El centralismo no logró consolidarse como forma de gobierno. Destaca en el caso zacatecano que muchos individuos que ocuparon cargos públicos durante el régimen federal permanecieron como dirigentes del departamento, oponiendo resistencia a las órdenes del gobierno nacional. Acordes con su tradición legalista, los federalistas organizaron la resistencia por la vía del derecho y dentro de la misma junta departamental, a la que transformaron en instrumento opositor del gobierno nacional. También planearon contra el nuevo régimen aisladas acciones militares, aunque todas fallidas, como la conspiración de Jerez ocurrida a mediados de 1836, que formaba parte de un plan nacional de combate al nuevo régimen.
El centralismo despojó al erario zacatecano de ingresos considerables al expropiar las minas de Proaño y la casa de moneda. El hecho motivó un fuerte disgusto entre la población zacatecana y la protesta de los federalistas, quienes en múltiples ocasiones culparon al centralismo de la inestabilidad y los enfrentamientos entre mexicanos.
A principios de 1841 Zacatecas parecía recuperarse. Con nuevo impulso sus representantes participaban activamente en el Congreso Nacional para propiciar la caída del centralismo y el restablecimiento de la Constitución federal de 1824, aunque reformada, pues reconocían sus imperfecciones para alcanzar el equilibrio nacional. Pero los intentos para reformar aquel código se frustraron con el pronunciamiento militar de Santa Anna, Mariano Paredes y Arrillaga y Gabriel Valencia, que desembocó en la firma de las Bases de Tacubaya (28 de septiembre de 1841), que además desconocieron los poderes establecidos por la Constitución de 1836, representando el final del centralismo y el comienzo de las dictaduras militares.
Francisco Franco, comandante general de Zacatecas, quien participó en la campaña de 1835 contra el estado, reconoció las Bases; en contraste, fueron rechazadas por la junta departamental, que finalmente las suscribió por la presión militar, aunque se mantuvo como órgano opositor al gobierno nacional. La postura de Franco le valió un premio: en abril de 1842 asumió el gobierno civil y militar, así como el control de las rentas del departamento. Una nueva caída de Santa Anna lo obligó a renunciar al poco tiempo; lo reemplazó un civil, el connotado federalista Marcos de Esparza.
Estos hechos coincidieron con la formación de guardias nacionales en los departamentos, cuyo propósito era combatir el bandolerismo y erradicar los ataques de los indios bárbaros. Aunque al principio las guardias no tuvieron un peso significativo, coadyuvaron al fortalecimiento del grupo de civiles del gobierno zacatecano, quienes no dejaron de insistir en el restablecimiento del federalismo por canales legales.
