CON EL NUEVO SIGLO vendrían nuevos problemas a la Nueva España, y en Tabasco aparecieron signos inequívocos de malos presagios: otra vez se presentaron las inundaciones, y los plantíos de las tierras que quedaron secas fueron arrasados por la langosta. La carestía fue tan alta que el 27 de mayo de 1805, según Mario Humberto Ruz, los párrocos pidieron que se hiciera una "rogación general" por el buen éxito de una solicitud hecha a Nueva Orleáns para que les surtieran 2 000 barriles de maíz, 200 de harina, carne, manteca de cerdo y aceite sin el pago correspondiente a derechos reales y municipales, para alentar a los vendedores, y se establecía que sólo en el caso de que el rey no aprobara el pedido, éste debería ser pagado con los fondos de la provincia.
El pueblo, sobresaltado, mostraba por otra parte una actitud hostil hacia la Corona, lo que sucedía no sólo en las colonias, sino en la misma España, donde se desencadenaba el conflicto político que suscitó la invasión napoleónica de 1807, a raíz de la cual Carlos IV abdicó un año después en favor de su hijo Fernando VII; pero otro año más tarde, en 1809, Napoleón impuso como monarca a su hermano José —llamado por los españoles Pepe Botella por su fama de bebedor— para mantener su influencia sobre los tronos de Europa.
La deposición de Fernando VII coincidió con la instalación en Villahermosa del primer ayuntamiento, cuando Tabasco contaba con 60 000 habitantes, distribuidos en 50 poblados de diferentes tamaños. Mientras tanto, en España, en ausencia de un monarca legítimo, se establecieron las juntas provinciales de Sevilla, Asturias y Galicia. Pero, al mismo tiempo, la nobleza y el clero, preocupados por que la soberanía estuviera en manos del pueblo, convocaron a Cortes el 29 de enero de 1810. A ellas deberían asistir diputados elegidos en representación de 50 000 habitantes.
Cuando aún los ecos de los cañones de la Independencia no se escuchaban en Tabasco, comenzaba a descollar la figura de José Eduardo de Cárdenas, quien resultaría diputado electo por esa provincia. Su precocidad e ingenio hicieron que su fama se extendiera rápidamente. Recibió la tonsura sacerdotal cuando todavía no salía de la adolescencia, y después de estudiar filosofía y recibir las órdenes mayores en la ciudad de México partió a la Real y Pontificia Universidad de Guatemala, donde cursó el doctorado en teología. Luego de su regreso, aceptó en 1805 el nombramiento de vicario in capite y juez eclesiástico honorario de toda la provincia tabasqueña.
Seis años antes se había visto involucrado en la denuncia contra uno de los últimos procesados por la Inquisición, y su prestigio había crecido tanto a partir de entonces que recibió apoyo unánime para que saliera de su curato en Cunduacán y se convirtiera en uno de los 33 diputados que en las Cortes de Cádiz representaron a América. Para llamar la atención sobre su tierra, el 24 de julio de 1811 presentó su Memoria a favor de la Provincia de Tabasco.
Una de las partes más sobresalientes de su alocución concernía a lo deplorable del trabajo eclesiástico debido a su dependencia con el obispado de Yucatán. Los curas enviados a las parroquias tabasqueñas consideraban "estos destinos como ínfimos escalones para subir a los más altos de su provincia donde empieza o donde termina y habiendo venido pobres y empeñados, se tornan bastante desahogados y aun ricos". Desde luego, lo que buscaba De Cárdenas era la autonomía del clero tabasqueño respecto del obispado de Yucatán, al cual aportaba la nada despreciable suma de 30 000 pesos anuales. Sus colegas, fortalecidos al final del siglo XVIII, habían intentado la autonomía en diferentes ocasiones; incluso, el asunto había sido ya sometido a consideración desde el reinado de Felipe II, pero sin alcanzar el éxito.
José Eduardo de Cárdenas propuso varias iniciativas de importancia, como la anexión a Tabasco de la región de los Agualulcos, con lo cual la provincia ampliaría sus límites hasta el río Tonalá. También propuso el establecimiento de la enseñanza pública y gratuita para todas las clases sociales, sin excluir a los indios, así como la organización de sociedades agrícolas y arreglos para la hacienda local. También propugnó por la libertad de comercio, por la creación de ayuntamientos mediante elecciones populares y por la división del gobierno en tres poderes: Legislativo, Ejecutivo y Judicial. Pero nadie tenía la certeza de que Fernando VII pudiera ser restituido, y cuando sucedió, en 1814, restableció el absolutismo y canceló el régimen constitucional; sometió a los diputados y partidarios de las Cortes a una vigilancia estrecha y a vivir con grandes dificultades. No obstante, el monarca fue constreñido a aceptar la Carta Fundamental de 1812 el 5 de marzo de 1820. De Cárdenas, quien había regresado a su iglesia de Cunduacán luego de proclamarse la Constitución, por medio de la cual se crearon ayuntamientos y cabildos y se introdujo la elección de funcionarios, vivió en ella para ver el final del proceso, y murió ahí en los últimos días de 1821.
Los primeros anuncios del periodo que se avecinaba fueron dados por el gobernador Andrés Girón, quien el 21 de febrero de 1811 informaba de la falta de organización en todos los ramos de la provincia y confiaba en que ésta pudiera contar en abril con cerca de 1 000 hombres de infantería y caballería con rudimentarios conocimientos sobre la disciplina militar, y a los que se unirían solteros y otros vecinos. Antes de terminar el año aseguró que había rehabilitado el batallón de milicias tabasqueñas y la Compañía de los voluntarios patriotas de Fernando Séptimo.
Como probable reacción a los intentos restauradores, varias personas se habían agrupado en defensa de la Carta de Cádiz, lo cual les valió el nombre de constitucionalistas. Entre ellos destacaban el mismo De Cárdenas y otros que con el tiempo llegarían a ser ampliamente conocidos, como Agustín Ruiz de la Peña, José Puich, José Pérez Medina y Fernández, y Antonio de Serra y Aulet.
