Mientras eso suced�a en Zacatecas, el general Aquiles Bazaine ocupaba Aguascalientes y ten�a la desfachatez de nombrar a Juan Ch�vez, el c�lebre bandido, encargado del mando pol�tico y militar del estado. Poco despu�s fue remplazado por Cayetano Basave y Francisco Ruiz de Esparza, prefecto pol�tico el primero y alcalde de la ciudad de Aguascalientes el segundo.
Los liberales que se quedaron en el estado tuvieron oportunidad de seguir participando en la discusi�n de los asuntos p�blicos, sobre todo por el hecho de que, en materia de ideas, el imperio encabezado por Maximiliano alimentaba principios muy parecidos a los suyos. Antonio Cornejo y Trinidad Pedroza publicaron su peri�dico La Libertad de M�xico y, cuando �ste fue suspendido por la censura, lo sustituyeron con La Aurora de M�xico.
A principios de 1866 Agust�n R. Gonz�lez, Esteban �vila, Miguel Guinchard, Jes�s F. L�pez, Diego P�rez Ortigosa y otros muchos liberales fueron tomados presos. Se les acusaba de conspirar contra el orden establecido y de fomentar entre la poblaci�n el esp�ritu de insubordinaci�n. Algunos fueron desterrados y otros, despu�s de ser juzgados sumariamente por una corte marcial francesa, fueron condenados a la pena de muerte. Como se trataba de ciudadanos muy conocidos y, sobre todo, de una monstruosa injusticia, se logr� que Maximiliano indultara a los condenados.
Estos a�os le ense�aron al pa�s que, a pesar de las mayores desventuras, M�xico contaba con una s�lida identidad nacional. Ni siquiera la presencia de tropas extranjeras en el pa�s y el control de las m�s importantes ciudades asegur� el �xito de la aventura imperial. Quienes apoyaron a Maximiliano, en M�xico y en el extranjero, advirtieron que el pa�s no estaba dispuesto a negociar ni a perder su soberan�a, a pesar de que el Habsburgo encabez� el espurio imperio por invitaci�n de un grupo de conservadores mexicanos.
Podemos decir que en Aguascalientes el imperio feneci� en diciembre de 1866, con la ocupaci�n de la capital por las tropas encabezadas por el general zacatecano Trinidad Garc�a de la Cadena. De manera provisional, el coronel Jes�s G�mez Portugal se hizo cargo de la gubernatura, ofreci� la pronta celebraci�n de elecciones democr�ticas y le pidi� a la gente que, habiendo concluido la guerra, regresara a sus casas y se pusiera de nuevo a trabajar.
En esos momentos de triunfo todos estaban dominados por el entusiasmo y la certidumbre de que se abr�a para el pa�s una �poca de prosperidad material y de pac�fico desarrollo pol�tico y social. Una de las primeras medidas que se tomaron fue la creaci�n de una Junta de Instrucci�n P�blica, en la que figuraba el doctor Ignacio T. Ch�vez, un personaje que con el paso del tiempo adquirir�a gran importancia.
El 15 de enero de 1867 fue inaugurada de manera solemne la Escuela de Agricultura, que despu�s se convirti� en Instituto de Ciencias y que fue el embri�n de lo que hoy es la Universidad Aut�noma de Aguascalientes. Es muy revelador el hecho de que, a pesar de que la guerra contra los franceses a�n no terminaba, el gobierno del estado tomara esta clase de medidas. Ello pone de manifiesto la rapidez con la que se procuraba enfrentar los problemas y la fe que se ten�a en la instrucci�n p�blica, de la cual se esperaban en un futuro cercano toda clase de bienes.
