Con la llegada de los Borbones al poder en España en 1700, cuando fue entronizado Felipe de Anjou, el quinto de ese nombre y quien se mantendría durante 46 años en el trono, las condiciones para las colonias se transformaron. Mediante un profundo cambio organizativo se buscaba mejorar las recaudaciones a través de tributos, alcabalas, estancos y bienes desamortizados para resarcir a la Corona los usufructos que la piratería desviaba. Esa modernización administrativa significaba poner fin al paternalismo, reforzar la vigilancia interna y secularizar a la sociedad.
Se estableció un fuerte en la barra principal y aumentaron los vigías para custodiar el creciente negocio de la producción de cacao, cuya almendra para elaborar el chocolate se imponía en la dieta de los europeos. De acuerdo con Gil y Sáenz, el gobierno eclesiástico también se reformó:
Se estableció un vicario in capite o provincial que regenteara el gobierno de la mitra, vigilando sobre los individuos del clero diseminados por la provincia, para conocer de las causas eclesiásticas en lo contencioso y en primera instancia, como un comisionado del obispo de Yucatán; un promotor fiscal que consulta en los negocios y en cada cabecera un cura y al mismo tiempo vicario foráneo y juez eclesiástico en su feligresía.
Para entonces, en 1794, Tacotalpa se había convertido en la capital de la provincia gobernada por Miguel de Castro. Nueve partidos la componían con 55 pueblos y 55 903 habitantes, en tanto que 26 clérigos atendían las necesidades de nueve parroquias, así como de las iglesias existentes en las "reducciones de indios". Por lo que se ve, la presencia de la institución eclesiástica no era significativa, aunque los frailes dominicos del convento de Oxolotán no sólo aumentaron el número de conversos, sino la propiedad que se convirtió en hacienda.
En dos siglos la población también se había transformado. De la mezcla de indios y españoles surgieron los "pardos"; más adelante, con el establecimiento de la esclavitud, llegaron negros que también marcaron el mestizaje, que dio lugar a las castas que se conformaron en Tabasco. Sin embargo, la población indígena disminuyó notablemente debido a las plagas y, en ocasiones, a lo brutal de la represión, como la que siguió al levantamiento de los tzeltales en 1712. Otros indios abandonaron sus sitios originales y se refugiaron en la selva para dejar de ser tributarios.
Uno de los acontecimientos más graves en la provincia sucedió en la segunda mitad del siglo XVIII. Las intensas lluvias y crecientes provocaron una inevitable tragedia, que los pobladores llamaron el Diluvio de Santa Rosa, en virtud de que ocurrió un 30 de agosto de 1782. La riqueza fue arrasada: se inundaron las haciendas de ganado, que se habían introducido con particular éxito, así como las plantaciones de cacao, por lo que muchas familias quedaron en la miseria. Francisco de Amuzquívar, el primer gobernador con título del rey que llegó a Villahermosa en 1780, poco pudo hacer para administrar la justicia en esas condiciones. Tabasco, sin embargo, se preparó para sortear eventualidades como aquélla, que se han repetido a lo largo de su historia, aunque no siempre con esa gravedad, y sus habitantes saben bien lo que procede hacer para enfrentarlas, pues forman parte de la cultura del agua, que tanto los ha marcado.
Las reformas borbónicas permitieron superar, no sin dificultades la bancarrota de la economía regional, pero escasamente lograron influir en los asuntos eclesiásticos. Durante el siglo XVIII pocos clérigos permanecieron en Tabasco, y los obispos de Yucatán, a cuya diócesis pertenecía esa provincia, la visitaban muy poco. Cuando fray Pedro de los Reyes estuvo ahí en 1715 habían pasado 30 años desde la última visita de un obispo. Durante sus estadías, los obispos confirmaban a cuanto indio fuera posible y escuchaban los reclamos de la población por el maltrato y los abusos de los religiosos, que sometían al indígena para que trabajara en sus haciendas, lo obligaban a pagar diezmos y aranceles, y aun abusaban sexualmente de las mujeres; pues, según Ruz,
...mientras algunos pueblos penaban por falta de ministro, otros lo hacían a causa de él como San Carlos de Macuspana, cuyos habitantes no sólo tenían que sufrir el ser tratados de "puercos" por el clérigo José Antonio de la Barrera, sino que oían maldecir sus milpas y su pueblo todo: tratar al rey de "mierda" y habían de tolerar que "manoseara" a las doncellas "queriéndolas forzar".
