Como secuela de la permanente discusión entre liberales y conservadores, entre 1846 y 1866 el estado vio interrumpido su transcurrir, porque quedó en la mira de los dos grandes invasores del siglo; primero los Estados Unidos, con su ambición expansionista, y después Francia, con su efímero sueño de construir un imperio en ultramar.
Aunque Tabasco se encontraba lejos de lo que sería el punto de mayor atracción para los invasores estadounidenses, éstos buscaron interrumpir el comercio entre ese estado y Yucatán, lo cual fue posible porque tomaron posiciones en el puerto de Veracruz después del descalabro sufrido en Alvarado. Así, el 21 de octubre de 1846 se encontraron en la desembocadura del Grijalva los barcos de la escuadrilla al mando del comodoro Mathew C. Perry, compuesta por los vapores Mississipi y Vixen, y por las goletas Bonita, Reefer y Nonata. Conduciendo a varias centenas de soldados, se apoderaron de Frontera dos días después, y cuando la flotilla fue avizorada desde San Juan Bautista, el gobernador Juan Bautista Traconis hizo todos los preparativos para rechazarla.
Cuentan que cuando una bala de cañón partió por la mitad el asta de la bandera, ésta se vino abajo, por lo que el fuego cesó de inmediato; un comisionado de Perry se presentó ante los defensores para indagar si eso significaba la rendición. Según uno de los veteranos de esa guerra, expone Gil y Sáenz, Traconis respondió:
...diga Ud. al Sr. Comodoro Perry, que la plaza no se rinde ni se rendirá jamás; que por azar la bandera se ha venido abajo; que no tengo otra asta para tremolarla de nuevo, pero que la voy a fijar en la torre de la iglesia, que por fortuna tengo tan cerca; que se lo aviso para que si quiere dirigir sus fuegos sobre dicha torre, lo haga, con la seguridad de que, o soy muerto en aquel sitio o pongo la bandera de mi patria en la cruz de hierro que está en el remate de la torre.
Los invasores no lograron tomar la capital, pero dejaron dos buques en Frontera, con lo que el estado permaneció asediado por varios meses. Mientras tanto, un nuevo movimiento político se realizaba con el nombramiento de Justo Santa Anna como gobernador, ante la renuncia "forzada" del comandante de la plaza. Como acusó a Traconis de despótico y usurpador, éste lo retó a duelo, que pudo evitarse gracias a la intervención de los amigos. En junio de 1847 San Juan Bautista volvió a ser blanco del fuego, esta vez de los vapores Scorpión, Spit Fire y Washington, la bombardera Etna y los bergantines Vesubio y Stromboli; conducidos también por Perry. En esta ocasión la ciudad capital cayó, y permaneció durante 35 días en poder de los invasores. Cuando el comandante estadunidense abandonó la ciudad, dejó en su guarnición 420 hombres al mando de un gobernador provisional y salió para Frontera. Las guerrillas tabasqueñas no dejaron ni a sol ni a sombra a los agresores y el transcurrir de la vida se alteró, y de acuerdo con la síntesis realizada en Tabasco. Textos de su historia, Diógenes López Reyes contó:
En vista de que el comercio en su mayor parte cerró sus establecimientos mercantiles, el invasor los obligó a abrir y muchos tuvieron que forzar las puertas y candados. Los campesinos no llevaban sus frutas, aves, pescados, leche, etc., como lo acostumbraban para abastecer su ciudad, llegándose a padecer grandemente por falta de bastimentos.
Como consecuencia de esa guerra, y por las torpezas del presidente Santa Anna respecto de los territorios de Texas y de la Alta California, México perdió más de la mitad de su territorio, pero finalmente la paz llegó con los Tratados de Guadalupe Hidalgo, firmados el 28 de febrero de 1848. De Tabasco, los invasores se fueron como llegaron, pero su salida estuvo asociada a un fuerte contrabando de cacao, que sacaron del estado subrepticiamente escudados en las fragatas de guerra.
Terminado en 1846 el periodo de las constituciones centralistas, se restableció la vigencia de la de 1824; y en Tabasco se expidió la tercera Constitución, el 13 de agosto de 1850, que reafirmaba la convicción de que el gobierno sería republicano, representativo y popular. Debido a la reciente invasión, iniciaba declarando:
El Estado de Tabasco es libre e independiente de toda otra potencia, y de los demás Estados Unidos de la Nación Mexicana, con los cuales conservará las relaciones que establece la confederación nacional de todos ellos.
Había suficientes razones para suponer debilitado el gobierno de López de Santa Anna, pero aún contaba con simpatizantes. Sin embargo, los problemas llegaron al límite cuando el 1° de marzo de 1854 surgió la Revolución de Ayutla, encabezada por Juan Álvarez, el viejo insurgente que buscaba elegir un presidente interino y convocar a un Congreso que diera al país la organización de República representativa y popular. En Tabasco, Victoriano Dueñas, del pueblo de Jalpa, se levantó inmediatamente en armas apoyando el plan de esa revolución; aunque su liderazgo no resultó plenamente aceptado y su elección fue difícil, con el fin de lograr la paz, ofreció garantías, así como seguridades personales y de intereses a todos los tabasqueños.
