En los primeros días de junio de 1541 salió Alvarado de la ciudad de México que veinte años atrás había ayudado a conquistar, y tomando el camino de Michoacán se dirigió al puerto de Santiago de Buena Esperanza, donde se encontraban sus navíos.
Al llegar al pueblo de Zapotlán dispuso permanecer en él unos días descansando de su largo viaje. Mientras tanto la rebelión de los indios de Nueva Galicia continuaba en proporciones alarmantes, amenazando con destruir a los castellanos que en corto número vivían dispersos en la región. El gobernador Cristóbal de Oñate y los alcaldes y regidores de la vecina ciudad de Guadalajara, informados del regreso del adelantado, le enviaron un mensajero comunicándole la apremiante situación en que se hallaban y pidiéndole que acudiera a socorrerlos con la fuerza de que disponía.
Prestóse Alvarado de buena gana a ayudar en aquel trance a sus compatriotas, y con ese fin despachó las órdenes del caso para que la gente de la armada ocupara los lugares estratégicos desde donde pudieran socorrer a las poblaciones amenazadas. Cincuenta hombres quedaron custodiando la armada; un capitán con 50 soldados fue al pueblo de Autlán para proteger a la villa de la Purificación; otros 50 hombres quedaron en Zapotlán. El capitán Diego López de Zúñiga recibió orden de situarse con 25 soldados en el pueblo de Ezatlán. Otro capitán con otros 25 soldados se dirigió a ocupar un lugar a orillas del lago de Chapala.
Dejando guarnecidos de esta manera los lugares mencionados, Alvarado tomó cien hombres escogidos y se dirigió a Guadalajara, a donde ingresó el 12 de junio. Fue alojado en casa de Juan del Camino, marido de Magdalena de Alvarado, parienta del adelantado, y pasó varios días en la ciudad, muy agasajado por el gobernador y por los vecinos principales.
Los indios sublevados se habían fortificado en la sierra de Juchipilla y del Mixtón y en el pueblo y peñol de Nochistlán, lugares situados al norte y a corta distancia de Guadalajara. Alvarado creía empresa fácil desalojarlos de sus posiciones y pacificar el país. Oñate era más cauto, y aconsejado por la experiencia que tenía de la región y de las tácticas de los indios, proponía que se demorara la campaña ya que las defensas de la ciudad habían sido reforzadas. Hacía notar también que las fuertes lluvias de la estación no eran favorables para los castellanos ni para los caballos, que eran elemento valioso de combate y maniobraban difícilmente en el suelo húmedo y fangoso.
Al adelantado no le agradaba esperar la suspensión de las lluvias y manifestó su decisión de marchar sin demora al castigo de los rebeldes. "Vergüenza es exclamó que cuatro gatillos encaramados hayan dado tanto tronido que alborotan al reino." Oñate procuró todavía explicarle la táctica indígena de hacerse fuertes en lo alto de un monte y pasarse a otro si los desalojaban del primero, y aconsejaba esperar los refuerzos que el virrey había prometido enviar desde México para poder, con este auxilio, atacar a los indios con fuerzas más numerosas.
Alvarado no atendía ninguna razón y anunció su propósito de marchar inmediatamente a atacar a los rebeldes, haciendo uso únicamente de su gente, y agregó que "en cuatro días quería allanar la tierra por convenirle embarcarse para su viaje". "Temo suceda algún desastre, señor Adelantado, por no aguardar Vuestra Señoría mejor tiempo y el socorro de México", díjole el de Oñate. Y Alvarado contestó: "Ya está echada la suerte, yo me encomiendo a Dios".
Convencido Oñate de que toda oposición era infructuosa, se conformó con lo dispuesto por Alvarado, pero se dirigió a su gente diciéndole: "Dispongámonos para el socorro que discurro necesario para los que nos le han venido a dar".
Alvarado se encaminó al pueblo de Nochistlán, y llegando cerca de él convidó a los indios con la paz, pero éstos no quisieron escuchar sus proposiciones y se prepararon a la defensa. Una fuerza mixta de españoles e indios de Michoacán avanzó para atacarlos. Diez mil indios de los rebeldes, protegidos por siete albarradas muy fuertes, los recibieron con una lluvia cerrada de varas tostadas, flechas, dardos y piedras, mataron a veinte españoles y obligaron a Alvarado a retroceder. Los atacantes volvieron a la carga sin lograr mejor resultado y perdiendo otros diez hombres, entre ellos el capitán Falcón y otros guerreros españoles y mexicanos.
La caballería se atascaba en el terreno cenagoso y lleno de cardones y magueyales; la infantería no corrió mejor suerte, metidos los hombres hasta la cintura entre el lodazal. Un español, que se llamaba Juan de Cárdenas, pereció en un atolladero del campo de batalla. Proseguir la lucha era exponerse inútilmente a la muerte. Comprendiéndolo así, el adelantado ordenó la retirada. Los indios salieron de sus trincheras y por espacio de tres leguas fueron persiguiendo a los españoles dando y recibiendo golpes, hasta que el suelo firme remplazó a las ciénegas y lodazales y la caballería pudo enfrentarse al enemigo. Alvarado, a pie y al lado de la infantería; combatía con su espada y rodela conteniendo a los indios.
Llegaron por fin los españoles, libres ya de sus perseguidores, a una quebrada por donde corrían el río, entre el pueblo de Ayahualica y Acacico. Para salir de este lugar era preciso subir una áspera pendiente llevando del diestro a los caballos. El adelantado y su gente iban subiendo la cuesta poco a poco; no así el escribano Baltasar de Montoya, que, poseído de pánico, no obstante que los indios habían suspendido la persecución, caminaba adelante espoleando sin misericordia a su caballo. Observándolo, Alvarado, que caminaba a retaguardia, gritóle: "Sosegaos, Montoya, que los indios nos han dejado". Pero "como el miedo es gigante", Montoya no atendía las razones de su jefe y seguía acosando al caballo, hasta que al animal se le fueron los pies y cayó rodando llevándose de encuentro al adelantado, "siendo tal el golpe que le dio en los pechos, que se los hizo pedazos y le llevó rodando por la cuesta abajo hasta un arroyuelo, a donde estando caído, acudió toda la gente al reparo y le hallaron sin sentido".
Montoya salió ileso de la caída del caballo, y habiéndose avecindado en Guadalajara, vivió hasta la edad de ciento cinco años.
Vuelto en sí con los auxilios que sus capitanes pudieron prestarle de momento, les dijo Alvarado que no convenía que los indios conocieran su peligro, y mandó que le quitaran la armadura y que se revistiera con ella uno de los oficiales para que le viesen los enemigos. Recomendó a los demás que se mantuvieran prontos a resistir a los indios si insistían en atacarlos, y agregó filosóficamente que lo sucedido no tenía remedio. "Esto se merece exclamó quien trae consigo tales hombres como Montoya." "Era tan grande el dolor que le afligía que apenas podía hablar, y preguntándole D. Luis de Castilla qué le dolía, respondió: 'el alma, llévenme a dó confiese y la cure con la resina de la penitencia y la lave con la sangre preciosa de nuestro Redentor'."
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