Después de la batalla del Mixtón en 1542, los conquistadores y pobladores de Nueva Galicia presentaron un memorial al emperador lamentándose de su situación por la escasez y pobreza de los indios, a quienes se referían como de mala inclinación, deseosos de tener guerra y que a duras penas extraían algo de oro y plata.
Este memorial fue presentado después de la promulgación de las Leyes Nuevas en 1542, que expresaban la voluntad de la Corona para suprimir las vejaciones a los indios y limitar el poder de los encomenderos con el fin de reforzar la autoridad y la preeminencia regia. Las Leyes Nuevas reflejan también la influencia de fray Bartolomé de las Casas, quien, junto con otros religiosos dominicos, franciscanos y agustinos, creó una corriente que se autonombró "partido de los indios". Las Casas predicaba contra la conquista militar y económica, y demandaba a la Corona que sólo consintiera la entrada pacífica de los padres evangelizadores.
Esto ocurría mientras los antiguos conquistadores y los españoles que recién habían llegado a la Nueva España eran atraídos por el descubrimiento de las ricas minas de Zacatecas, hasta entonces libres de las huestes europeas. Y fue en 1555 cuando el rey Carlos V aceptó la entrada pacífica de los padres evangelizadores.
Por el año de 1550, después de que las minas de Zacatecas habían sido descubiertas, comenzó una ola de asaltos perpetrados por los indios en los caminos que las enlazaban con Guadalajara, Michoacán y México. Cerca del sitio llamado Morcilique, los zacatecos mataron a un grupo de indios mercaderes procedentes de Michoacán; después atacaron las recuas de Cristóbal de Oñate y Diego de Ibarra, a sólo tres leguas de Zacatecas; ambos españoles perderían además unas carretas a manos de los guachichiles entre la Ciénega Grande y Bocas. Por su parte, los guamares se lanzaron contra una estancia de Diego de Ibarra, mataron a toda la gente y destruyeron el ganado; mientras que los copuces quemaron a los pobladores de la estancia de García de Vega, ocasionando el total despoblamiento de la villa de San Miguel.
La venganza española contra los indios no demoró. Uno de los fundadores de Zacatecas, Baltasar Temiño de Bañuelos, y el alcalde mayor Sancho de Cañego, embistieron a los guachichiles en respuesta al asalto perpetrado contra un mercader español y mataron a 40 indios tamemes. Estas acciones de escarmiento las continuarían Hernán Pérez de Bocanegra y, después, el oidor Herrera entre 1551 y 1552.
La audiencia de Nueva Galicia informó al Consejo de Indias sobre los asaltos de los zacatecos y guachichiles y la creciente hostilidad que mostraban otros pueblos. Propuso que para incentivar a los soldados sin costo para la real hacienda, había que ofrecerles como trofeo la captura de esclavos entre los indios más insumisos, hecho "justificable" porque la esclavitud los beneficiaría al apartarlos de sus reprobables costumbres "paganas". No obstante, hubo quien censuró la crueldad de los militares españoles, como el padre custodio fray Ángel de Valencia de la ciudad de Guadalajara, quien ante la Corona responsabilizó de la violencia a los oidores de la audiencia.
Las acometidas de los zacatecos, guachichiles y guamares provocaron indignación y desconcierto entre los españoles que estaban ocupando la frontera, pero no dieron marcha atrás. Además, se opusieron a la política de la Corona y de la Iglesia de suprimir las entradas para someter pacíficamente a los indios, mediante la intervención de los padres evangelizadores. Durante los años de 1560 a 1585 los colonizadores desobedecieron las reales cédulas de la Corona contra el maltrato a los indígenas. Las entradas que realizaron Francisco de Ibarra y Juan de Tolosa violaban los principios del "partido de los indios", los cuales proponían ganar a los pueblos de la frontera mediante las misiones pacíficas de los frailes. Así las cosas, los indios chichimecas se mantuvieron en estado de rebelión.
Los actos violentos en contra de los zacatecos y guachichiles perduraron casi todo el siglo XVI, hasta que hacia finales el gobierno virreinal se vio obligado a adoptar una política de paz. De nada serviría la intervención del capitán Pedro de Ahumada Sámano, quien en 1561 intentó someter a los alzados que durante más de una década —después del descubrimiento de las minas de Zacatecas y luego de las de San Martín y Avino— habían asaltado caminos y quemado estancias. Durante el gobierno del virrey Luis de Velasco (1551-1564), los ataques chichimecas se concentraron en los centros mineros, donde el creciente tráfico de arrieros y comerciantes ofrecía un rico botín. Durante esos años se fundaron los asentamientos de San Miguel (1555) y San Felipe (1561) para defender los caminos de la plata.
Para solucionar de manera radical el problema chichimeca, y después de consultar con frailes y teólogos, el virrey Martín Enríquez (1568-1580) destinó grandes cantidades para los gastos de la guerra, a la que consideró justa, y admitió la captura de prisioneros para darlos en servidumbre como incentivo para que hubiera mayor afluencia de españoles hacia el norte. Al mismo tiempo reaparecía la cuestión de la esclavitud indígena en la frontera.
Entre 1570 y 1576 la hostilidad de los indios, azuzada por las incursiones, robos y atropellos de los españoles, propició un clima de guerra que alcanzaría proporciones de extrema gravedad. Hubo necesidad de construir presidios y guarniciones para la defensa, como Celaya y León, pero la guerra se recrudeció a tal grado que los pobladores de las minas de San Martín, Sombrerete y Chalchihuites advirtieron que abandonarían las estancias porque los ataques indios hacían imposible el abasto a los reales de minas.
Hacia 1581 la beligerancia permanente de los indios guachichiles fue causa del abandono de algunos asientos de minas, hasta que a finales del siglo los conflictos disminuyeron gracias a que el virrey Luis de Velasco II promovió de manera eficaz la paz y el envío de tlaxcaltecas a la frontera, una estrategia planeada en tiempos de su antecesor Villamanrique. Finalmente, luego de varios decenios de cruentas luchas entre los pobladores originales de Zacatecas y los colonizadores, el camino había sido allanado para convertir a esta región en emporio de la Corona española.
Desde tiempos de los virreyes Álvaro Manrique de Zúñiga, marqués de Villamanrique (1585-1590), y Velasco II, la participación del capitán Miguel Caldera —notable mestizo de Zacatecas, destacado y respetado adversario de los naturales de la región— fue determinante para garantizar las negociaciones de paz entre las partes beligerantes. Escoltó a los jefes chichimecas hasta la ciudad de México, con lo que contribuyó a consolidar una diplomacia de mutuo respeto. Asimismo, fue el responsable directo de ubicar a los tlaxcaltecas en las tierras asignadas para su colonización, localizadas entre el río de Tlaxcalilla y el río principal de las minas de San Luis Potosí (el cerro de San Pedro), con la consigna de encargarse de la pacificación y no permitir infiltraciones de ninguna etnia —excepto chichimecas— dentro de esos límites.
Fundador de ciudades como Colotlán y San Luis Potosí, pacificador y administrador, Miguel Caldera, educado en el convento de San Francisco de Zacatecas, es el primer ejemplo de una notable estirpe de mestizos novohispanos que supieron respetar y unir nuestras dos herencias principales para iniciar ese largo camino histórico que se alejó de Mesoamérica definitivamente, para adentrarse a la Nueva España y sentar las bases de lo que hoy es México.