El 5 de febrero de 1857 se proclamó la nueva Constitución, eminentemente liberal, que incluyó algunas de las Leyes de Reforma proclamadas en los años previos, con la presidencia del capitán Ignacio Comonfort, quien contó con el licenciado Benito Juárez en la Suprema Corte de Justicia.
En Tabasco, la nueva Carta Magna fue jurada el 5 de abril, y un mes más tarde se realizó la elección de Victoriano Dueñas, quien con visión apoyó el Plan de Ayutla. Posteriormente contó con la ayuda del presidente de la Suprema Corte para hacerse de una posición sólida en San Juan Bautista. El país pronto sería sorprendido con una especie de dualidad de poderes, porque el 11 de enero de 1858 Félix Zuloaga era designado presidente en la capital de la República que, mientras Benito Juárez se proclamaba presidente desde el estado de Guanajuato. En Tabasco se reflejó esa situación porque coexistieron dos gobernadores, y no fue sino hasta después de vencer muchos problemas cuando Dueñas logró retomar San Juan Bautista el 8 de noviembre de 1858.
La guerra continuó, y apenas tres años después la Armada Tripartita, compuesta por ingleses, españoles y franceses tomaba las playas veracruzanas con el fin de cobrar los adeudos de préstamos, cuyos pagos Juárez había suspendido; pero, sobre todo, el objetivo era lograr posiciones en ultramar para Napoleón III —llamado el Pequeño— este interés llevó a los otros países, en violación de los acuerdos preliminares de La Soledad, a una aventura que costaría muchas vidas. Para 1862, las tropas francesas habían conquistado algunas posiciones, pese a los continuos ataques de los guerrilleros. Los tabasqueños pronto se aprestaron a la defensa de su territorio cuando conocieron los avances de los invasores, quienes ya habían tomado Alvarado y Tlacotalpan en diciembre de ese año. El 7 de enero de 1863, las tropas del conde de Lorencez se posesionaron del puerto de Veracruz como parte de una estrategia destinada a apoyar la instauración del Imperio, ofrecido a Maximiliano, de la casa austriaca de los Habsburgo.
El buque de guerra Darien, como otrora los barcos estadounidenses, fondeó frente a la población de Frontera. El 9 de marzo de ese año el ayuntamiento se reunió para tomar una decisión, según reportó un testigo:
Que hace como quince o veinte días que tenemos situado en la barra un vapor de guerra francés que ha establecido el bloqueo y hasta la fecha ha conducido para el Carmen tres buques que venían dirigidos a este puerto: Que últimamente ha sabido por unos señores que vinieron de Laguna, que el día nueve o diez del presente, debían venir algunos lanchones y cañoneras con el fin de invadir esta Villa.
El 18 de junio llegó a aguas tabasqueñas un vapor procedente de Laguna del Carmen con 80 hombres a bordo comandados por Eduardo Gonzalo Arévalo, de origen español. Les llamaron los "colorados" porque llevaban uniforme de chaquetín rojo. Después de bombardear durante varias horas lograron desembarcar y tomar la capital. Arévalo trató de llegar a algún acuerdo con el gobernador Dueñas, pero éste no aceptó y decidió marchar con su Batallón Juárez rumbo a la región de la Sierra, para evitar la destrucción de San Juan Bautista.
Don Gregorio Méndez, de Comalcalco, estaría destinado a ser una de las figuras paradigmáticas de la resistencia a la invasión francesa, porque tuvo la capacidad y la inteligencia para hacerle frente, a pesar de que todos veían en él solamente al comerciante en pequeño, propietario de "La flor comalcalqueña", y al profesor de música interesado en formar una banda y en difundir sus enseñanzas. Sus actividades lo llevaron a coincidir con el coronel de la Chontalpa, Andrés Sánchez Magallanes, y juntos se propusieron rebelarse en los primeros días de octubre de 1863 contra Arévalo y las autoridades nombradas por él. Lino Merino se levantó en Tacotalpa, y los hermanos Rosario y José María Bastar en Teapa. En Macuspana, Comalcalco y Cunduacán fueron tomando posiciones los republicanos. A este último lugar llegó Méndez el 29 de octubre, después se unió a las tropas de Sánchez Magallanes y juntos consiguieron la caída de Arévalo en una emboscada en El Jahuactal; con esta victoria la República se apuntó un triunfo significativo.
