Así estaban las cosas cuando se decidió fundar Aguascalientes como una avanzada más para expulsar y dominar a los chichimecas. La prueba de su fundación la tenemos en la cédula real firmada en nombre del rey don Felipe II por el presidente de la Audiencia de la Nueva Galicia, licenciado don Gerónimo de Orozco, fechada en Guadalajara el 22 de octubre de 1575. Merced a este escrito nos llegaron los nombres de los fundadores: Juan de Montoro, Jerónimo de la Cueva, Alonso de Alarcón y muchas otras personas solicitaron permiso ".... para poblar una villa en el Sitio y paso que dicen de Aguascalientes..."
Como era costumbre en este tipo de fundaciones, se procedió primero al trazo de la villa, que se efectuó ante la presencia de 12 vecinos. Después se repartieron solares para casas y suertes de huertas, estancias y caballerías de tierra, dejando parcelas libres para futuros repartimientos. Para dar por terminada la ceremonia, los nuevos vecinos eligieron a las autoridades de la nueva población: dos alcaldes, cuatro regidores y un síndico procurador, quedando constituido el Consejo o Cabildo que a partir de ese momento tuvo la responsabilidad de los asuntos de la villa. A la nueva fundación le dieron por nombre el de Villa de la Ascensión de las Aguascalientes.
Sobre los primeros años de vida de la villa nos llegaron apenas unas cuantas noticias. Sabemos que fueron difíciles, porque los ataques de los chichimecas continuaron. El corregidor de Teocaltiche, en un informe de 1587, señaló que Aguascalientes contaba tan sólo con dos vecinos, y el caudillo y 16 soldados que vivían en el fuerte que se construyó pocos años antes de fundada la villa. En diciembre de 1593 Aguascalientes sufrió un ataque chichimeca que la dejó devastada, lo que obligó a la Audiencia de Guadalajara a aceptar que vecinos de otras congregaciones acudieran a asentarse. Poco a poco vemos aparecer signos de que la situación mejoraba; sin duda mucho tuvo que ver el que se firmara la paz con los principales grupos de guerreros chichimecas. Se empezó nuevamente a repartir mercedes de tierras en torno a la villa: Diego Peguero recibió merced en 1594 en el sitio del Ojocaliente, al año siguiente el beneficiado fue Juan de Montoro; en 1597 Juan Pérez de Frías recibió un sitio de ganado mayor y una caballería de tierra en lindes con la villa; este mismo año Diego Hernández Hurtado recibió un sitio de ganado mayor y dos caballerías en el lugar que después sería conocido como Chichimeco. De la Cañada Honda se dieron títulos a Pablo de Navarrete en septiembre de 1597. A Francisco Venegas se le mercedaron en mayo de 1602 algunas tierras en esta misma cañada. Antonio Manuel Altamirano obtuvo un sitio en el Pabellón. En 1605 Juan Ramírez de la Campaña recibió un sitio de ganado mayor y cuatro caballerías en "la cañada principal del Comal que entra al Soyatal hacia abajo de los charcos de agua".
Estas mercedes no fueron suficientes para consolidar la villa. En 1605, cuando pasó en visita Matías de la Mota y Escobar, apuntó sobre Aguascalientes que era "la más pobre y humilde población de todo este reino", y en su opinión los augurios no eran buenos: después de 30 años de fundada, sus casas seguían siendo de adobe y sin ningún orden, su iglesia parroquial era insignificante y su población, compuesta de 12 vecinos, no podía juntar más fondos para mejorarla. No había ni comercios ni mercaderes ni siembras, y sus pobladores vivían del trabajo en las estancias ganaderas.
Esto no quiere decir que todo fuera mal. Si la villa no mejoraba, sus campos lo hacían satisfactoriamente. Estos campos, vírgenes, no esperaban sino que la mano del hombre interviniera para comenzar a dar frutos. Ciertamente no todas sus tierras eran ricas para la agricultura, pero las había suficientemente buenas para que, con un poco de riego, crecieran todos los frutales, las hortalizas y los granos que la congregación necesitaba. Si no se explotaban era porque no había brazos suficientes. En cambio, la cría de ganado se extendió tanto, que en 1609 el visitador De la Fuente tuvo que imponer multas a los criadores que por no cuidar a sus animales destruían las pocas sementeras que en el lugar se cultivaban. Esta proliferación de los ganados se explica por la riqueza de los pastos del Nuevo Mundo, en donde no existía ni el ganado mayor ni el menor hasta la llegada de los españoles. Notas curiosas de los primeros años de dominio colonial narran con cuánta facilidad se multiplicaba un hato de ganado. También hay que considerar que mientras que un solo hombre apenas podía cultivar unas cuantas fanegas de sembradura, ese solo hombre bastaba para pastorear un considerable número de cabezas de ganado.
