de aduanas marítimas y fronterizas, porque era la principal fuente de ingresos para el gobierno federal.
Sebastián Lerdo de Tejada sucedió a Benito Juárez en la presidencia (1872-1876), y continuó con la política de eliminar a los inconformes. Pudo derrotar a muchos caudillos, entre los que se contó Lozada (julio de 1873), aunque a la postre Porfirio Díaz lo derrocó a él en 1876. Lerdo adelantó la política centralizadora con la creación del Senado, que puso un contrapeso a la legislatura, además de tener en los senadores a representantes de los gobiernos de los estados ante el gobierno federal, y también encontró los procedimientos clandestinos para intervenir en los procesos electorales de los estados. El presidente Lerdo prosiguió la aplicación del programa económico de los liberales con medidas eficaces, como la liberación de las trabas que limitaban el comercio exterior y el mejoramiento de las comunicaciones. En 1873 entró en operación el ferrocarril México-Veracruz y el gobierno subsidió a empresas navieras extranjeras para que hicieran escalas en puertos mexicanos e incrementaran el comercio de cabotaje. El impulso a las comunicaciones tenía por objetivo interconectar los mercados regionales para crear un mercado nacional controlado desde la ciudad de México.
