En 1886 Trinidad García de la Cadena decidió volver de su exilio en la ciudad de México para arreglar algunos negocios en su estado natal, y fue acusado de intento de sedición. A los 68 años, cansado y enfermo, perseguido por las fuerzas dependientes de Aréchiga y por las del gobernador de Zacatecas, el general García de la Cadena vagó por el estado acompañado de unos cuantos ayudantes hasta ser aprehendido en San Tiburcio (municipio de Mazapil) por una pequeña fuerza militar al mando del joven soldado Julián Villegas. Los presos fueron conducidos a la hacienda de Gruñidora y de allí a la estación González, en donde la llegada del jefe político de Zacatecas, Atenógenes Llamas, impidió que tomaran el tren hacia la capital del estado.
Según el testimonio de Villegas, él se negó a entregar los prisioneros al recién llegado. Ello provocó que Llamas le diera un mensaje y asegurara "en lo público y verbalmente" tener orden del mismísimo presidente de la República y del gobernador de Zacatecas de que los prisioneros le fueran entregados, orden que Villegas no tuvo más remedio que acatar. En la madrugada del 1° de noviembre de 1886, y luego de intentar infructuosamente aplicar la ley fuga a los prisioneros, Atenógenes Llamas asesinó a don Trinidad García de la Cadena, obedeciendo probablemente las órdenes de las autoridades del estado y, según se sospechó durante mucho tiempo, de los altos mandos de la República.
Al año siguiente el Congreso federal aprobó la reelección sucesiva del presidente y los gobernadores. La consolidación del régimen porfirista en Zacatecas, iniciada con el asesinato del último de los disidentes en el estado, culminó en 1888, cuando Jesús Aréchiga ascendió a la gubernatura para no abandonarla durante los siguientes doce años.
Jesús Aréchiga era más militar que político y, en consecuencia, era partidario del orden y la autoridad. En el plano electoral, el gobernador controló la designación de los candidatos en todos los niveles, en estrecha alianza con el poder central. Tanto los jefes políticos como otros funcionarios electos permanecían varios periodos en sus cargos o en otros de importancia similar y con frecuencia pertenecían a la aristocracia ganadera, minera o terrateniente del estado. Su administración fue poco brillante, y adquirió fama de corrupta y represora. De esta forma, el gobernador creó un grupo de aduladores a su alrededor e intentó reforzar su posición a través de la alianza con otros militares del país, pero fuera de su estrecho círculo no dudó en aplicar la fuerza como medio para mantener la paz. En parte debido a la fragilidad de sus alianzas dentro y fuera del estado, a partir de cierto momento Aréchiga dejó de ser útil al sistema y debió abandonar el poder. Fue así que en las elecciones de 1900 Genaro G. García obtuvo el triunfo en la contienda por la gubernatura de la entidad.
Durante la primera década de este siglo ya no fue posible lograr la continuidad del gobierno de Zacatecas mediante la permanencia de un solo hombre al frente del Ejecutivo estatal. Genaro García renunció por "motivos personales" al iniciarse 1904, y el abogado Eduardo Pankhurst lo reemplazó, primero en el interinato, y posteriormente como gobernador constitucional. En consonancia con lo que sucedía en el nivel nacional, ambos funcionarios aplicaron en Zacatecas el lema de "poca política y mucha administración". Emprendieron el saneamiento de las finanzas públicas y procuraron mantener el orden social a través del incremento de los cuerpos de vigilancia militar y del control sobre los procesos electorales. Eduardo Pankhurst falleció a mediados de 1908, antes de concluir su mandato, y debió ser sustituido por Francisco de Paula Zárate, quien se encontraba en la gubernatura cuando se desencadenaron los hechos que conducirían al estallido de la Revolución.
Podría afirmarse que el declive del régimen porfirista en Zacatecas se inició en los primeros años del presente siglo, cuando algunos mineros, empleados administrativos y pequeños propietarios se sumaron a la causa de los clubes liberales que surgían en otras partes del país formando asociaciones en Pinos, Nochistlán, Nieves y Zacatecas. Quizá como consecuencia de esto, a partir de 1901 el estado experimentó una especie de efervescencia política a la que las autoridades respondieron con una mayor represión, que se agudizó durante la gubernatura de Francisco de Paula Zárate.
En su campaña por el interior del país, Francisco I. Madero se detuvo en la ciudad de Zacatecas, en donde se le prohibió que pronunciara discurso alguno. Meses después fue aprehendido en Monterrey, lo que le impidió cumplir su propósito de regresar a Zacatecas. La aprehensión de Madero se debió a una denuncia que en su contra hizo un tal Juan Orcí. El delator recibió como premio la diputación federal por el distrito de Juchipila que conforme a derecho hubiera debido ocupar un ilustre maderista: José Guadalupe González. Con el correr de los años las cosas cambiarían tanto como para que quien fuera víctima de esta usurpación se convirtiera en gobernador del estado. Del diputado Juan Orcí, la historia no guarda memoria.
