A finales de octubre de 1829 Yucatán se sustrajo a la federación con un rápido triunfo del centralismo cuando, por medio del Plan de Jalapa, Anastasio Bustamante desconoció la presidencia del general Vicente Guerrero. En Tabasco los diputados reafirmaron su fidelidad al sistema federal, pero los enemigos de Ruiz de la Peña se adhirieron a ese plan; Santiago Duque de Estrada y Sebastián López Llergo ingresaron al estado encabezando un ejército de 300 campechanos, en lo que se llamó la primera invasión de los chenes, al comienzo de 1830. Sin embargo, Francisco Puich, con la milicia armada local, la Compañía de Dragones y la Primera Compañía Activa, retomó San Juan Bautista y sus partidarios recuperaron Cunduacán y Huimanguillo.
La escasez de presupuesto para cubrir los gastos de las tropas y los temores de un nuevo derramamiento de sangre fueron suficientes para dar al Ejecutivo facultades más extensas. Debido a los odios que la medida despertó, José Antonio Arce, gobernador de Tabasco, pidió al Congreso el cese de dichas facultades. En un discurso pronunciado el 21 de enero de 1830, aludió al estremecimiento de la máquina política por las agitaciones en los estados de Yucatán y de Tabasco como consecuencia de la criminal declaración del centralismo. Decía que:
El pronunciamiento del ejército de reserva en la Villa de Jalapa y los movimientos consiguientes en la Capital de la República y de algunos estados, hicieron subir de punto los temores y nadie dudaba de que la sangre de los mexicanos iba a derramarse a torrentes a la vista de tamañas ocurrencias; pero el supremo de los seres, que vela constantemente sobre la conservación y buen nombre de la nación mexicana, en los mismos momentos en que parecía que iba a hundirse en el abismo de su ruina, hizo cambiar del modo más portentoso la tremenda borrasca que la amenazaba...
En respuesta, Ignacio García de la Mora, presidente de la Asamblea, se expresó así ante la posibilidad de una guerra civil, según documentos del ramo de Gobernación: "El Congreso se complace de la firmeza heroica con que su diputación permanente siguió el sendero constitucional en los momentos más apurados: aprecia mucho la majestuosa serenidad del poder judicial y considera los compromisos en que se halló el ejecutivo". Y terminaba tajante: "... Quede pues abolido el funesto espíritu de división entre los hijos de un mismo suelo que prefieren el cruel suplicio a la servidumbre". El Congreso ratificó "sostener a todo trance la integridad de la constitución federal".
San Juan Bautista, capital del estado y elevada al rango de ciudad desde el 27 de octubre de 1826, fue sorprendida el 29 de marzo de 1830, y su cuartel fue tomado por "un perverso enemigo extranjero", haciendo varios prisioneros, que por fortuna fueron rápidamente puestos en libertad. Las villas de Tacotalpa, Jalapa y Teapa —donde se estableció la capital— se propusieron defender el sistema federal; para lo cual acordaron facilitar recursos al gobierno, con el propósito de conservar la integridad del territorio y repeler a las fuerzas invasoras; de no transigir con el caudillo centralista y "prestar el cuello al yugo antes de caer en una vergonzosa tiranía".
Anastasio Bustamante, como vicepresidente, expidió un decreto del Congreso, firmado, entre otros, por el cura tabasqueño José María Alpuche e Infante, y alusivo a la situación en las provincias que éste representaba:
En las providencias que se tomen para restituir a los estados de Yucatán y Tabasco al sistema Federal, no se causaría perjuicio alguno a los comprometidos con ellos, por la conducta política que hayan observado desde el pronunciamiento hasta la vuelta al orden constitucional...
Pese a tal preocupación, Bustamante ocupó la presidencia de la República con tendencias claramente centralistas en agosto de 1830 y, aun con las divisiones internas en Tabasco, las elecciones de 1831 se realizaron para darle el triunfo a Rovirosa, quien el 15 de noviembre de ese mismo año hizo que la Legislatura del estado proclamara una nueva Constitución política, reformando la de 1825. Se inició desde entonces un juego de relevos en el que se alternaron gobiernos simpatizantes del centralismo y del federalismo.
Cuando el levantamiento general de Antonio López de Santa Anna depuso a Bustamante, los seguidores de éste en Tabasco presenciaron de nuevo la intervención por parte de Yucatán y de 500 hombres de la guarnición de Campeche al mando de José del Rosario Gil y de Manuel Lara Bonifaz, en lo que se llamó la segunda invasión de los chenes. Los invasores fueron derrotados y Rovirosa volvió al gobierno, donde permaneció hasta su muerte, ocurrida el 26 de septiembre de 1832. Entonces los liberales, con Manuel Buelta como gobernador, recuperaron el poder en el estado.
