En la capital de la provincia, durante 1820, proliferaron las juntas secretas en las que se conspiraba contra el gobierno español, aunque carecían de vínculos con las bandas rebeldes. La desobediencia civil y la deserción en las filas realistas aumentaron, lo mismo que el descontento por la presión fiscal y el enfrentamiento entre el ayuntamiento de Zacatecas y la intendencia. Estaban dadas las condiciones para emprender una nueva lucha por la autonomía que derivaría en la independencia.
Frente a los planes y tratados que surgieron en el ámbito nacional en vísperas de la independencia, la provincia de Zacatecas adoptó dos posturas diferentes pero ambas con una misma intención: la defensa del rango constitucional de los ayuntamientos, así como la autonomía y el derecho de representación de la provincia. Rechazó el Plan de Iguala de Agustín de Iturbide y lo llamó anticonstitucional, mientras que avaló los Tratados de Córdoba por defender los derechos de los pueblos y la Constitución gaditana. Posteriormente se sumó al Acta de Casa Mata que garantizaba la representación de las provincias y abría las puertas a la instauración del federalismo.
