Pero providencias, armamento y patrullas de vigilancia fueron in�tiles. El 8 de noviembre entraban las tropas insurgentes al mando de Rafael Arreaga y Jos� Antonio de Torres, quienes depusieron al subdelegado Linares de su cargo.
Los comisionados del gobierno insurgente incautaron las propiedades de los europeos y la tropa saque� las tiendas de Colima y las haciendas cercanas.
Las arbitrariedades cometidas por los insurgentes hicieron muy dif�cil el trabajo de Anguiano; le exig�an con frecuencia efectivo que, a juicio del depositario, pon�a en peligro aquellos capitales porque la mayor�a de los europeos "estaban enlazados con crecidas deudas a muchos criollos y otros" que, por supuesto, patentizaban sus reclamaciones. Anguiano planteaba, adem�s, otros motivos. "a m�s de tan crecida molienda, cuentas, contestaciones y afanes" que consum�an su tiempo, a �l le dol�a en forma particular "la malquistaci�n con todas las mujeres de ellos". Por eso present� su renuncia a los comisionados. Estos respondieron el mismo d�a dici�ndole que no hab�a lugar a tal renuncia. Momentos despu�s, sal�an de camino con la tropa, y desde el Trapiche le enviaron nuevo recado en el que le mostraban toda su confianza y amistad.
El 3 de marzo de 1811, Jos� de la Cruz, intendente y gobernador de Guadalajara, enviaba con el padre comendador de los mercedarios, fray Mariano Ram�rez, un ultim�tum a los vecinos de Colima para que, abandonando las banderas insurgentes, rezaran a la legalidad. Ese mismo d�a, desde Zapotl�n, el coronel Rosendo Porllier comunicaba la victoria alcanzada sobre los rebeldes "dejando el campo de batalla cubierto con m�s de mil cad�veres y en total dispersi�n las miserables gavillas de revoltosos".
Colima permaneci� bajo la influencia del ejercito insurgente hasta el 6 de marzo de 1811. De inmediato comenz� la persecuci�n de quienes abiertamente hab�an prestado servicios al partido de la insurrecci�n. Como es l�gico, el bachiller Ram�rez cay� bajo sospecha. Ni m�s ni menos el sector m�s afectado por los sucesos pasados sali� en su defensa; en efecto, las esposas de los europeos que habitaban en la Villa de Colima certificaron "la buena amistad que el Bachiller D. Francisco Ram�rez profesaba a nuestros esposos, del amor y compasi�n con que miraba nuestras casas".
Si bien las comarcas m�s cercanas a Colima estaban bajo control realista, no suced�a lo mismo en otras zonas. Algunas partidas, a cuyo frente estaban hombres como los sacerdotes Jos� Antonio D�az y Venegas, Antonio B�jar, Ferm�n Urtiz, Jos� Calixto, alias Cadenas, los hermanos Regalado, Ram�n Brizuela y "un agustino que dicen se tiene por sobrino del Cura Hidalgo", asaltaban pueblos muy cercanos como Zapotl�n, Tecalitl�n y Atenquique, y dominaban Xilotl�n, Coalcom�n y otros. Al sur de Jalisco, en los l�mites con Colima, estaba la fuerte presencia de Gordiano Guzm�n, quien en m�s de una ocasi�n incursion� sobre tierras colimotas.
Hubo intentos de salir en persecuci�n de alguno de los cabecillas que merodeaban los alrededores, pero in�tilmente. Entre alarmas varias, rumores sobre "victorias so�adas" y "nuevos cuerpos de insurgentes" que se levantaban por doquier con "armamentos fant�sticos", arrib� a la Villa de Colima el 4 de abril "a las cinco y media de la tarde" la noticia oficial de la aprehensi�n de Hidalgo. "Inflamados nuestros corazones del j�bilo y alegr�a por tan interesante noticia, determinamos que a la hora de la llegada del correo, se indicara al p�blico con un repique general y salva."
