Los efectos de la conquista fueron complejos y afectaron lo más profundo de una civilización que ya tenía varías fisuras, porque incluso el dominio teocrático en la región ya no era tan fuerte. En su libro Un rostro encubierto: los indios del Tabasco colonial, Mario Humberto Ruz cuenta: "El mundo de las canoas y el comercio comenzó a desmoronarse, y con él buena parte de la economía de Tabasco, que después de ser tenida por provincia rica incluso en el lejano Tenochtitlan, pasó a ocupar durante la época colonial el rango de las regiones pobres y despreciables". Contribuyeron a ello las pestes y enfermedades que diezmaron a los indios, así como las dificultades propias de un territorio pantanoso, lleno de selvas y de ríos que lo hacían de muy difícil tránsito. A la accidentada orografía del terreno, lo malsano del clima, la pobreza de la zona y la mortandad indígena, se sumó la arbitrariedad de las autoridades.
La mayoría de los pueblos y villas de los españoles fueron establecidos en las riberas de los ríos, como San Juan Bautista —a la que Felipe II le dio el título de Villahermosa a finales del siglo XVI—, Tacotalpa, Teapa, Jalpa, Cunduacán, Jonuta, Nacajuca, Macuspana y Oxolotán.
La mayor parte de esta jurisdicción ocupó la zona oriente de Veracruz y el occidente de Tabasco; es una llanura ancha extendida desde la costa del Golfo hacia el sur hasta la mitad del Istmo de Tehuantepec:
Las abundantísimas lluvias que caen durante todo el año alimentan numerosos ríos (los más grandes son el Coatzacoalcos, el Mezcalapa o Grijalva y el Tonalá) que corren hacia el Golfo e inundan las tierras más bajas durante el verano. Las partes más altas están cubiertas por una densa selva lluviosa.
Al contrario de la acogida que los españoles tuvieron en otros lugares, en Tabasco los flechadores hicieron blanco en ellos a lo largo del avance de los conquistadores por el territorio. Hubo batallas feroces, entre las que destacó la de Centla. La resistencia en la región fue muy fuerte por parte de algunos pueblos, como el de los nahuas de Cimatán, los chontales de Potonchán o los zoques de la sierra, quienes se rebelaron en diferentes momentos, aunque los de Xicalango y los chontales de Acalán habían dado su apoyo moderado a los intrusos.
La pérdida de población natural en la provincia fue tan grande que en sólo 56 años ésta disminuyó 94.68%. Se calcula que cuando los españoles comenzaron a recorrer sus aguas y a poblar sus escasas tierras habría entre 160 000 y 185 000 indios, de los cuales sólo quedaban 8 766 en 1579, según las aproximaciones de Ciprián Cabrera Bernart en La población de Tabasco durante la Colonia. En el sureste, que incluía Tabasco, Chiapas, Soconusco y Yucatán, la población pasó de 1 700 000 personas en 1521 a apenas 400 000 en 1550. Su reducción fue de más de 75%, de acuerdo con Peter Gerhard en su libro Geografía histórica de la Nueva España 1519-1821.
El famoso puerto prehispánico de Xicalango ejemplifica el sufrimiento y las consecuencias de la sobreexplotación del indio. Despoblado a raíz de estas vejaciones y de las epidemias de viruela que se presentaron de 1519 a 1520, desapareció alrededor de 1574; el mar borró incluso todo vestigio de su existencia. Es muy probable que hubiese sucedido lo mismo con otros poblados como Tixchel, que desapareció del mapa, y Cunduacán, que se hundió, por lo que fue cambiado el sitio de su asentamiento original.