No es extraño que en medio de tanta trifulca, y debido probablemente a las diferencias con el Yucatán de tendencia centralista, el Congreso del estado de Tabasco promulgara, por medio del Decreto 24, la separación del ramo eclesiástico que dependía de la sede episcopal de Mérida el 29 de febrero de 1829. Sin embargo, considerando que dicho Congreso no tenía todas las facultades necesarias para emitir un decreto de tal envergadura, se propuso que dicho documento fuera redactado como iniciativa de las Cámaras de la Unión.
Entre los aspectos fundamentales del decreto, de acuerdo con el mismo ramo de Gobernación, se establecía que Tabasco quedaba libre e independiente, en la parte de la administración eclesiástica, de la autoridad y el poder de Yucatán. Además, se establecía que en Tabasco habría un vicario general y un teniente vicario, y proponía para ocupar dichos cargos a José Eugenio Quiroga y a José María Alpuche e Infante. Asimismo, el gobernador tendría en exclusiva la provisión de los empleos eclesiásticos. Los curatos interinos debían aportar a la tesorería general una tercera parte de la renta íntegra perteneciente al párroco respectivo, para destinarla exclusivamente a la instrucción pública. Se nombrarían mayordomos de fábrica para evitar los abusos cometidos con los fondos y caudales, que estarían sujetos a la inspección de los ayuntamientos. Se estableció que los diezmos fueran impuestos a los pueblos para mantener el culto y a los ministros; que la junta de diezmos inspeccionara la recaudación y aplicación de los mismos, y que las actividades de dicha junta fueran normadas por una ley.
Sin embargo, el clero tabasqueño, compuesto principalmente por franciscanos y dominicos, alentaba al "gallinero" al ubicarse al lado de los centralistas, porque, según explicaba el gobernador de Chiapas en 1832, "...todos son por instinto enemigos del actual orden de cosas y abusando del púlpito y del confesionario, mueven el fanatismo a su placer".
La situación en Tabasco, como el mismo Alpuche la calificó, era "anárquica", y al gobierno de Buelta se le fue en sofocar levantamientos, como el de Evaristo Sánchez en San Antonio de los Naranjos, quien, derrotado, fue a refugiarse a Huimanguillo. Después tuvo que expulsar del estado a los supuestos involucrados en el fallido intento de tomar la Casa Mata o de La Pólvora, entre ellos al cónsul francés y a don Simón Sarlat García. Los diputados tuvieron que dirigirse luego a la capital del país, denunciar la actuación y pedir la destitución de Martínez de Lejarza, el comandante militar que hacía de las suyas en el estado.
La conflictiva situación política, así como la inestabilidad militar causada por los continuos levantamientos con su secuela de muertos, heridos y hambruna, desencadenaron una epidemia de cólera morbus que provocó más de 4 000 decesos entre la población tabasqueña. Las calles, plazas y mercados quedaron desolados; el silencio sólo era interrumpido por los gritos de los dolientes, y la única botica, propiedad del doctor Francisco Corroy, no se daba abasto para atender a los enfermos quienes buscaban todo tipo de medicamentos, como infusiones de calahuala, huaco, cortezas de guayaba y cocohite, árnica y palo mulato. Durante más de seis meses los pobladores se familiarizaron con las banderitas amarillas que marcaban las casas de los enfermos, negras donde había muertos y blancas para los sanos.
En su Viaje pintoresco y arqueológico en la Provincia de Yucatán, Federico de Waldeck narró las dificultades que tuvo al tratar de ayudar a la población tabasqueña, así como los problemas que enfrentó cuando buscó salir del territorio de la epidemia en la primera semana del mes de diciembre de 1833:
Al pasar delante del fuerte Pedraza, supimos que el cólera desolaba Frontera y toda la provincia; sin embargo desembarcamos en este pueblo. Ni un aduanero asistió a nuestro desembarque; el terror detenía en su casa a los mismos individuos a quienes su profesión obligaba a un servicio público. Las calles estaban desiertas y silenciosas; el espanto y la desesperación hacían mudo a este pobre burgo al que la plaga visitaba de un modo inopinado y cuya población segaba despiadadamente.
