Pedro Celestino Negrete proclamó en Guadalajara el Plan de Iguala y asumió el poder tras la huida del intendente José de la Cruz. Luego mandó que todas las corporaciones y provincias hicieran el correspondiente juramento. Anastasio Brizuela era entonces el hombre fuerte de Colima y en su calidad de comandante militar de la plaza hizo lo propio. El 16 de junio de 1821, en medio del júbilo popular, autoridades y vecinos juraron fidelidad a las tres garantías. A principios de septiembre y por instrucciones de la diputación de Guadalajara, los ayuntamientos de Zapotlán y Colima se sentaron a la mesa para señalar sus fronteras: aquél cedía Tonila; éste, Tecalitlán y Xilotlán, por la misma razón: quedaban lejos de las respectivas cabeceras. La noticia de la entrada victoriosa de Iturbide en México se festejó, por culpa del correo, hasta el 11 y 12 de noviembre, pero con toda solemnidad: hubo misa y Te Deum, salvas de cámara y cohetes, e iluminación de casas con candilejas, mientras que los vecinos apuraban vinos, refrescos y pastelillos frente a las casas consistoriales. Culminaron las celebraciones con un suntuoso baile.
En Colima los sentimientos fueron claramente iturbidistas, y detrás de esta simpatía estaba la mano de Brizuela. Por ello, cuando Luis Quintanar, jefe político de Guadalajara, instó a que el Ayuntamiento hiciera juramento al Imperio, Colima lo hizo con grandes festejos que comenzaron el 30 de enero y concluyeron el 6 de febrero de 1823, sin percatarse de que en aquellos días Antonio López de Santa Anna había lanzado el Plan de Casa Mata (1° de febrero).
Durante todo este tiempo, Colima se mantuvo al abrigo de la capital neogallega. Con dolor y estupor, Brizuela se vio obligado en su momento a ceder su entusiasmo iturbidista y jurar la nueva fidelidad federalista el 21 de mayo de 1823. Un mes después nacía el Estado Libre y Soberano de Jalisco, entre cuyos iniciales 28 partidos estaba Colima.
El Supremo Poder Ejecutivo, sin embargo, con miras a controlar las apetencias jaliscienses, rechazó que Colima quedase comprendida en la nueva entidad. Brizuela fue el encargado de mover los ánimos al interior del vecindario para que éste firmase un escrito, el 20 de junio de 1823, manifestando su soberana voluntad de segregarse de Jalisco y unirse a la provincia de Valladolid. El mismo Brizuela se encargó de comunicar esta nueva a Luis Quintanar, quien respondía airado e irónico que Guadalajara no necesitaba a Colima ni pretendía sujetarlo contra su voluntad, viendo "con ojos indiferentes la separación de esa Villa".
No quedaron satisfechos los colimenses con su situación de territorio federal. Una y otra vez presionaron para que fuera reconocido como estado libre y soberano. José María Gerónimo Arzac, diputado por Colima, defendió el punto de vista de los suyos en el Constituyente, sugiriendo incluso la incorporación del partido de Zapotlán al nuevo estado, pero en la sesión del 30 de enero de 1824 se determinó que Colima seguiría siendo territorio —del que perdía el recién agregado Tonila—, dependiendo directamente del gobierno central porque no tenía los elementos suficientes para erigirse en entidad federativa. A manera de consuelo, el 10 de septiembre de 1824 se elevó la Villa de Colima la categoría de ciudad y el pueblo de San Francisco Almoloyan a la de villa. Algunas cosas obtuvo la diputación de Colima. Una solicitud formulada al Congreso por Leandro Bravo y José María Gerónimo Arzac para abrir el puerto de Manzanillo al comercio fue concedida finalmente el 21 de octubre de 1825. Seis meses más tarde, el 21 de abril de 1826, se autorizó a la ciudad de Colima celebrar por 10 años una feria durante 15 días, entre el 5 y el 20 de marzo.
Colima quedaba de nuevo marginada, lejos de la capital —donde se tomaban las decisiones políticas—, pero también, y en cierto sentido, dueña y señora de su propio destino, soñando ahora con el futuro promisorio, pues su puerta recién abierta al mar habría de traerle grandes beneficios. Las condiciones por las que atravesaba la nación no permitían esta euforia y, de modo particular, la competencia de los otros puertos del Pacífico mexicano impedían el desarrollo de Manzanillo, falto de las mínimas instalaciones.
