En una parihuela improvisada condujeron sus oficiales al adelantado al pueblo de Atenguillo, distante cuatro leguas del lugar del accidente. El gobernador Oñate, que al frente de un pelotón de veinticinco hombres se había dirigido en pos de Alvarado y su gente a través de las montañas, presenció desde una altura el ataque de los españoles y su desastrosa retirada, y encaminándose rápidamente a Atenguillo encontró al conquistador gravemente herido y sufriendo intensos dolores. Sin embargo, podía hablar, y entre ambos jefes se entabló breve conversación.
"Señor adelantado dijo el gobernador al alma me llega que Vuestra Señoría se haya puesto en tanto riesgo y en tal extremo de perder la vida, pues como hombre tan experimentado en la guerra, dije a V.S. no fuese a este castigo, por ser el tiempo contrario y favorable a los enemigos; y es muy diferente gente ésta de la que V.S. ha conquistado." A lo cual, con voz doliente, respondió el adelantado: "Ya es hecho. ¿Qué remedio hay? Curar el alma es lo que conviene". Y agregó, reconociendo su falta: "Quien no crea a buena madre, crea a mala madrastra; yo tuve la culpa en no tomar consejo de quien conocía la gente y tierra, y mi desventura fue traer a un soldado tan cobarde y vil como Montoya, con quien me he visto en muchos peligros por salvarle, hasta que con su caballo y poco ánimo me ha muerto. ¡Sea Dios loado! Yo me siento muy fatigado y mortal; conviene que con la brevedad posible me lleven a la ciudad para ordenar mi alma".
Al día siguiente, la columna reanudó la marcha llevando a su jefe con dirección a Guadalajara, distante otras cuatro leguas de tierra llana. Oñate tomó la delantera y despachó desde la ciudad a un sacerdote que salió al encuentro de Alvarado y oyó su confesión bajo los pinos en un descanso del camino. Los moradores de la ciudad lo recibieron con demostraciones generales de sentimiento, y en casa de sus deudos fue alojado y asistido. Allí le administraron los sacramentos de la Iglesia, y el 4 de julio dictó sus últimas disposiciones ante los escribanos Diego Hurtado de Mendoza y Baltasar de Montoya, causante involuntario de su desgracia. Mandó que sus herederos cumpliesen el convenio hecho entre él y el virrey Mendoza, y nombró por su universal heredera del remanente de sus bienes a su mujer doña Beatriz de la Cueva. Dispuso que las fuerzas situadas en los pueblos de Nueva Galicia no los desamparasen hasta que el virrey dictara las providencias necesarias para la seguridad de la tierra. Ordenó que su cuerpo fuera enterrado en la iglesia parroquial de Guadalajara y que de ahí lo trasladaran al convento de Tiripitío, de religiosos agustinos, y luego al convento de Santo Domingo de México. Mandó, por último, que, para cubrir los gastos de sus funerales y decirle misas y novenarios, se vendiera la parte que fuera necesaria de los bienes que tenía en Guadalajara o en México; que en la ciudad hubiere y que se le dijese misa cantada con sus vigilias muy solemnes:
Y por cuanto estoy fatigado de mi enfermedad decía por último y el dicho Obispo de Guatemala sabe las personas a quienes yo puedo ser en cargo poco más o menos lo que conviene al descargo de mi conciencia, porque yo con él muchas veces lo he comunicado, doy todo mi poder cumplido para que él y Juan de Alvarado, vecino de la ciudad de México, ambos a dos juntamente e no el uno sin el otro, si no fuere con poder el uno del otro, y el otro del otro por la distancia de tierra que haya a Guatemala donde el dicho Obispo está, hagan y ordenen mi testamento según e como a ellos les pareciere, e vieren que conviene al descargo de mi conciencia.
Aquel mismo día, 4 de julio de 1541, en la ciudad de Guadalajara, diciendo: "En tus manos, Señor, encomiendo mi espíritu", murió el conquistador de México y Guatemala, el adelantado Pedro de Alvarado. Conforme a su deseo, "fue enterrado honrosamente en una capilla de Nuestra Señora, en la iglesia de la ciudad, a mano izquierda como entraban en ella, debajo del púlpito".
Años más tarde sus restos fueron trasladados al convento de Tiripitío. Allí se encontraban en 1563 según se dice en el testamento que el 5 de abril de aquel año de su muerte otorgó el obispo Marroquín, en el cual figura la siguiente cláusula: "Declaro que al adelantado yo lo quise mucho y él asimismo mostró quererme en obras y en palabras, y yo dexé mandados doscientos ducados al monasterio donde está enterrado, que es en Tirepati; yo mando se le den de mis bienes y se los envíen al dicho monasterio".
Don Francisco de la Cueva y su esposa doña Leonor de Alvarado, hija del adelantado, pedían licencia en 1568 para construir dos bóvedas en la iglesia catedral de Guatemala, a fin de trasladar y enterrar en ellas los huesos de don Pedro de Alvarado y doña Beatriz de la Cueva, su mujer, y los de don Pedro de Puerto Carrero, su muy cercano deudo. Pedían asimismo que, para que se conservara aún más la memoria de la persona que ganó esta tierra, se diera facultad para que en un lienzo de la capilla mayor de la iglesia se pudiera hacer un medio arco para colocar en él el bulto del adelantado con su correspondiente epitafio.
El historiador Fuentes y Guzmán refiere haber conocido los dos sepulcros en la iglesia catedral que fue demolida en su tiempo para fabricar la nueva, pero advierte que en la época en que redactaba su crónica (más o menos en 1690) ya no se descubrían. Los restos del adelantado se perdieron desde entonces.
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