El área maya había conocido un florecimiento cultural importante desde el año 300 hasta el 900 d.C., pero su repercusión no fue homogénea; algunas regiones participaron de ese desarrollo clásico, vinculado a la influencia de Teotihuacan, de manera tangencial. En lo que es hoy territorio tabasqueño se distinguieron los chontales, un pueblo maya con fuerte influencia nahua y compuesto por excelentes navegantes marítimos, habilidad que les permitió controlar el comercio costero alrededor de la península de Yucatán. Las continuas incursiones de los guerreros nahuas, sin embargo, debilitaron la integración de la zona, de tal forma que los chontales fueron fácilmente dominados por los toltecas y después por los itzaes. Jan de Vos, en Las fronteras de la frontera sur, resume bien ese itinerario y señala que de la "antigua tradición maya apenas sobrevivía, bajo una capa de costumbres ajenas", una cultura mixta.
El 8 de junio "del año del Señor de 1518", los conquistadores españoles llegaron a la entrada de un gran río por la que éste desembocaba desde el continente. Debido a la gran potencia de su afluente no pudieron anclar en la desembocadura. Le llamaron Grijalva, como el apellido del capitán, de nombre Juan, que dirigió esa expedición que los llevó de la isla de Cuba a Cozumel, luego a Champotón y, rodeando la bahía, a Puerto Deseado, hasta llegar a esa región "...tan fértil y atractiva que todos decidimos establecer nuestras casas en aquel lugar". Según fray Juan de Torquemada en su Monarquía indiana, los naturales designaban a ese río como Tabasco, nombre que, de acuerdo con Bernal Díaz del Castillo en su Historia verdadera de la conquista de la Nueva España, correspondía al del cacique de aquel lugar.
El 12 de marzo del año de 1519, "del nacimiento de Nuestro Señor Jesucristo", según los cronistas, cuando su Iglesia era gobernada por el sumo pontificado de Roma, el papa León X, y era monarca de los príncipes cristianos el muy católico emperador don Carlos V de las Españas, el famosísimo y venturosísimo capitán don Hernán Cortés desembarcó con toda su armada en la desembocadura del río Grijalva. Dejó los navíos mayores en el mar, y en los pequeños bateles sus hombres fueron a desembarcar en los Palmares.
Entre los manglares, los habitantes de esa región, montados en sus canoas, no daban indicios de hospitalidad y ya le habían pedido a Juan de Grijalva, un año atrás, que se retirara de sus dominios. Cortés decidió emprender el ataque frente a lo que parecía una muy fuerte resistencia, que los cronistas han considerado compuesta por miles de hombres. Es de suponer que los caballos, tan desconocidos por los indios como las ballestas que escupían fuego, tuvieron en ellos efectos desalentadores. Los españoles se habían consolado durante la guerra con los gritos de "Santiago y San Pedro", y cuando terminó el enfrentamiento declaraban: "...el cielo debe haber peleado por nuestra parte, puesto que nuestra fuerza nunca podía haber prevalecido contra tal multitud de enemigos", según contó William H. Prescott en Historia de la conquista de México.
Con esa batalla Cortés abrió la puerta a la evangelización del nuevo mundo para que "...se restaurase y recompensase la Iglesia católica con conversión de muchas ánimas, la pérdida y daño grande que el maldito Lutero había de causar en la misma sazón y tiempo en la antigua cristiandad", decía fray Gerónimo de Mendieta en su Historia eclesiástica indiana a finales del siglo XVI.
Fiel al mandato de la Iglesia, Cortés hizo llamar al lugar de la batalla Santa María de la Victoria "para dar gracias a Dios y a su bendita madre"; tiempo después sería en las inmediaciones de ese lugar donde se constituyó la capital de la provincia, muy próxima probablemente a aquella ciudad que deslumbró a Pedro Mártir, según su relato en Décadas del nuevo mundo:
Cuentan que a la orilla del río se extiende una ciudad tan grande que no me atrevo a decirlo. El piloto Alaminos asegura que tiene legua y media y 25 mil casas [...] Sus casas, muy bien construidas de piedras y cal con arte arquitectónico, están separadas por huertos. Súbese a sus habitaciones por diez o doce escalones. A nadie le está permitido cargar con vigas o maderos el muro de su vecino. Están los edificios todos separados entre sí por un espacio de tres pies, y, en su mayoría, cubiertos de paja, cañas u ovas palustres, aunque muchas exhiben losas de piedra.
No se sabe a ciencia cierta qué contempló el cronista; pudo ser Comalcalco aunque sus construcciones son de ladrillo, en virtud de la dificultad que significaba localizar piedra en la región. Los conquistadores coincidieron en destacar la fertilidad y riqueza de las tierras de Tabasco, más que las fabulosas ciudades encontradas. La región resultó todavía más importante porque allí le fue presentada a Cortés la Malinche, que después sería bautizada con el nombre de doña Marina. Nativa de Guazacualco, hablaba nahua, pero además conocía el maya, lengua que también entendía Jerónimo de Aguilar, quien transmitía a doña Marina los deseos de Cortés para que los comunicara a los nativos. De esa forma, los conquistadores entraron en relación directa con las dos lenguas más extendidas en México.
La estancia de los españoles en Tabasco fue definitiva para la evangelización, porque allí se asentó su primera ciudad y porque a partir de su conquista se les abrieron las puertas de los nuevos territorios, aunque difícilmente entendieron las diferencias que existían entre un pueblo y otro, porque cuando llegaron a América ésta era un crisol de civilizaciones, y Tabasco no era sino una muestra de esa diversidad.
La geografía histórica está llena de cambios, y la extensa zona sur y sureste del país estuvo expuesta a ellos. Aunque identificada con la cultura maya, ésta adquirió varios elementos de la vecina cultura olmeca, considerada la cultura madre por ser la primera de Mesoamérica. Más tarde sufrió también la influencia de los toltecas, hasta que la región fue ocupada militarmente por los hablantes del nahua, quienes con el tiempo adquirieron el idioma y las costumbres de los súbditos. Por esta razón, a la llegada de los españoles la lengua maya se hablaba en una zona muy extendida, que abarcaba desde Comalcalco hasta el Petén.
Ese gran territorio debió de haber conformado una sola provincia de acuerdo con sus rasgos culturales, pero fue fragmentándose hasta quedar dividido, ya en la época colonial, en dos grandes zonas: "la que caía bajo el control del gobierno español y la que escapaba a dicho control", según el mismo Jan de Vos.
