Cuando en el a�o de 1531 el capit�n Pedro Alm�ndez Chirinos se adentr� en la regi�n centro-norte de la a�n llamada Nueva Espa�a, pero que no tardar�a en convertirse en el reino de la Nueva Galicia, no imagin� que el control de esta regi�n costar�a m�s vidas a los conquistadores que las que les hab�a costado doblegar al imperio mexica. Se cre�a que por estar casi deshabitadas, �stas eran tierras de nadie. La guerra del Mixt�n, acaecida durante 1541 y 1542, primera respuesta a los maltratos y vejaciones sufridos por los naturales, fue apenas un indicio de lo que ser�an los siguientes cincuenta a�os de resistencia al sojuzgamiento espa�ol. La guerra del Mixt�n movi� a miles de ind�genas que bajaban desde la sierra del Tepeque, o que ven�an desde las llanuras de lo que ser�a Zacatecas, a enfrentarse a los conquistadores, quienes, temerosos, organizaban su defensa con los aliados que les quedaban y los medios que ten�an a su alcance. Los a�os de 1541 y 1542 fueron dif�ciles para los espa�oles que poblaban el occidente de la Nueva Espa�a, tanto que hasta el virrey tuvo que movilizarse junto con 30 000 aliados aztecas y tlaxcaltecas, para afrontar el peligro.
Con los naturales establecidos en pueblos el entendimiento fue m�s f�cil. Los espa�oles no quer�an guerra, quer�an la sujeci�n de los ind�genas, y pronto se vio la conveniencia de llegar a un acuerdo. En cambio, con los n�madas no hubo arreglo. El descubrimiento del mineral de Zacatecas en 1546 empeor� las relaciones, pues cada vez llegaban m�s colonos y la libertad de los n�madas se hac�a m�s dif�cil. La guerra hab�a empezado, una lucha sin cuartel que dur� casi cuarenta a�os; la crueldad era la bandera de ambos bandos. Los espa�oles hac�an esclavos a los prisioneros, sin importar que fueran guerreros, mujeres o ni�os. Por su parte, los chichimecas hac�an lo propio, asesinando y matando a cuanto enemigo ca�a en sus manos.
Los misioneros trataron por sus medios de integrar a los salvajes chichimecas, y a los cuachichiles de nuestros rumbos, y pagaron con sus vidas: 31 franciscanos murieron en manos de los ind�mitos guerreros. Esta guerra oblig� a otro virrey a dejar la capital del reino para ver con sus propios ojos qu� se pod�a hacer para acabar con ella. As�, el virrey Mart�n Enr�quez orden� personalmente la construcci�n de los presidios de Portezuelos y Ojuelos, para proteger el camino de la plata, y se comprometi� a dar facilidades para que nuevos poblados aseguraran los avances de la colonizaci�n.
La guerra se hab�a convertido en un medio de vida para ambos bandos: para los espa�oles porque pod�an hacer esclavos; para los naturales porque lo que obten�an de sus correr�as los abastec�a de productos muy variados, desde alimentos hasta vestimenta y frusler�as. Pronto la guerra se hizo con los mismos elementos: caballos y fusiles fueron usados tanto por los espa�oles como por los ind�genas. Poco a poco este contacto velado hizo m�s f�cil la aceptaci�n del uno por el otro. Esta lenta penetraci�n, efectuada por diferentes medios, que va de la entrada de las huestes de Nu�o de Guzm�n en 1531 hasta la firma de la paz chichimeca en 1593, ocasion� que cuando la tranquilidad lleg�, lo m�s dif�cil de la asimilaci�n ya se hab�a realizado. La prueba la tenemos en que fue Miguel Caldera, hijo de una india chichimeca y de un colono espa�ol, el que se encarg� de concebir y tramitar las condiciones para que se lograra la paz.