El avance sobre San Juan Bautista se había iniciado. Después de tomar los pueblos que encontraron a su paso, las tropas libertarias se fortalecieron. Para el 14 de enero se encontraron en Esquipulas y el 18 ocuparon la Plazuela del Águila, en el centro. Un mes después, Gregorio Méndez, coronel en jefe de la brigada de operaciones del estado, se dirigió a "sus leales y valientes compañeros" para agradecerles su participación en la liberación del estado:
Por fin, después de tantos y tan nobles esfuerzos, de tan grandes y heroicos sacrificios, brilla la luz de la libertad para Tabasco; el enemigo, los aventureros y traidores, no pudiendo rendir ni cansar vuestra bravura, han tenido que retirarse, a pesar de sus vapores, de sus buques y lanchas de guerra, a pesar de los formidables atrincheramientos desde donde ha estado, hace hoy cuarenta y tres días, escombrada la capital del Estado.
El 27 de febrero de 1864 los franceses dejaron el suelo tabasqueño, aunque tuvieron el cuidado de controlar las recaudaciones de la aduana en la Barra de Frontera. Sin embargo, su aventura continuó en el resto del país, y éste no se vería librado de los invasores sino unos años después. Todavía cuando el 28 de mayo llegó a playas mexicanas el archiduque Maximiliano declarado emperador de México por los conservadores, acompañado de la bella archiduquesa Carlota, los representantes por el estado de Tabasco Justo F. Santa Anna, Eleuterio Pérez Andrade, Benito C. Sastré, Manuel Sánchez Mármol y Carlos Zepeda dieron a conocer una protesta que, entre otras cosas, decía:
El gran crimen está consumado; la farsa intervencionista ha realizado el más descabellado de sus planes; el inicuo proyecto de una política obcecada y perversa, parece tocar ya a su término [...] Os anunciamos este gran suceso, con el corazón estremecido de indignación [...] No necesitáis decirnos una palabra sobre lo que sentís y pensáis de ese horrible atentado que perpetran en el suelo de la Patria la traición y la perfidia [...] El Archiduque Austriaco está entre nosotros. Tanto mejor; así podrá convencerse por sus propios ojos de que el pueblo mexicano detesta, con soberana detestación, ese gran retroceso que se llama la monarquía [...] .
En 1866, Napoleón III retiró sus tropas dejando a Maximiliano a la deriva en un país que nunca entendió, y en junio de 1867 los liberales lograron vencer a los partidarios del Imperio. Juárez fue restablecido como presidente y Sebastián Lerdo de Tejada fue electo presidente de la Suprema Corte y, por lo tanto, vicepresidente de la República. A los grupos de juaristas y lerdistas se agregaba uno que respondía al liderazgo de otra persona destacada en las operaciones de guerra contra la intervención: los adictos al coronel Porfirio Díaz. En Tabasco se convocó a elecciones, en las cuales Felipe de Jesús Serra fue declarado triunfador; el general Méndez, en tanto que gobernador y comandante militar, le transfirió el mando el 1° de enero de 1868.
Hubo, sin embargo, nuevos conflictos locales, como el levantamiento del teniente coronel Eduardo R. Bastar Zozaya. Patriota juarista y jefe de la Brigada Zaragoza, se distinguió en el asalto al Principal, en lo que los tabasqueños consideraron la epopeya del 27 de febrero del año contra el gobernador Serra. Otros movimientos alteraron la tranquilidad, pero ya no resultaron tan significativos para la historia local.
Luego vino la reelección de Juárez y el levantamiento de Díaz, quien con la bandera de la No reelección se le opuso por medio del Plan de la Noria. Al morir el líder de la Reforma el 18 de julio de 1872, Lerdo asumió la presidencia de la República por cuatro años y el país conoció una paz precaria que fue interrumpida cuando trató de reelegirse. Con la proclama del Plan de Tuxtepec, Díaz enarboló su antigua consigna de respeto a la Constitución de 1857, obteniendo el éxito que no logró cuando lo intentó contra el prestigio de Juárez.
Después de vencer a las fuerzas defensoras del gobierno de Lerdo, el 23 de noviembre de 1876 Díaz entró triunfante en la ciudad de México. Tres meses después asumió provisionalmente la presidencia de la República y el 5 de mayo de 1877 inauguró su primer gobierno constitucional. México comenzaba un periodo de estabilidad política y de paz cuando el régimen logró imponer orden, aun en las regiones más apartadas del país, bajo el esquema de una concentración político-administrativa. Simón Sarlat Nova fue elegido gobernador de Tabasco el 1° de julio de 1877. Con la etapa que terminaba, caracterizada por el desorden político y la inmadurez de las instituciones, Tabasco había tenido aproximadamente 150 gobernadores, en el transcurso de su vida independiente, sin dejar de considerar que varios de ellos ocuparon el cargo en repetidas ocasiones.
A pesar de todo, en aquel violento periodo Tabasco se convirtió en Estado Soberano
e Independiente y se integró al sistema político republicano, representativo
y federal. Se consagró en su territorio la abolición de la esclavitud y se establecieron
las libertades de los ciudadanos, y se reglamentaron las elecciones para los
poderes estatales, la creación de los ayuntamientos, la regulación de las funciones
de los jefes políticos y las rentas particulares del estado.