En otro nivel de cosas, en un territorio mal comunicado, la ley del más fuerte empezó a sentirse, propiciándose la anarquía por no existir todavía un estatuto jurídico que lo regulase. Se tuvo que esperar hasta el 25 de abril de 1827, cuando una comisión de la Cámara de Diputados se abocó al punto. La diputación de Colima, integrada por José Rafael de Andrade, José María Gerónimo Arzac, Liberato Maldonado y Nicolás Tortolero, presentó una contrapropuesta. Según ésta, no se tenían en cuenta las diferencias existentes entre el distrito y los diversos territorios, ni la que había entre éstos, ni tampoco los anhelos de autonomía que sus habitantes sentían. No obstante el fracaso de la propuesta de la diputación de Colima, manifestaba que al interior de aquel pueblo se gestaban inquietudes. En efecto, había quienes seguían luchando por regresar bajo la égida jalisciense, quizá movidos más que por el bien general de la población del territorio, por sus intereses comerciales. Para estas fechas, el arancel aprobado en noviembre de 1827 restringiendo el número de artículos que podían ingresar al país, causó estragos en las incipientes actividades de importación del puerto de Manzanillo.
Siendo jefe político Mariano de la Madrid, una de las personalidades que impusieron carácter a la vida de Colima hasta 1848 —nueve veces ocupó la jefatura política—, surgieron nuevas mociones para retornar bajo jurisdicción jalisciense. Por ejemplo, el 15 de julio de 1828 fue suscrita por algunos notables una petición en ese sentido, alegando la disminución de su "riqueza agrícola y comercial", la decadencia de "los ramos de la administración pública, su educación y política", el "desbarajuste que ha privado y la falta de leyes", pero sobre todo la lejanía de "los Supremos Poderes de donde dependemos directamente". Aquellos vecinos sentían la necesidad de un "gobierno paternal" que mirase "de cerca las dolencias" que padecían, que conociera "las verdaderas causas" de las mismas y aplicase "desde luego el remedio". Se había llegado a tal extremo que los campos de caña estaban estériles, y el añil, la vainilla, el arroz, por señalar algunos cultivos, habían dejado ya de explotarse; tan sólo sobrevivían la sal y el algodón. Días después, el cabildo de Colima se adhería a esta solicitud, seguido más tarde por los ayuntamientos de San Francisco de Almoloyan, Ixtlahuacán, Tecomán y Coquimatlán, con el aplauso de los vecinos de Zapotlán.
Tales súplicas y gestiones no prosperaron. Es posible que la negativa del gobierno central fuera por impedir que Jalisco cobrara más fuerza política y económica. Tampoco es de despreciar la otra cara de la moneda: a pesar de las quejas de los vecinos de Colima, el territorio rendía lo suficiente para mantenerlo bajo las riendas del poder central. Es justo decir aquí que los argumentos esgrimidos por los vecinos en 1828 para vincularse a Jalisco fueron modificados radicalmente. Antes —decían— había pobreza, ahora proclamaban la riqueza; antes el abandono de cultivos, ahora la proliferación de ellos. Según Harcort, quien en 1834 puso por escrito algunas observaciones sobre el territorio de Colima, en éste, debido a sus buenas tierras y sobre todo a sus variados climas, se cosechaban numerosos productos: de maíz se levantaban 100 000 fanegas por año, de algodón hasta 40 000 arrobas, de frijol entre 10 000 y 12 000 fanegas, de arroz unas 10 000 arrobas; había también añil, cacao, tabaco, café, chile, garbanzo, sin mencionar lo que producían las huertas de palmas de coco, naranjos y limones, plátanos,. mameyes,. granados, piñas, chicozapotes, etcétera. El renglón de la sal siempre era abundante: entre 80 000 y 100 000 cargas, y los trapiches año con año sacaban al mercado alrededor de 25 000 arrobas de azúcar.
Si se habla de ganadería, el propio Harcort calculaba la existencia de poco
más de 36 000 cabezas de ganado vacuno, unas 11 000 de caballar y 3 000 ovejas.
Una vez más ponía el dedo en la llaga que tanto laceraba a Colima: el puerto
de Manzanillo. Describe su estado desolador: una media docena de cañones sepultados
en la arena, la falta del gobierno pudriéndose, los caminos abandonados, apenas
unos jacales y por únicos habitantes, los pelícanos y los tiburones. "¡Cuán
diferente podrá ser esta pintura algún día!", exclama. Para lograr ese futuro
tiene varias propuestas: edificar almacenes, casas y un muelle, poco costoso,
para hacer las descargas de los buques inmediatamente", defender el puerto con
baterías instaladas en los cerros circundantes, propiciar la llegada "de carpinteros
y herreros para la construcción de canoas, botes y aun buques". Y dos extraordinariamente
lúcidas: fundar una escuela de marina porque hay gran "escasez. de capitanes
y marineros mexicanos en la costa del Sur", a pesar de que la ley dispone que
"sólo se pueden considerar como buques nacionales aquellos que tengan mexicanos
por capitanes", y "el último impulso grande e infalible sería declarar a Manzanillo
puerto de depósito, para la costa del Sur". Aquel sueño se malogró en: febrero
de 1837, el puerto fue clausurado por orden superior.
