Ya hemos visto c�mo el territorio que ahora conforma nuestro estado se hallaba ocupado por tribus chichimecas y por unos cuantos grupos sedentarios. Algunos historiadores han tratado de calcular la poblaci�n ind�gena a la llegada de los espa�oles. Podemos imaginarnos cu�n dif�cil es calcular la poblaci�n n�mada que ocupaba nuestras tierras. Peter Gerhard calcul� una poblaci�n de 8 500 ind�genas chichimecos al momento del contacto, regados en rancher�as. Esta cifra hay que empezar a reducirla por el descenso de la poblaci�n que se dio de inmediato a la llegada de los espa�oles, por causas de diversa �ndole: la violencia de la conquista; la guerra del Mixt�n, que provoc� grandes desplazamientos de poblaci�n ind�gena; las enfermedades tra�das del Viejo Mundo; la esclavitud provocada por la guerra chichimeca. Una vez firmada la paz muchos zacatecos y guachichiles se retiraron hacia las planicies norte�as.
Considerando lo anterior, encontramos que hacia finales del siglo XVI en Aguascalientes casi no quedaba poblaci�n ind�gena. Pero sabemos que el vac�o dejado por los chichimecas fue llenado poco a poco por la expansi�n de los grupos sedentarios de la zona, como los caxcanes, y por la llegada de poblaci�n ind�gena del centro; tlaxcaltecas, otom�es, mexicanos. As� se fund� hacia 1604 el pueblo de San Marcos con ind�genas tlaxcaltecas. Estaba tan cercano a la villa que funcion� como barrio pero cont� con tierras y con gobierno propios.
Poco sabemos de c�mo y cu�ndo se fue estableciendo la nueva poblaci�n ind�gena, o si alguno que otro chichimeca se qued� en estas tierras. Gracias a los registros parroquiales de nacimientos, matrimonios y defunciones conocemos c�mo creci� paulatinamente. Tambi�n en algunos registros notariales aparecen referencias, como cuando en un inventario de la hacienda de Chapultepeque de 1654 se enlistaron "cinco jacales donde viven los indios" y se se�al� que la hacienda ten�a "6 indios de pie con 119 pesos de deudas". En 1671 don Alonso Peguero dej� pagadas en su testamento cinco misas rezadas por los indios naturales que le sirvieron y para con los que tuvo tratos.
Los hacendados fomentaron los asentamientos ind�genas en sus propiedades, facilit�ndoles el arriendo de tierras, contrat�ndolos como terrazgueros, como peones o como arrimados, permiti�ndoles el acceso a los bosques para fabricar carb�n y acarrear le�a. Durante largos a�os la relaci�n establecida entre propietarios e ind�genas no tuvo tropiezos. Sabemos que don Antonio Bonilla, due�o de la hacienda de Garabato, protegi� a los indios de su hacienda arrend�ndoles tierras y fomentando su educaci�n cristiana. Los Rinc�n Gallardo hicieron lo propio con los indios que estaban ranchados en sus estancias y haciendas de Charco Azul, Chichimeco, Encinillas y en Ci�nega del Rinc�n. Don Francisco de Orozco arrend� un sitio en la Sierra Fr�a a un grupito de indios que se lo solicit�. Un amigable entendimiento parec�a haberse establecido. Los hacendados facilitaban tierras y los ind�genas brindaban su trabajo cuando las labores de campo as� lo requer�an. Los indios de San Marcos dedicados a cultivar sus huertas abastec�an de frutas y verduras de la estaci�n el mercado de la villa.
Algo rompi� este equilibrio y una tendencia a congregarse y fundar pueblos apareci� entre los ind�genas. Pudo haber sido que las presiones de los hacendados por adue�arse del trabajo de los indios aument�, o que el aumento de poblaci�n empez� a provocar fricciones. La primera solicitud para fundar pueblo fue presentada el 9 de noviembre de 1682, por un grupo de 14 indios encabezados por Juan Dom�nguez y Domingo de la Cruz, que desde 1675 arrendaba el sitio de Martha, en el valle del Potrero, a don Francisco de Orozco. Hasta entonces hab�an vivido en la estancia de Garabato como indios nabor�os del capit�n Antonio Bonilla, pero al morir �ste, el nuevo due�o los ech� de sus tierras.
En el Sitio de Martha ten�an ya formada congregaci�n: la asentaron en medio de dos r�os que corr�an todo el a�o y donde se criaba mucho pescado. All� construyeron un peque�o oratorio y a su alrededor sus jacales de pared y paja. Eran due�os de varios chinchorros de ganado menor y trabajaban haciendo carb�n que vend�an en Zacatecas y Aguascalientes.
