De acuerdo con las �rdenes del secretario de Marina, las flotas norteamericanas procedieron a bloquear los puertos importantes del Golfo y del Pac�fico. Esta medida tuvo grandes consecuencias para el gobierno federal, pues lo privaron de su ingreso principal: los impuestos sobre importaciones y exportaci�n de plata.
Una vez ca�do Matamoros se inici� el asedio a Tampico, segundo puerto de la Rep�blica que fue ocupado por Conner el 17 de noviembre de 1846, al evacuarlo Parrodi. Tuxpan fue ocupado en abril del 47 y Ciudad del Carmen, en mayo. Guaymas, Mazatl�n, La Paz, San Blas y Manzanillo se ocupar�an sucesivamente, permaneciendo as� hasta mediados de 1848.
Los norteamericanos abrieron los puertos y bajaron los aranceles, lo que increment� el comercio, ya que los art�culos se vendieron en el interior a trav�s de un intenso y productivo contrabando. El gobierno lo prohibi�, pero sus disposiciones fueron violadas por los propios generales, tales como Urrea.
Yucat�n, separado de la obediencia del gobierno centralista, no volvi� a la Uni�n al restablecerse el federalismo pues decidi� declararse neutral para evitar que el bloqueo de sus puertos de Campeche y Sisal arruinara su comercio, del que depend�a la entrada de muchos alimentos. Adem�s, en 1847 ser�a v�ctima de la cruenta guerra de castas que, al amenazar a la poblaci�n criolla, inclin� a su gobierno a buscar la anexi�n a Estados Unidos o a Espa�a para salvarla.
Para los norteamericanos, de todas formas, la meta principal era la conquista de Nuevo M�xico y, en especial, de California, verdadero objetivo de la guerra. El general Stephen Kearny parti� el 30 de junio con cerca de tres mil hombres, entre soldados y comerciantes, avituallados con casi cuatrocientos vagones y veinticuatro piezas de artiller�a. En menos de dos meses cruzar�an mil kil�metros para llegar a Santa Fe, en los cuales el principal obst�culo ser�an los caminos.
El gobernador de Nuevo M�xico, Manuel Armijo, que contaba con s�lo trescientos hombres de fuerzas regulares, decidi� movilizar milicias para la defensa y el 14 de julio invit� a los "notables" para discutir la situaci�n. Hab�a enviado exploradores para informarse del avance de las fuerzas enemigas, pero �stos no encontraron sus rastros y Armijo disolvi� las milicias. Poco despu�s, el 7 de agosto, un mensaje de Kearny enviado desde la frontera de la provincia le anunciaba sus intenciones de ocupar Nuevo M�xico. Armijo, de acuerdo con los miembros de la Asamblea Departamental, contest� que resistir�a, pero, abatido por las dudas, en otra comunicaci�n trat� de convencer a Kearny de que Nuevo M�xico nunca hab�a formado parte de Texas, con un lenguaje que denotaba la debilidad del punto. Al mismo tiempo, procedi� a preparar la defensa y hasta eligi� como lugar para dar la batalla el ca��n Apache.
Con entusiasmo, cuatro mil habitantes se reunieron en el lugar para construir barricadas. Mientras Kearny iba ocupando las peque�as villas en su camino y haciendo que las poblaciones juraran obediencia a la rep�blica del norte, el pusil�nime Armijo recib�a el 12 de agosto la visita del comerciante James Magoffin, quien lo convencer�a de la imposibilidad de resistir. Vulnerada su poca convicci�n, Armijo orden� la disoluci�n de la milicia, despertando las sospechas de que o Magoffin lo hab�a sobornado o de que lo hac�a por raz�n de sus intereses comerciales con los norteamericanos. Lo cierto es que, incapaz de enfrentar el desaf�o de los novomexicanos, huy� a Chihuahua, dejando en la gubernatura a Juan Bautista Vigil. Para mitigar su responsabilidad, comunic� a Kearny que emprend�a una retirada estrat�gica para buscar refuerzos y recibir �rdenes del gobierno nacional.
La actitud de Armijo produjo el p�nico de la poblaci�n, que dej� la ciudad. Los voluntarios abandonaron el ca��n y el 18 de agosto Kearny entr� sin resistencia a Santa Fe, recibido por Juan Bautista Vigil, quien afirm�: "en el nombre de todo el departamento, protesto obediencia a la Rep�blica del Norte".