Por parte de la insurgencia no faltaron tampoco proyectos de tomar Colima. Ya desde esos d�as se abrigaban fuertes temores en Colima por un eventual ataque de partidas que operaban por Zapotl�n, Zapotiltic, Tuxpan y Tamazula, haciendo que se apostaran grupos de vecinos en lugares estrat�gicos para su defensa; oficialmente se avisaba de brotes en Tomatl�n y Purificaci�n; y tambi�n se dec�a que el padre Jos� Antonio D�az pretend�a atacar "vini�ndose por Coahuayana".
Seg�n avanzaban los d�as, los temores crecieron. El subdelegado Jos� Sebasti�n S�nchez enviaba un atento oficio al cura de Colima poni�ndole sobre aviso ante "un levantamiento de la plebe", quiz� "en los d�as de la presente semana".
Por ello, suger�a al padre Islas que mandase "suspender las procesiones acostumbradas, celebr�ndose solamente en los templos los respectivos oficios e instruyendo al p�blico de las poderosas razones que impiden la demostraci�n de bulto de los misterios santos de nuestra Redenci�n". Pero el subdelegado asimismo encontraba reacios a muchos vecinos que se negaban a tomar las armas para defender la villa. Por fin Jos� Calixto Mart�nez, alias Cadenas, pudo apoderarse de Colima el 3 de mayo, desaloj�ndola, sin embargo, pocos d�as despu�s. Fue el 16 de agosto cuando Ignacio Sandoval y Gallaga, luego de una refriega con los realistas en San Francisco Almoloyan, pudo ocupar Colima. En d�as sucesivos fueron arribando otras partidas —entre ellas las de Regalado y Mart�nez—, sumando la extraordinaria cifra de unos 5 000 hombres. Pero el 21 de agosto las fuerzas realistas de Manuel del R�o hicieron huir a los insurgentes. El 27 de diciembre de aquel a�o, el capit�n Guzm�n y el cura Jos� Mar�a Jer�nimo Arzac derrotaron al insurgente Sandoval.
Tal estado de zozobra se prolong� por mucho tiempo. Jos� Sixto Verduzco instru�a a Pedro Regalado a fines de 1812 para que desde Coalcom�n fuese hasta Colima para desalojar a los realistas, pero "evitando los latrocinios a que est� impuesta esa tropa" y, en caso necesario, aplicar severos castigos a los culpables; al mismo tiempo, le recomendaba consideraci�n con los vecinos y que ofreciera el perd�n a quienes dejasen de luchar contra la causa de la libertad. El plan era bueno, pero nunca tuvo efecto. Apenas pudo Regalado llegar hasta Tonila al empezar 1814. No obstante, si bien no hab�a forma de acercarse a la Villa de Colima, partidas de guerrilleros actuaban en Tonila, Minatitl�n, Tamala, Ixtlahuac�n, Maquil� y Ostula, entre otros puntos, lo cual no dejaba de ser una amenaza para viajeros, comerciantes, haciendas y ranchos, y causaba estragos en la econom�a regional. Por ejemplo, la producci�n de sal se derrumb� y las haciendas con trabajo pod�an mantener en pie sus cultivos y ganados, mientras que en lo pol�tico cada d�a se hac�a m�s fuerte la dependencia de Guadalajara. Tiempos de desorden y de fidelidades arbitrarias, de cr�menes y violencias gratuitas, de un despertar de las conciencias insurgentes, de una sorda cr�tica hacia los poderes establecidos, de luto y aventuras.
Aquellos a�os de turbulencia afectaron con mucha m�s hondura de lo que hasta hoy se ha cre�do la vida cotidiana de Colima y su regi�n.
De repente, una fase de la historia local se cerr�. Baj� el tel�n en la madrugada del 31 de mayo de 1818, cuando varios terremotos sacudieron los sue�os y cimientos de la Villa de Colima en medio de una intens�sima lluvia.
Al cura Jos� Eugenio Bravo le toc� asentar en los libros parroquiales una escueta y dolorosa cifra: 89 muertos, las casas derruidas, los heridos, las viudas y hu�rfanos, la vida a la intemperie, el silencio del paisaje y los aullidos de los perros.