Y aun en medio de tanta desolación, los problemas políticos no tuvieron tregua. El 25 de marzo se supo que el ex inspector Maldonado atacaría San Juan Bautista; como pudieron, sus habitantes se parapetaron en las construcciones más resistentes, y al día siguiente el agresor se encontraba dominando el barrio de Esquipulas a medio tiro de cañón de la ciudad, con el consabido pánico de los pobladores. Mariano Martínez, el comandante de armas, ofreció dimitir si Maldonado y su gente se retiraban, lo cual no sucedió, y el ataque dio comienzo. Ese miércoles santo de 1834 las tropas agresoras perdieron la batalla por errores estratégicos. Se retiraron a Huimanguillo para intentar atacar de nuevo el día 28, pero un nuevo brote de cólera los disuadió.
Los ires y venires de los centralistas y federalistas en el ámbito nacional, así como las salidas y llegadas de Santa Anna al poder, influyeron definitivamente en la organización política de Tabasco, aunque quizá no operaron de manera tan nítida los grupos que se identificaban con una y otra facción. Sin embargo continuaron conspirando en favor de los primeros Evaristo Sánchez y los hermanos Manuel y Eugenio Llergo. Santa Anna volvió a la presidencia de la República, y por medio del Plan de Cuernavaca dio el réquiem al federalismo; con el lema de "religión y fueros" canceló las iniciativas de Valentín Gómez Farías, y disolvió el Congreso cuando en Tabasco resultaron electos Narciso Santa María y Eduardo Correa como gobernador y vicegobernador, respectivamente. Asimismo, los diputados electos demostraron la orientación que prevalecería, porque todos eran connotados partidarios del centralismo, como Santiago Duque de Estrada, Vicente González, Simón Sarlat García y Juan Medrano.
El 8 de noviembre de 1834 el gobernador fue facultado por el Congreso del Estado para negociar un préstamo y sufragar los gastos de 800 pesos para su marcha a Chiapas, a cuenta, como en otros casos de expediciones militares, del adeudo a la federación. El gasto militar se imponía y poco importaba que no fluyeran los recursos hacia la población para atacar la epidemia de cólera que acabó con tantas vidas humanas. Por lo demás, había escasez de alimentos, de modo que el gobierno estatal aceptó de nuevo la introducción de víveres comprados en el extranjero, lo que no se practicaba desde la prohibición impuesta luego de la Independencia.
La orientación militar del gasto buscaba poner fin a los continuos enfrentamientos contra ese estado, protagonizados a veces por centralistas y en ocasiones por federalistas para, desde su territorio, incitar los levantamientos de Huimanguillo. El gobierno también informó en diferentes ocasiones de las deserciones, que fueron castigadas retirando a los militares "por haber hecho armas contra el Estado". Incluso llegó a dar las listas de oficiales, tropa y ciudadanos que participaron el 26 de marzo de ese año en los actos para repeler a la tropa venida de Huimanguillo.
Aún otro acontecimiento levantaría los ánimos de los tabasqueños en favor de las armas. Se trataba del problema de Texas, provocado en gran parte por la prepotencia del presidente de la República. A finales de septiembre de 1835 la Secretaría de Relaciones Exteriores envió circulares a los gobernadores y jefes políticos del país pidiéndoles que conservaran la calma frente al alzamiento de los colonos en Texas. El coronel Orihuela respondió desde Tabasco poniéndose a las órdenes para la campaña contra aquel departamento y ofreciendo 800 hombres. Pero no fue sino hasta el año siguiente cuando, unidos, Cunduacán y Comalcalco formaron la Compañía de los Voluntarios de la Patria, que se puso a las órdenes del comandante Ignacio Gutiérrez para hacer frente a quienes pretendían desmembrar el territorio de la patria.
Cuando entre 1835 y 1836 se publicaron las Siete Leyes que fundamentaban el régimen centralista y organizaban a la República en departamentos, distritos y partidos, las simpatías por esa facción se afianzaron. Ello provocó que disminuyera la fuerza del gobernador Santa María y se reforzara la tendencia del comandante y general Joaquín Orihuela. La situación respondía también a una ley emitida por el Congreso de la Unión el 31 de julio de 1835, mediante la cual se redujeron las milicias de lo estados que habían fungido como el brazo armado de los gobiernos estatales.
Eduardo Correa, quien había sido vicegobernador durante el gobierno de Santa María, sustituyó a Orihuela, y a la muerte de éste el comandante Ignacio Gutiérrez, apoyado en los Tratados de Tacubaya, tomó el poder luego de entrar en Tabasco el 10 de junio de 1836, para ser nombrado más adelante, el 15 de mayo del año siguiente, gobernador del departamento de Tabasco, cuando Bustamante era de nuevo presidente y Santa Anna se encontraba refugiado en su hacienda de Manga de Clavo.
