Santa Anna lleg� a M�xico el 18 de mayo para iniciar las fortificaciones para su defensa. El Congreso, despu�s de aprobar las reformas a la Constituci�n, pr�cticamente se hab�a disuelto. Esto hac�a cr�tica la situaci�n, pues entre las medidas adoptadas le hab�a arrebatado al Ejecutivo la facultad constitucional de firmar la paz.
Ocupados Veracruz, Jalapa y Puebla, la suerte de la capital estaba sellada. Scott se movi� lentamente, pues tem�a la acci�n de las guerrillas y esperaba refuerzos para no exponerse a quedar aislado.
Al principio, sus relaciones con Trist fueron conflictivas, pero despu�s llegaron a entenderse y hasta juntos sucumbieron a la tentaci�n de ofrecer un soborno a Santa Anna. �ste, de nuevo, para ganar tiempo, acept�, pero su conducta en la guerra parece disipar las dudas sobre una posible traici�n.
La tarea de Santa Anna era �mproba: ten�a que conseguir dinero para sostener a las tropas y para hacer las obras de defensa, adem�s de combatir la desmoralizaci�n general. En sus planes para la defensa mostr� nuevamente ser un mal general: se empe�� en esperar el ataque por el camino de Puebla, a pesar de la sensata advertencia de sus generales de que era posible que Scott, despu�s de reconocer el terreno, eligiera hacerlo por el sur.
Una vez que tuvo diez mil setecientos soldados, Scott inici� la marcha el 7 de agosto y, eludiendo las fortificaciones de Santa Anna, el 16 una parte de sus hombres se encontraba frente a Tlalpan y otra avanzaba hacia San �ngel. Santa Anna tuvo que ordenar movimientos forzados hacia el sur y al general Gabriel Valencia que se retirara rumbo a Coyoac�n. Valencia, al darse cuenta de que los norteamericanos avanzaban rumbo a Padierna, decidi� desobedecer y resistir en esa posici�n.
El 19 de agosto present� una fuerte resistencia, pero la batalla fue interrumpida por una terrible tormenta. Al d�a siguiente, calados hasta los huesos, los soldados enfrentaron en malas condiciones las hostilidades y no tardaron en ser derrotados. Inexplicablemente, Santa Anna, que estaba en San �ngel con tropas, no acudi� a auxiliarlo, seguramente para castigar su desobediencia, pero al costo de un nuevo descalabro.
El mismo 20 tuvo lugar el ataque al Convento de Churubusco. La Guardia Nacional del Distrito, comandada por el general Anaya, se hab�a trasladado del Pe��n a Churubusco, a cargo del general Manuel Rinc�n. Santa Anna hab�a mandado refuerzos y municiones el 19, pero fueron interceptados por las tropas de Worth. El general Alcorta hizo esfuerzos por rescatar los carros, pero no lo logr�. Al amanecer el 20, no hab�a en el Convento ni un artillero, ni otra artiller�a que una pieza peque�a. Santa Anna logr� enviarles las cinco piezas con las que resistir�an el ataque. Anaya y Rinc�n, conscientes de la escasez de p�lvora, dispusieron no disparar hasta que los enemigos estuvieran a corta distancia. La decisi�n tuvo efecto y oblig� a los atacantes a replegarse hasta que, repuestos de la sorpresa, reanudaron el ataque. Para sostener la posici�n se necesitaba abastecimiento de municiones, mas el enviado por Santa Anna s�lo serv�a para los fusiles de la compa��a de San Patricio, que hab�a llegado como refuerzo. Los patricios, que sab�an lo que les esperaba como desertores si eran vencidos, haciendo uso de las municiones sostuvieron el fuego con extraordinario valor. Al terminarse finalmente el parque cesaron los disparos del Convento y los defensores fueron hechos prisioneros. Los patricios sobrevivientes fueron juzgados militarmente y sufrieron una terrible condena: unos fueron colgados como traidores y otros fueron marcados con una D (de desertor) en la mejilla.
La toma de Churubusco, que tambi�n se le achaca a Santa Anna por imprevisi�n, determin� la concertaci�n de un armisticio. Sin facultades para firmar la paz, Santa Anna nombr� tres comisionados mexicanos para o�r las condiciones que ofrec�a Trist. Los mexicanos escucharon con cuidado las ofertas de Trist, pero terminaron por considerar que las exigencias territoriales de Estados Unidos eran inaceptables, y el armisticio se dio por concluido el d�a 6 de septiembre de 1847.
Reanudadas las hostilidades, el 8 de septiembre Scott recibi� �rdenes de atacar la Casa Mata y el Molino del Rey porque se ten�an noticias de que la primera almacenaba municiones y de que el Molino fabricaba armas. La defensa fue larga, gracias al apoyo del fuego desde lo alto del Castillo de Chapultepec, pero al final sucumbieron. Una bomba cay� en la Casa Mata, volando la p�lvora que hab�a. La batalla cost� a los norteamericanos ochocientos hombres. El costo para el campo mexicano tambi�n fue alt�simo: murieron oficiales destacados como Antonio Le�n y el coronel Balderas, as� como los mejores cuerpos de la Guardia Nacional, adem�s de que quedaron inutilizables tanto una de las piezas de grueso calibre de Chapultepec como una gran cantidad de parque.