Aunque desde el siglo XVII se había comenzado a delinear la estructura eclesiástica del Tabasco colonial, es hasta el siglo XVIII cuando, con el establecimiento de las capellanías, ésta se vuelve más organizada. Como parte de dicha estructura destacan las iglesias de Jalapa y Teapa, y en 1776 se crea la ermita del Señor de Esquipulas en Villahermosa, precisamente cuando la provincia alcanza la categoría de gobernación en lugar de alcaldía mayor.
Con las reformas borbónicas se acentuaron las diferencias entre las órdenes religiosas que mantenían algún referente en Tabasco, como los dominicos, los franciscanos, los mercedarios y los jesuitas. Estos últimos, como se sabe, fueron conminados a abandonar el territorio de la Nueva España por sus diferendos con la Corona.
Por el año de 1791, al finalizar el siglo XVII, el conde de Revillagigedo, a través del obispo de Yucatán, como dice Rico Medina, solicitó informes sobre las cofradías y hermandades existentes en Tabasco, para dar "... noticia individual de cuantas sean, de sus fondos, sin contar con los que constan en los bienes de comunidad, o en lo que de ellos se saca para gastos, expresando las que se hallen fundadas con licencia real". De las respuestas, contenidas en el ramo de Cofradías y Archicofradías del Archivo General de la Nación (AGN), puede establecerse que existía un capital considerable para la época, distribuido de la siguiente manera:
De Jalapa, el cura beneficiado Dn. Miguel de la Rueda informaba de las cofradías de Nuestra Señora de la Concepción con 1 811 pesos y 4 reales, la del Santo Nombre de Jesús con 800 pesos, la de las Ánimas del Purgatorio con 2 000 pesos.
De Cunduacán, el cura coadjunto Dn. Ignacio Ramón Sartré, daba cuenta de la archicofradía del Santísimo Sacramento con 3 600 pesos invertidos en fincas, que reditúan 180 pesos y sus gastos de 300 pesos completándolos con limosnas. Contaban, además, con las cofradías de Nuestra Señora del Rosario con 1 000 pesos y gastos de 70 pesos sufragados con las limosnas, de Nuestra Señora de la Natividad con 500 pesos perdidos y un fondo de 1 400 pesos y gastos por 100 pesos, de las Ánimas Benditas con fondos de 11 530 pesos y 3 reales y con 200 pesos por gastos de obras.
De San Juan Bautista, el cura, vicario y juez eclesiástico informa de las cofradías de Animas con 3 000 pesos repartidos en fincas, cobrándose sólo 82 pesos con los cuales la cofradía no puede vivir; la de Nuestra Señora del Rosario con capital inicial de 2 000 pesos que apenas si recibe réditos de 5 pesos que no alcanzan a cubrir sus gastos; la Hermandad del Dulce Nombre de Jesús con licencia diocesana, lo cual le permite realizar sus festividades con limosnas.
De Teapa, Joseft Joaquín Barbosa informa de los Altares y de las capellanías. La del Santísimo Sacramento con 1 000 pesos al 9% de la Hacienda de Dn. Juan Balboa, 300 pesos sobre la de Dn. Manuel Vuelta Quiñones, 1 500 pesos sobre la de Dn. José Gurría, 500 pesos en pleito sobre la de Dn. Juan Arrieta. Los réditos de los 3 500 pesos se destinan a misas, aceite y velas.
El del Santísimo Cristo, con la advocación del Señor de las Lluvias, tiene 1 210 pesos al 5% y 10% a diez años, aunque sus bienes principales están embargados, más 50 pesos sobre la hacienda de Bartolomé Acosta y 250 pesos en poder de Dn. Juan Arrieta en litigio; con los réditos de este Altar se cantan misas dos viernes de cada mes y los gastos se complementan con las limosnas.
El Altar de las Ánimas tiene fincados 2 237 pesos y 5 reales en la hacienda de Dn. Martín Demetrio; 250 pesos sobre la hacienda de Dn. Manuel Arrieta y 500 pesos embargados. El total del principal es de 2 987 y 5 reales con cuyos réditos se pagan las misas de los lunes de todo el año y funciones de los finados. El Altar de San José con
De Tacotalpa, el párroco José Benito de Vera informa de las cofradías del Sagrario con un fondo de 1 150 pesos sobre la hacienda de Cacaguatal a 5%; de Nuestra Señora de la Asunción con 753 pesos y 1 real; de Nuestra Señora de los Naturales con 250 pesos; de las Benditas Ánimas con 1 800 pesos al 5%, pero sus réditos junto con las limosnas no alcanzan para sostener las capellanías y los mayordomos encargados tienen que complementar los gastos de sus funciones.