Durante el gobierno de Gutiérrez se mantuvo cierta calma, pero no tanta, en cuanto que el cura José María Alpuche e Infante tuvo que salir de Cunduacán y de la República a causa de la cruel persecución militar en su contra. En febrero de 1837 se dirigió al presidente solicitando garantías para su regreso a México. Llegó al puerto de Tampico en la barca Anselmo, pero se impidió su desembarco por sólo unos días. Al parecer fue expulsado por Santa Anna, y su salida tuvo que ver con los desacuerdos con la mitra yucateca, que en connivencia con la metropolitana "... intentaron alucinar a este Gobierno y a la nación dando el testimonio más auténtico de mala fe, y de la más corrompida moral pública".
Alpuche e Infante negaba tener participación en el hecho de que cuando fue presidente del Senado en 1834 se declaró vacante la mitra de Yucatán; entonces lo declararon "cismático y sedicioso". Pese a los numerosos oficios en los que reclamó sus derechos y fijó su posición frente a la diócesis en cuestión, pese a sus entradas y salidas del país —que le hicieron viajar por Portugal, Texas y Nueva Orleáns— Alpuche concluyó en una carta del 16 de noviembre de 1833, localizada en el ramo Justicia Eclesiástica: "desclerigado, vendí sotana y compré espada como ordena el evangelio para atacar de frente, y por las vías legales al despotismo del alto clero".
Los federalistas intentaron de nuevo tomar posiciones en el estado cuando en todo el país surgieron protestas contra el nuevo orden. En Yucatán hubo pronunciamientos desde 1839, y en 1840 volvió a separarse de la República mientras no se restableciera el régimen federal. En ese mismo año continuaba en Tabasco el gobierno férreo y personalista de Gutiérrez cuando aparecieron acaudillando la revolución federalista Fernando Nicolás Maldonado, Francisco de Sentmanat y Juan Pablo Anaya. Después de algunos descalabros, el último logró llegar a San Juan Bautista en la goleta General Mejía y el bergantín Imán, y tomó la plaza. Convocó inmediatamente a formar la Junta Restauradora del Federalismo para nombrar un gobierno provisional que pudiera llamar a elecciones conforme la Constitución estatal de 1831.
El 13 febrero de 1841 el Congreso tabasqueño decidió separarse de la República mientras ésta estuviese en manos de los centralistas, y el 3 de septiembre anexó a su territorio el cantón de Huimanguillo, que pertenecía a Veracruz, convirtiéndolo en departamento. Algo similar haría también respecto al de Pichucalco, que estaba adscrito a Chiapas. Hacia finales del año el gobernador Francisco Díaz del Castillo y el comandante de las armas, Francisco de Sentmanat, tuvieron que recibir a un comisionado de Santa Anna para resolver las controversias. Como consecuencia de esta negociación se estableció un nuevo gobierno en el estado, encabezado por Justo Santa Anna, y, luego de devolver Huimanguillo a Veracruz, el 14 de noviembre Tabasco se reintegró a México.
Sin embargo, ni las Bases de Tacubaya ni el establecimiento de una junta departamental lograron poner fin a los conflictos. Ésta envió una terna al presidente de la República para que nombrara gobernador, pero éste la hizo a un lado y prefirió otorgar el cargo a Sentmanat. Los federalistas volvieron a tomar posiciones en el país, y en 1842 se reunió el Congreso Constituyente de México para elaborar un proyecto de Constitución con tendencias liberales, pero sin lograr ningún avance.
El nuevo gobernador no continuó mucho tiempo en el cargo, por razones no muy
claras; aunque probablemente compartía algunas ideas con los liberales, tuvo
que abandonar el territorio, asediado por las tropas del general en jefe de
Yucatán, Pedro de Ampudia. Corrió el rumor en Tabasco de que sus fuerzas padecían
del vómito negro, y el gobernador se sumó al temor del pueblo. Por disposiciones
del supremo gobierno, 2 500 hombres desembarcaron en San Juan Bautista en 1843,
sin que aparentemente hubiese alguna explicación. Sentmanat huyó e intentó rehacer
su ejército, solicitando apoyo en los estados vecinos, incluso en La Habana
y Nueva Orleáns. Volvió con unos cuantos pertrechos para morir finalmente ejecutado
con 38 de sus hombres en junio de 1844. Santa Arma terminó por imponer sus decisiones
y por mucho tiempo Tabasco no encontró la tranquilidad.