La mayor�a de los novomexicanos no aprobaba la anexi�n, de manera que el 20 se reuni� secretamente la Asamblea para informar al gobierno y procurar ayuda militar, al tiempo que el gobernador de Chihuahua, �ngel Tr�as, organizaba una expedici�n para rescatar Nuevo M�xico. La empresa era casi imposible, pues el 19 lleg� el coronel Alexander Doniphan con refuerzos: con casi cinco mil soldados bien armados ocupaba Santa Fe. Kearny nombr� a Charles Bent gobernador y a Donaciano Vigil, secretario, e inici� la ocupaci�n de otras poblaciones sin m�s resistencia que el asesinato de soldados enemigos y la organizaci�n de conspiraciones. Algunos intentos de rebeli�n fracasaron al ser descubiertos, pero en Taos se refugiaron muchos de los descontentos, que se pusieron de acuerdo con los ind�genas dispuestos a rebelarse. Aprovechando esa situaci�n en el norte, Pablo Montoya se sublev�. Despu�s de asesinar a Bent, a su familia y a algunos otros norteamericanos, los rebeldes tomaron posesi�n del lugar. La sublevaci�n se extendi� a la mayor�a de las poblaciones, pero la superioridad de armamento asegur� su sometimiento, que termin� con la ejecuci�n de los "culpables".
Kearny parti� el 25 de septiembre hacia California, despu�s de informar a Polk del cumplimiento de su primera estaci�n, quien el 2 de octubre se regocijaba con la noticia. Doniphan, con mil hombres, march� rumbo a Chihuahua a finales de octubre, inflingiendo a Tr�as la derrota de Temascalitos en las afueras de El Paso el 25 de diciembre de 1846, lo que asegur� que no pudiera emprenderse una expedici�n de reconquista. La victoria le abri� el paso para ocupar Chihuahua, que cay� despu�s de la derrota de Sacramento, el 28 de febrero de 1847. M�s tarde, Doniphan recibi� �rdenes de unirse al ej�rcito de Taylor.
Kearny avanz� hacia el objetivo m�s importante, que parec�a mucho m�s sencillo tanto porque el terreno estaba abonado desde principios de la d�cada de 1840, como porque se sab�a que estaba deshabitado y sin defensa, pues los habitantes hab�an expulsado a las tropas permanentes. El "filibustero" John Fremont hab�a realizado una extensa exploraci�n durante 1843-1844, que estimul� la infiltraci�n de norteamericanos hacia esa tierra prometida. El gobierno hab�a dado instrucciones al c�nsul Thomas Larkin, avecindado como comerciante en Monterrey y casado con una mexicana, de promover la anexi�n pac�fica para facilitar la ocupaci�n ordenada a la flota norteamericana que desde 1840 merodeaba la costa.
Fremont hab�a emprendido su vuelta a California en 1845, patrocinado por su suegro, el senador expansionista Thomas Benton. En diciembre, Fremont y sus rifleros estaban en el fuerte de Johann Sutter, el suizo que hab�a adquirido el armamento de los rusos al abandonar �stos el puerto Bodega, al norte de San Francisco, quien acog�a siempre a los norteamericanos. En febrero, Fremont solicit� permiso para una comisi�n cient�fica, obteni�ndolo del comandante Jos� Mar�a Castro, con la condici�n de no abandonar el valle de Sacramento. Despu�s de algunas correr�as, inici� varios asaltos para obtener caballos y armamento. De manera que cuando apareci� el comandante Sloat en la costa, decidi� desafiar la orden de expulsi�n de Castro y el 4 de julio de 1846 proclam� la independencia de California. Despu�s de desplegar una bandera como insignia de la rep�blica del Oso, inici� su marcha hacia Monterrey. Por entonces no se ten�an noticias en California del estado de guerra entre los dos pa�ses, pero el comodoro John Sloat pens� que Fremont ten�a instrucciones y desembarc� el 7 de julio y ocup� Monterrey sin resistencia y el 9 tom� San Francisco. Unos d�as m�s tarde, al aparecer Robert Stockton, Sloat le entreg� el mando. Stockton se dirigi� hacia el sur junto con Fremont. En Los �ngeles se enteraron el 17 de agosto de que hab�a estallado la guerra, por lo que Stockton procedi� a declarar la anexi�n de California a Estados Unidos y nombr� alcalde a Arnold Gillespie.
Mas Los �ngeles, como punto m�s poblado, no se resign� a la anexi�n y, a finales de septiembre, estall� una sublevaci�n. Stockton reapareci� en octubre con dos barcos para reforzar a Gillespie, pero los californios lograron derrotarlo. Los �ngeles se recobr�. La llegada de Kearny a San Diego en diciembre signific� un refuerzo. �ste enfrent� la primera batalla el 6 de diciembre y, adem�s de ser derrotado, perdi� un brazo. Los rebeldes se sostuvieron hasta que una concentraci�n de fuerzas por mar y tierra los acorral�. La poderosa artiller�a dio triunfos en San Gabriel, el 8 de enero, y en Los �ngeles, el 10 de enero de 1847. El 13, con el armisticio de Cahuenga, se consolid� la anexi�n de California, aunque siguieron present�ndose resistencias aisladas.