De Macuspana, el párroco José González informa de una sola cofradía donde hay una población de ganado bajo la advocación del Señor de la Salud con 60 pesos que apenas alcanzan para el gasto de la fiesta del patrón que cuesta 52 pesos.
De Usumacinta, el padre Juan Alonso de Vera, cuenta que tiene 16 cofradías en su distrito con aprobación episcopal, pero en deplorable estado por las "crecidas" de los ríos acaecidas entre 1784 y 1786 por lo cual no puede informar de sus capitales.
De Nacajuca, el párroco Francisco de Olivera da información de las cofradías de Nuestra Señora de los Remedios con capital de 1 392 y 6 y medio reales, fincada sobre diferentes ramos al 5%, la del Santísimo Cristo de Opacagne con 1 471 pesos al 5% y la del Santísimo Cristo de Ampoyas con 250 pesos al 5%.
Pero, durante el gobierno de Francisco de Amuzquívar (1784-1791), las pugnas entre autoridades civiles y religiosas se incrementaron, en parte porque con los Borbones se inició un proceso de secularización que comenzó a definir las dos esferas del poder, y porque el mismo gobernador llegó nutrido de las ideas del pensamiento iconoclasta francés del periodo del iluminismo. Entre sus primeras acciones destacó la de frenar los privilegios eclesiásticos; cuestionó el incumplimiento reiterado de las funciones del clero y se inconformó con la falta de "provisión espiritual de los pueblos de la Sierra, a pesar de existir cuatro sacerdotes en Tacotalpa y [que] cobran con rigor sus derechos parroquiales". Pero el caso que más llamó la atención, de acuerdo con Rico Medina, fue "...el testimonio remitido por las autoridades de Oxolotán sobre el fallecimiento del mulato José Toribio, que murió sin sacramento porque a su mujer no le fue posible ir por algún cura a Tacotalpa por la distancia y por el mal tiempo". Por si fuera poco, "el 6 de enero de 1791, Nicolás Acosta, alcalde de Tapijulapa, le comunica a su vez la muerte de dos indios mayores de edad que expiraron sin auxilio religioso".
El gobernador decidió comunicar al virrey, el conde de Revillagigedo, lo que sucedía en Tabasco, y éste ordenó al obispo de Yucatán que atendiera los pueblos que carecían de ministerio eclesiástico. El vicario de Tabasco, José Benito Vera, quien se desempeñaba como cura de Tacotalpa desde hacía más de 20 años, reaccionó respondiendo que el clero subsistía gravando apenas con 5% a las 39 cofradías existentes y la única archicofradía de Cunduacán; lo mismo sucedía con las capellanías. Vera sostuvo que en raras ocasiones sus feligreses habían carecido de sacerdotes, y revertía la cuestión para acusar a Amuzquívar de irreverente, porque trataba a los santos de "virotes de palo", impedía el repicar de las campanas el tiempo necesario y había "enfriado la devoción de los fieles" con su mal ejemplo.
Lejos de que tales acusaciones arredraran al gobernador, según Rico Medina, éste volvió a arremeter contra los eclesiásticos, acusándolos de practicar amancebamiento, de robo a sus feligreses y de que "...ocultan una tercera parte de sus emolumentos que perciben y omiten los ingresos provenientes de lo que llaman accidentes del baptismo, casamiento [...] además de las continuas funciones de la iglesia, octavarios y novenarios [...]. Con estos procedimientos las autoridades episcopales de Mérida defraudan al rey cometiendo una falta de consideración a favor del real erario".
Las acusaciones entre la autoridad civil y la eclesiástica fueron y vinieron, e incluso estuvo a punto de iniciarse un proceso inquisitorial contra Amuzquívar poco antes de que muriera. Del enfrentamiento quedaba claro que Tabasco no aportaba las mejores condiciones para que la labor espiritual fuera más profunda; ni siquiera se había arraigado ahí una orden religiosa, a diferencia de lo que sucedió en Chiapas y en Yucatán; además, dicha labor se limitaba también por la dependencia del clero tabasqueño respecto de la diócesis de Yucatán. Las disputas entre los dos poderes continuaron presentándose, y todavía en 1812 el gobernador Andrés Girón envió un documento al virrey en el que le informaba que a su llegada había encontrado la iglesia parroquial cerrada, así como múltiples goteras que maltrataban las imágenes y los cuadros, y añadía que las tres ermitas del lugar eran insuficientes para dar cabida a los feligreses. Se nombró entonces a un responsable que se hiciera cargo de la reconstrucción, y al mismo tiempo el pueblo procedió a solicitar cuentas al mayordomo anterior, Juan Ignacio Martínez, porque la fábrica de la iglesia se componía tanto de diezmos como de obras pías y de una casa de campo.
