Después de larga navegación llegó el adelantado a la isla Tercera, del grupo de las Azores, en febrero de 1537. Obligado a permanecer en ella por la presencia de corsarios franceses en aquellas aguas, así como por el mal tiempo reinante, tuvo que esperar mejor oportunidad para proseguir su viaje. Finalmente se embarcó en una de las naves de la armada del rey de Portugal, que lo condujo a Lisboa. Desde esta ciudad informaba de su arribo a los oficiales de la Casa de Contratación de Sevilla, en carta fechada el 10 de agosto de 1537, y les anunciaba que se ponía en camino para la Corte.
Un año después de su salida de Honduras hizo Alvarado su aparición en la Corte del rey de España y presentó sus descargos. Su defensa descansaba en dos puntos principales: el descubrimiento de la Especiería y la pacificación de Honduras.
Respecto al primer punto, aseguraba tener algunas naves listas y otras en construcción en la costa del Mar del Sur, así como los tripulantes y hombres necesarios para emprender la jornada hacia el poniente al recibir las órdenes del emperador.
En cuanto al segundo punto, Alvarado presentaba los testimonios de la pacificación, y fundación de villas, adjudicación de tierras y apertura de puertos, trabajos encaminados a poblar y fortalecer la provincia de Honduras y a explotar las minas de oro y otras riquezas que había descubierto en las sierras de Gracias y Valle de Naco. Los procuradores de Honduras y el tesorero García de Celis ponderaban por su parte los servicios que el adelantado había prestado a los españoles de la provincia en los días de su mayor necesidad, y pedían que le fuera confirmada la gobernación de que provisionalmente había sido investido.
El obispo Marroquín escribía al propio tiempo comunicando la partida de Alvarado y sus conquistas en Honduras y la apertura del Puerto de Caballos, cuyas condiciones recomendaba por su capacidad y cercanía. Observaba, en efecto, el obispo que este puerto se hallaba solamente a ochenta leguas de Guatemala, por buen camino, mientras que al de la Vera Cruz de que hasta entonces se servía la ciudad, había trescientas leguas de camino fragoso y lleno de peligros por los muchos ríos en donde perecía la gente, es decir los indios, a cuyas espaldas viajaba el cargamento.
Dolíase el obispo de que Alvarado hubiera salido ya de Guatemala cuando se recibieron cartas de Pizarro en que le participaba la sublevación de los indios del Perú y la pérdida de muchos españoles, y agregaba que no se sabía nada de Almagro, a quien tenían por muerto, y que el hermano de Pizarro estaba sitiado en el Cuzco. El conquistador del Perú rogaba a Alvarado en aquellas cartas que le prestara ayuda en tan críticas circunstancias, y el obispo comentaba por su parte: "Pluguiera a Dios que se hubiera dilatado la residencia [de Alvarado], que Naco y la sierra, que es muy buena tierra, quedara más asentado, y el Perú, que es lo de más importancia, tuviera capitán que lo socorriera".
En cuanto al regreso del adelantado a su gobernación, el obispo decía que no deseaba dar parecer, pero que si S.M. así lo disponía, pensaba que debía ser "con aditamento que venga casado, que no pueda tomar más de lo que tiene... porque siendo casado tendría respeto a que tenía de vivir y morir en ella, y ansí procuraría aumentarla".
Con todas estas recomendaciones, el apoyo de sus protectores de España y su elocuente verba, Alvarado logró el perdón de sus faltas y recuperó el favor del emperador y del Consejo de Indias. España necesitaba de hombres del temple del conquistador de México y Guatemala para extender sus dominios a todas partes del mundo, y necesitaba igualmente la riqueza de América y del lejano Oriente para costear las guerras contra el turco y contra sus enemigos del continente de Europa.
Hacia el mes de agosto de 1538, el emperador se mostraba satisfecho de las promesas de Alvarado de emprender nuevamente el descubrimiento y conquista de las tierras al poniente de la Nueva España, y ofrecía en cédula firmada el 9 de dicho mes proveerle de la gobernación de Guatemala por el término de siete años, siempre que de la residencia que le tomaba el licenciado Maldonado no aparecieran culpas por las cuales se le debiera privar de ella.
El texto de esta real cédula demuestra que, por el tiempo en que fue editada, Alvarado no había alcanzado la absolución completa de sus faltas, y que su suerte se hallaba en la balanza, pendiente todavía del resultado de la residencia. El adelantado había comenzado a preparar su viaje a Guatemala, y había contratado las naves que debían conducirlo a él y a su gente. En el mes de septiembre se habían inscrito ya los primeros hombres y mujeres que debían partir con su armada. Y sin embargo, no contaba hasta entonces sino con una promesa condicional de la gobernación. Como hombre precavido era natural que tratara de obtener más segura prenda, y así lo hizo moviéndose activamente para conseguir la extensión y aclaración de los poderes con que había de volver a su puesto.
