Después de llegar al poder, Adolfo Bonilla trató de crear su propia maquinaria política con el PRAT, como antes lo había hecho Mendoza, pero esos intentos fueron obstruidos por la vigorosa oposición interna de los socialistas que aún quedaban, y por la creciente fuerza centralizadora del PNR. Bonilla tampoco tuvo éxito en sus esfuerzos por controlar al comité ejecutivo estatal del PNR, pues este partido estuvo casi siempre dominado por sus enemigos.
Al igual que otros gobernadores de la época cardenista, Bonilla trató de controlar a las organizaciones campesinas. En Tlaxcala, éstas habían tenido sus bases originales en los partidos políticos maderista y constitucionalista. Después, con la erección de muchos comités agrarios entre 1917 y 1920 se intentó formar una liga estatal, pero la iniciativa fracasó ante la resistencia del poderoso PLC de Tlaxcala y su grupo en el poder. Más tarde, los comités agrarios rebeldes del sur del estado se aliaron a la Confederación Social Domingo Arenas de Puebla o a la radical Liga de Comunidades Agrarias de Puebla, mientras que muchos de los comités gobiernistas fueron afiliados al PLC o a la CROM. La Liga Nacional Campesina, en auge con el presidente Calles y sus sucesores, entró a Tlaxcala cuando el gobernador Mendoza lo consideró oportuno, y se estableció como instrumento político en contra de los hacendados del norte de la entidad; aun así, los ejidos y comités agrarios siguieron siendo controlados por el partido mencionado. El problema relacionado con el control surgió de nuevo cuando el PRAT intentó movilizar a los campesinos en su lucha por desalojar a los socialistas en 1932.
El nuevo Código Agrario permitió a los peones acasillados beneficiarse con la reforma agraria, y en la campaña presidencial para la candidatura de Lázaro Cárdenas, en 1934, cientos de peones tlaxcaltecas fueron sistemáticamente informados de sus derechos y organizados en sindicatos o comités agrarios. En los primeros dos años de su gobierno, Bonilla recibió más de cien solicitudes de tierras, en gran parte procedentes de los distintos del norte. Al igual que Apango en tiempos de Obregón, Bonilla y los suyos no sólo trataron de sacar partido a la nueva legislación y a la política agrarista del nuevo presidente Cárdenas, sino que intentaron monopolizar las organizaciones agrarias.
Bonilla, quien no era considerado un verdadero agrarista, a pesar de su origen campesino, hizo todo lo posible por controlar a los comités agrarios, a los comisariados ejidales y a los sindicatos campesinos del estado. Estas intenciones lo enfrentaron con Graciano Sánchez, jefe de la Confederación Campesina Mexicana (CCM), fundada por él un mes después de que Bonilla creó (mayo de 1935) la Confederación de Campesinos y Agraristas de Tlaxcala. Ambas organizaciones pugnaron por incorporar en sus filas a los comisariados ejidales, comités agrarios y sindicatos, con la diferencia de que la agrupación bonillista contaba con el apoyo de los diputados locales y los presidentes municipales.
El conflicto entre el presidente Cárdenas y el general Calles debilitó la posición del callista Bonilla. A su vez, la mayoría de los diputados locales, con apoyo del comité ejecutivo del PNR local, se declaró cardenista. Tras el exilio de Calles, los cardenistas y los socialistas tlaxcaltecas intentaron derrocar al gobernador a un año de que concluyera su mandato. No lo lograron, pero Bonilla ya no influyó en la selección del candidato que habría de sucederlo. El asunto quedó enteramente en manos del PNR local. Isidro Candia, un ex diputado bonillista que se había puesto de parte del bloque cardenista en 1935, obtuvo el apoyo del PNR, fue elegido e inició su mandato en 1937.
En la lucha por la sucesión de Bonilla, el licenciado Manuel Santillán tuvo un papel clave; hijo del administrador de la hacienda La Concepción, donde el padre de Isidro Candia sirvió como caballerango, Manuel era un universitario de brillante carrera política. Desde aquel tiempo, un lazo clientelista unió a la familia Candia con los Santillán. Isidro inició su carrera política como comisariado ejidal y agente municipal; luego, con el apoyo de Santillán fue diputado local. Éste, quien fue secretario de Comercio e Industria en el gabinete del presidente Cárdenas, aprovechó su posición y la debilidad de Bonilla (resultado de su posición callista en 1935) para lanzar a su protegido: Isidro Candia.
Candia llegó al poder en medio de un intenso y creciente disgusto de los campesinos, debido a la contradicción entre la política federal cardenista y la política agrarista del anterior gobernador. De las cien solicitudes de tierras recibidas entre 1933 y 1935, Bonilla resolvió favorablemente tres; las otras quedaron en estudio o fueron negadas. A pesar de que Bonilla había sido obligado por el presidente Cárdenas a resolver más solicitudes agrarias, el derrumbe del sistema de haciendas, no se efectuó sino hasta la gubernatura de Candia. En su primer año de gobierno se repartieron más de 38 000 hectáreas, y en 1940 unas 70 haciendas del norte ya estaban afectadas. Por fin, después de casi 30 años de haberse iniciado la Revolución, los poderosos hacendados pulqueros de la región norteña padecían directamente los efectos de la reforma agraria. En muchas de esas fincas se crearon colonias agrícolas que beneficiaron a los antiguos peones y jornaleros que habían trabajado en ellas durante generaciones.
Isidro Candia aceptó la política cardenista de unificación obrera y campesina bajo el control del PNR, pero trató de ejercer su propia influencia en los comités ejecutivos estatales de diversas organizaciones. En este sentido, Candia tuvo más éxito que Bonilla. Fundar una instancia local de la Confederación de Trabajadores de México (CTM) resultó una tarea difícil debido a la fuerza que ya tenía la CROM en las industrias, en el comercio y hasta en los ejidos del centro de Tlaxcala. Candia resolvió esa situación con un hábil juego de equilibrios entre una y otra agrupación. La fundación de la liga estatal campesina que iba a formar parte de la Confederación Nacional Campesina (CNC) provocó entre Candia y Graciano Sánchez una lucha por su control. Cuando éste logró que sus partidarios dominaran la liga, Candia les desató una verdadera guerra con el apoyo de la CTM, de la CROM y del comité ejecutivo del entonces Partido de la Revolución Mexicana (PRM) local, dominado por los suyos, hasta conseguir el derrocamiento de los partidarios de Sánchez. Lo anterior fue posible gracias a la amistad que Candia tenía con el entonces gobernador de Puebla, Maximino Ávila Camacho, y debido al respaldo federal que recibía por medio de Santillán, su mentor político. Tanto Maximino Ávila Camacho como Isidro Candia surgieron de los bloques cardenistas en 1935, contaron con el valioso apoyo de la CROM, manipularon a los dirigentes agraristas e integraron fuerzas rurales para combatir a sus enemigos. Con la elección de Manuel Ávila Camacho como presidente de la República en 1940, su hermano Maximino consolidó su cacicazgo en Puebla y reforzó su ayuda a Candia. La antigua rivalidad política entre Tlaxcala y Puebla parecía quedar en el olvido.