Como el mayordomo no recordaba, según el mismo amo de Cofradías y Archicofradías del AGN, cómo ni de quién había recibido los libros de cuentas en el obispado, fue arrestado por órdenes del gobernador, el cual solicitó un asesor y un escribano al virrey
...para que puedan desempeñar los extraordinarios negocios contenciosos que descubro cada día en esta provincia por los mismos forasteros (porque sólo con ese apoyo) responderé al equilibrio con las armas en las manos hasta perder la última gota de sangre, imitando con ello a mi padre, hermanos, hijo y pariente, que así lo han verificado en la metrópoli.
El inculpado alegó que él mismo había entregado al párroco 3 396 pesos, y que luego éste le exigió otros 7 000 pesos de caridad; y aun así, añadió, pasados ocho años no había realizado ninguna reparación en la iglesia. Denunciaba además que el clérigo y el ministro de Hacienda estaban en su contra, e incluso alegaba que la esposa del administrador acompañaba al párroco en viajes que duraban hasta tres meses, por lo cual suponía que existía una estrecha amistad entre uno y otro para actuar en su contra.
El acusado se convirtió en acusador cuando le manifestó al virrey que el gobernador había promovido la formación de bandas e hizo repartir diez cartuchos a la Compañía de Veteranos, "quién sabe con qué perspectiva". Insistió en que la provincia estaba dominada por el administrador José Llergo, el párroco Jossef Eugenio Quiroga, el comandante Lorenzo Santa María y otros cercanos a ellos. Según su denuncia, este grupo atentaba contra "...todo vecino honrado y hombre de bien", y ".... .se ha formado una Compañía de Artilleros con gran perjuicio de la agricultura pues los individuos sólo son labradores y viven de 6 a 7 leguas en esta villa y en rigor se les hace venir todos los sábados [...] habiendo de estos hombres algunos que no tienen medios para comer". Por estas razones, el gobernador desposeyó al mayordomo de su título de regidor y lo mantuvo preso, atado a los grilletes.
El fiscal civil envió una nota a Andrés Girón en la que le recordaba la intención que debía obrar en los mayordomos de fábrica de las iglesias y que fue expedida por su majestad el 23 de julio de 1797, cuyo artículo 23 indicaba la obligación de presentar cuentas a los vicepatronos.
Finalmente Girón dejó en libertad a Martínez, pero inmediatamente envió ocurso a Pedro Agustín, obispo de Mérida, para manifestarle el "celo y desvelo" con los que tanto él como el vecindario se preocupaban por el arreglo de las iglesias, en alusión a la del Santo Cristo de Esquipulas, que "se haya en el día con un magnífico frontispicio de moderna arquitectura, con cuatro campanas". Le comentaba que para los arreglos contaba ya con el apoyo del vicario y le solicitaba el suyo, amén de indicarle que pronto comenzarían las reparaciones de la iglesia principal con 3 000 cargas de cal, barcadas de piedra y todo el material del antiguo templo. Girón le indicaba al obispo que a su parecer era indigno de la casa de Dios el estado de los recintos sagrados, lo cual le resultaba extraño porque Tabasco contribuía con 84 000 pesos a los diezmos de la catedral cada cuatro años. Pero le extrañaba más todavía que la provincia no contara con el modo de educar a sus hijos, porque no había escuela ni de gramática ni de primeras letras.
El obispo estuvo de acuerdo con los requerimientos y le respondió autorizándolo a pedir al mayordomo que entregara las cuentas, y lamentándose por no poder reducir la carga impositiva. El fiscal civil también lo apoyó para que manejara los fondos de la fábrica y reedificara la iglesia con ellos.
Así transcurrió el orden colonial en la provincia tabasqueña: con la creación de nuevas instituciones y la implantación de las traídas por los españoles, quienes hicieron a un lado las costumbres y las formas de organización que encontraron a su llegada. La religión fue probablemente el caso más paradigmático porque, pese a la escasa presencia de clérigos, lograron imponerse las nuevas creencias, arrasando con las de la población nativa.