La ciudad presentaba un aspecto imponente, y se notaba la agitaci�n febril que precede a los grandes acontecimientos. La campana de la Catedral resonaba como un l�gubre y prolongado gemido: la polic�a multiplicaba sus providencias, y se notaba el marcado contraste entre aquellos que, patriotas diligentes y activos, cooperaban a que M�xico se defendiera con la heroicidad de Numancia y Zaragoza, y los ego�stas espantadizos que se preparaban a huir, desanimando a todos con los m�s funestos y sombr�os presagios (...) (Apuntes)
El camino a la Ciudad de M�xico estaba pr�cticamente abierto y el Ayuntamiento, mediante un bando, preven�a c�mo iba a darse la alarma y c�mo iban a conducirse los regidores. Todas las garitas ten�an defensa de artiller�a ligera, que todos sab�an no podr�a resistir la de largo alcance utilizada por los norteamericanos. Chapultepec se interpon�a en el camino, defendido por tropas del general Nicol�s Bravo, por las guardias nacionales al mando de Santiago Xicont�ncatl y por los cadetes del Colegio Militar. Algunos tem�an que Scott decidiera atacar directamente la ciudad.
Por unos d�as no hubo movimiento del enemigo situado en Tacubaya, con algunas partidas en San �ngel y Coyoac�n y sus carros de abastecimiento en Mixcoac. El d�a 12, finalmente, la bater�a enemiga rompi� fuego sobre la Garita del Ni�o Perdido, seg�n parece para distraer la atenci�n y situar a la artiller�a que atacar�a Chapultepec, que al poco tiempo empez� a sufrir el fuego intermitente. La artiller�a de Chapultepec contest� con precisi�n, mientras Santa Anna mov�a algunas fuerzas hacia el puente de Chapultepec y �l mismo entraba a reforzar la posici�n. El fuego se sostuvo de las cinco de la ma�ana hasta las siete de la noche, con estragos considerables que se trataron de reparar durante la noche, mientras llegaban fuerzas del estado de M�xico al mando del gobernador Olagu�bel, que hasta entonces se hab�a negado a proporcionarlas. Olagu�bel, por �rdenes de Juan �lvarez, se situ� en la Hacienda de los Morales.
El ataque se reanud� el 13 y el enemigo, formado en tres columnas, no tard� en ocupar el bosque y en trepar por las laderas de la colina. La resistencia m�s cerrada la dio el teniente coronel Xicot�ncatl con su Batall�n de San Blas, hasta que muri�. Las tropas mexicanas resistieron con hero�smo, pero fueron vencidas. Con raz�n, los adolescentes cadetes, ya muertos, ya heridos, se convirtieron en el s�mbolo de la injusticia de la guerra emprendida por Estados Unidos.
El general Quitman crey� que con la toma de Chapultepec daba fin a la resistencia y mand� que sus tropas avanzaran hacia la Garita de Bel�n, mientras Worth lo hac�a por la Ver�nica. Aunque el avance enfrent� resistencia, las tropas fueron cayendo una a una y repleg�ndose hacia la Ciudadela. Esa misma noche, un consejo de guerra, convocado por Santa Anna, decidi� que era imposible defender la ciudad y orden� la salida del Ej�rcito.
El Ayuntamiento de la Ciudad de M�xico, por lo tanto, envi� a dos regidores a pedir garant�as al general Scott, quien a la una y media de la ma�ana accedi� a respetar a la poblaci�n.
La ciudad despert� el 14 totalmente indefensa y sorprendida por la entrada de las columnas de los generales Quitman y Worth desde las seis de la ma�ana. El propio Scott inici� su entrada a las nueve. Mas al darse cuenta de este hecho, el pueblo se dispuso a defenderla a toda costa. Organizado en corrillos y al grito de guerra, se uni� a los restos de la Guardia Nacional y, con el apoyo de vecinos de los barrios de la Alameda al Salto del Agua, se lanz� al ataque.
La reacci�n de los invasores no se hizo esperar, causando los males que tem�a el Ayuntamiento: ca�onazos, puertas derribadas y saqueo de casas. El dispar combate se generaliz�. El pueblo utiliz� armas blancas, piedras y palos; los enemigos, ca�ones, fusiles y bayonetas, a pesar de lo cual les causaron grandes bajas.
El d�a transcurri� entre el tronido de la artiller�a y la griter�a de los heridos. El intento provoc� la ira y los deseos de venganza de los invasores, que se tradujo en toda clase de excesos. El Ayuntamiento trat� de restablecer la calma, mientras el general Scott daba �rdenes de que la casa de la que partiera cualquier tiro "fuera derribada por la artiller�a, d�ndose muerte a cuantos se encontrasen en ella".
La lucha todav�a se reanud� el 15, confiado el pueblo en que con ello animar�a al Ej�rcito, que se hab�a retirado, a volver. S�lo se calm� cuando, con desilusi�n, vio que no llegaba. Esa noche, mientras los norteamericanos celebraban con licor, m�sica y desmanes la ocupaci�n de la Ciudad de M�xico, los mexicanos velaban a sus muertos y Santa Anna renunciaba a la Presidencia. De acuerdo con la Constituci�n, la Presidencia la ocup� Manuel de la Pe�a y Pe�a, presidente de la Suprema Corte de Justicia, y el gobierno se traslad� a Quer�taro.
Las jornadas del Valle de M�xico fueron costosas para los invasores al causarles dos mil setecientas tres bajas. No conocemos las bajas mexicanas, pero adem�s de las muertes pes� sobre las conciencias el simbolismo, ya que ese a�o de 1847, el 16 de septiembre, aniversario del inicio de la Independencia, la bandera de las barras y las estrellas ondeaba en el Palacio Nacional.