Una nueva Constitución liberal se estrenó en México en 1857. Inspirada en ella, se promulgó la Constitución estatal del mismo año que retomó los principios federales de la de 1824 pero otorgó facultades más amplias al poder Legislativo, prohibió que los eclesiásticos fueran diputados e introdujo cambios a los fueros y privilegios de las corporaciones religiosas.
Para la consolidación de un Estado moderno y el progreso económico, los liberales consideraron condición ineludible la confiscación de los bienes del clero y de toda corporación con el fin de poner en movimiento la propiedad, y promulgaron la Ley Lerdo (1856) sobre desamortización de bienes eclesiásticos y civiles, y la Ley de nacionalización de los bienes del clero (1859). Sobre la misma materia, en Zacatecas se promulgaron varias leyes entre 1856 y 1860; las más sobresalientes fueron las de confiscación y venta de los bienes eclesiásticos que provocó el rechazo conservador.
González Ortega impulsó el cumplimiento de las leyes nacionales y estatales que tuvieron como meta original la creación de pequeños propietarios. Sin embargo, contrario a su propósito, estaban propiciando aún más el enriquecimiento de los grandes propietarios, independientemente de su credo político liberal o conservador.
Las leyes liberales provocaron conspiraciones del clero en contra del gobierno estatal. La Ley de nacionalización fue particularmente repudiada, y como respuesta al gobierno el clero abandonó la capital y, para soliviantar a los feligreses, suspendió el culto. El gobierno replicó con el decreto que establecía que los conventos abandonados se integraran a las propiedades del Estado.
Paralelamente ocurrían acontecimientos de repercusión nacional. A fines de 1857 apareció el Plan de Tacubaya, oponiéndose a la Constitución que motivó la erección en diputación permanente del Congreso estatal, integrada por José María Castro, Francisco Parra y González Ortega, la concesión de facultades extraordinarias al Ejecutivo y el respaldo a Benito Juárez, quien como presidente de la Suprema Corte de Justicia, a la renuncia de Ignacio Comonfort, correspondía asumir la presidencia de la República. Por su parte, los conservadores, dirigidos por Vicente Hoyos y Fernando Velasco, se adhirieron al plan sin lograr el control militar de la entidad.
Entre los liberales zacatecanos hubo fricciones permanentes; el cambio sucesivo de hasta cinco gobernadores adeptos al liberalismo durante 1858 demuestra el clima de inestabilidad. A González Ortega correspondió el mérito de mantener un alto grado de cohesión entre las facciones liberales durante los años de la guerra de Reforma, hecho que permitió a Zacatecas contribuir decisivamente, con hombres y recursos, al triunfo de la causa liberal. El mismo general se convirtió en el héroe de la batalla de Calpulalpan, luego de la cual se reinstaló el gobierno constitucional en la ciudad de México.