La respuesta de la Audiencia no tard� y fue positiva. Las opiniones del se�or cura don Manuel Sarmientos y del alcalde mayor de Aguascalientes ayudaron: ambos consideraron que ser�a una l�stima que una congregaci�n as� se perdiera. Eran trabajadores, virtuosos, bien educados en doctrina cristiana y no acostumbraban tomar pulque. El 1� de enero de 1683 obtuvieron permiso para fundar el pueblo que llevar�a el nombre de San Jos� de Gracia. Obtuvieron tambi�n permiso para pedir tierras, y fue entonces cuando el asunto se empez� a complicar. Las tierras que ocupaban hab�an sido vendidas a un rico minero de Sombrerete, don Mat�as L�pez de Carrasquilla, quien no vio por qu� tendr�a que ced�rselas e inici� un largo pleito ante la Audiencia que dur� 25 a�os. Don Mat�as no pudo ver el fin pues muri� antes, y fue al esposo de su viuda a quien le toc� transigir con los indios de San Jos�.
El segundo pueblo de indios que se fund� fue el de Jes�s Mar�a. Se form� con antiguos arrendatarios y sirvientes de la hacienda de Ci�nega de Mata que tuvieron problemas con el hacendado y sus administradores. Estaban asentados en diferentes sitios de esta hacienda y, a decir del hacendado Rinc�n Gallardo, a causa de las dificultades empezaron a amparar vagabundaje, por lo que prefiri� ofrecerles la posibilidad de fundar un pueblo, para lo cual les cedi� el sitio de Juanacatique, muy cercano a la villa, desde donde las autoridades civiles y religiosas podr�an vigilar la conducta de los naturales. El l� de diciembre de 1699 el alcalde mayor procedi� al asentamiento de la nueva poblaci�n, que llevar�a por nombre Jes�s Mar�a de los Dolores. El sitio que se escogi� era sin duda conveniente "por ser levantado, llano y descubierto [...] como porque el agua que se les hab�a de servir entra por s� sola por todo �l y pueden aprovecharse para fundar sus casas, huertas..."
En el acto firmaron capitulando como fundadores don Juan Rodr�guez de Tapia, quien dijo ser indio cacique, venido de conquistadores de los de Jilotepeque y descendiente del rey Jicotea, adem�s de don Juan Mart�n de Luna y Tapia, don Marcos Rodr�guez, y con la ausencia de don Marcos Saucedo, tambi�n cacique y principal, quien por a�adidura llevaba el t�tulo de Capit�n de Fronteras Chichimecas, pero quien no pudo asistir por estar prestando sus servicios en el puesto de Pilotos.
La fundaci�n de Jes�s Mar�a tuvo tambi�n algunas dificultades porque no todos los indios estuvieron de acuerdo en el sitio que se les concedi�. Pocos meses despu�s los inconformes intentaron fundar otro pueblo en el sitio de Bocas, y por poco lo lograban, de no ser porque los Rinc�n Gallardo intervinieron prestamente para evitar que los despojaran de uno de los sitios m�s importantes para sus ganados, por ser en �l donde iban a "hijar".
El tercer y �ltimo pueblo de indios que se fund� en la alcald�a fue San Jos� de la Isla, en 1721; �ste ya no pertenece a nuestro estado, pas� a depender de Zacatecas hacia 1823, cuando se anex� a Aguascalientes Huej�car, conocido ahora como Calvillo. Su origen es muy similar al de San Jos� de Gracia y Jes�s Mar�a: indios arrendatarios o sirvientes de la hacienda de San Pedro Piedragorda, en el distrito de Monte Grande, que vieron la conveniencia de agruparse y fundar pueblo. Los de San Jos� de la Isla tuvieron tambi�n problemas por querer obtener el usufructo y la propiedad de parte de las tierras de la Sierra Fr�a, con cuyos bosques se prove�an los mineros de Zacatecas. Por lo mismo, la tramitaci�n de sus derechos y t�tulos tard� mucho m�s que en los casos anteriores; todav�a en 1778 segu�an reclamando ante la Audiencia sus papeles. Es muy factible que si este partido pas� a formar parte de Zacatecas fue porque los mineros de este real quisieron controlar estos bosques.
Ante las iniciativas de los indios de la jurisdicci�n de Aguascalientes para fundar sus pueblos, los hacendados tuvieron que ceder: por un lado porque el gobierno y el clero colonial dieron su benepl�cito y muchas veces fomentaron la congregaci�n de los ind�genas, y por otro porque, necesitados del trabajo de los indios, prefirieron ceder a sus demandas que privarse de su fuerza de trabajo.