Apelando de nuevo a la influencia de sus protectores, Alvarado logró que intercedieran ante el soberano y que éste ampliara los términos de la cédula del 9 de agosto y emitiera otra que firmó en Valladolid el 22 de octubre de 1538. En esta nueva cédula, el emperador hacía saber al licenciado Maldonado y a todos los consejos, justicias y regidores de la provincia, que debían recibir a Alvardo como a tal gobernador y dejarle usar y ejercer libremente sus funciones, no obstante cualesquiera cláusulas de la primera provisión.
Vázquez escribe que en una capitulación firmada el 17 de abril de 1538, el emperador concedió a Alvarado, entre otras cosas, hacerle merced de una de las veinte y cinco partes de las islas y tierras que descubriere, con título de conde, señorío y jurisdicción; hacerle gobernador y capitán general por toda su vida de todo lo que descubriere y hacerle merced, además, del oficio de alguacil mayor perpetuo en ellas. Le concedía, igualmente, salvoconducto e inhibición de cualesquiera justicias para todo lo concerniente a la expedición de la armada que el adelantado se comprometía a hacer para el mencionado descubrimiento.
Noticia parecida figura en la "Información de los cuatro hijos de don Manuel Alvarado y Guzmán", en la cual se lee "que en la segunda ocasión que [Pedro de Alvarado] pasó a los Reinos de Castilla, por ciertas capitulaciones que tuvo con S.M. sobre el descubrimiento del Poniente y la China, se le dio esperanza de título de Marqués del Sur".
Por su parte, Fuentes y Guzmán escribe que en este viaje de Alvarado, Su Majestad añadió a los honores que le había conferido el de Almirante de la Mar del Sur. Sin embargo, la concesión de este título honorífico no consta en ningún documento conocido.
El Ayuntamiento de Guatemala, por razones idénticas a las que invocaba el obispo Marroquín, había solicitado también, en memorial de 20 de febrero de 1538, que se procurara que el gobernador que había de residir en la provincia "fuese casado y permaneciese que se dolería más de la tierra y perpetuación della".
Alvarado coincidía con ellos en el deseo de tomar esposa, y en sus horas de meditación soñaba tal vez en formar un hogar y llevar una vida descansada; pero antes tenía que cumplir las obligaciones contraídas con el soberano y debía coronar su obra de español del siglo XVI
con la conquista de las ricas tierras del poniente.
Frecuentando la casa de doña María Manrique, madre de su primera esposa doña Francisca de la Cueva, prendóse Alvarado de su cuñada doña Beatriz, en quien brillaba de nuevo la hermosura de su hermana, y siendo por ella correspondido su afecto, decidieron contraer matrimonio. Para realizar esta unión era necesaria, sin embargo, la dispensa del papa, tratándose de tan próximos parientes. Esta licencia se daba rara vez en aquellos tiempos, pero poniendo en juego una vez más la influencia de sus amigos, especialmente la del secretario del Consejo de Indias, Francisco de los Cobos, tío de doña Beatriz, Alvarado logró allanar todos los obstáculos, y por la intercesión del propio emperador obtuvo la dispensa y puedo celebrarse el matrimonio.
"Y entonces pareció mayor la liberalidad del Sumo Pontífice dice Remesal por haber sido el primer matrimonio consumado." El soberano hizo merced, además, a doña Beatriz, de mil quinientos pesos de oro para ayuda de su matrimonio.
En la carta de dote extendida por el adelantado a favor de su segunda esposa en Santiago de Guatemala, el 31 de mayo de 1540, reconoce haber recibido ésta y otras cantidades que suman en total diez mil quinientos pesos de oro. Estaban incluidas en esta suma las cantidades que Alvarado declara haber recibido anteriormente en concepto de dote de su primera esposa, doña Francisca de la Cueva. En garantía de su adeudo, hipotecaba en dicho documento, a favor de doña Beatriz, "las casas que tiene en la plaza de la ciudad de Santiago de Guatemala, que lindan con las del tesorero Francisco de Castellanos y con otras de Alonso de Velasco y hacen frente a la plaza pública". Hipotecaba, además, un hato de ganado vacuno que tenía hacia el pueblo de Iztapa a diez leguas de la ciudad, con 700 cabezas; un hato de ovejas en términos de los pueblos de Quezaltenango y Totonicapán, en que había 4000 cabezas; y una milpa en el valle de la ciudad, con todos los esclavos que en ella estaban, herrados con el hierro de S.M. y el suyo propio, milpa que colindaba con las de Marco Ruiz y Juan de Celada.
El matrimonio del adelantado y doña Beatriz debe haberse efectuado antes del 17 de octubre de 1538, pues en esa fecha aparece extendida la licencia para que pudieran pasar a América las damas y gente de casa de Alvarado y "doña Beatriz de la Cueva, su mujer".
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